陛下之中兴。此臣耿耿孤忠，矢之天日者也。”诸臣得疏，额手相庆。
四月十二日，太后王氏崩于田州。十四日，讣闻。十七日，成服。二十三日，奉安灵舆于慈宁宫。丧礼以日易月。
先是庚寅十月，式耜遣孙检讨昌文入行在，辞世袭临桂伯爵印，且陈桂林不可守状。闻警，辞朝，同巡抚鲁可藻、御史朱田麟间道而上，阻山中。至是月，为叛将王陈策扶之以出，至梧州。大学士方以智为僧在大雄寺，闻昌文将至，谓清将马蛟麟曰：“瞿阁部精忠，今古无两。其长孙来，汝能以德绥之，义声重于天下矣。”蛟麟以为然，厚遇之。浙人魏元翼，式耜以墨吏黜之，迁怒昌文，谮于清将，执之至桂，将甘心焉。未至一日，元翼家中铁索铿然，绕室有声。元翼伏地请罪。忽吴语曰：“汝不忠不义，乃欲杀余孙耶？”元翼叩头乞缓三日，少毕家事。又忽楚语曰：“此不义奴，速杀之，奚问焉？”九窍流血而死。定南王疾，遣将祷于城隍神，恍忽见宫詹司马四大字，入殿见司马俨然南面。大惊，拜归以告。定南骇甚，供双忠神位于铁佛寺。而昌文适至，定南因厚礼之。昌文遂迁留守柩于明月洞。清凝亦迁司马之柩与夫人合葬焉。司马无子，女适兵部主事吴重义。清凝改葬之晨，而重义夫妇适至。清凝者，阳羡人，不谈禅、能急人难。入粤西，式耜爱而礼之。桂陷，清凝在昭平，同式耜次子玄锖崎岖赴难。走至永安州，遇兵，玄钅育失于路，清凝仓猝入桂林，而留守已殁。玄锖自庚寅三月航海觐亲，备尝艰苦，至十月始至粤西。万里寻亲，不获一见。哀哉！后玄锖或云已死，或云入滇，不知所终。
五月，孙可望谕九仪械畏知还滇。可望怒叱曰：“遣尔至粤，所行何事？且尔做内阁耶？”畏知曰：“此由圣恩。畏知三疏力辞，不蒙俞允。业已报闻久矣。”可望曰：“果尔，即宜潜还本国，尔宁做得内阁耶？”畏知愤然曰：“殿下已归正，遣畏知请驾。畏知在朝，乃欲为殿下行尊周盛事。假令畏知不可为内阁，殿下何以独可为秦王乎？”可望大怒，命从军法，欲胁之使改，逆知必有谏者。畏知昂首即出。时安西、抚南等咸在旁，谓可望曰：“我等欲行大事，如此人尚须留下。”可望即谕传宣：“且留他死。”而畏知已戮矣。可望恨曰：“杨公死，我桓文事不成矣。”
是月十八日，敕鸿胪寺曰：“顷以忧戚之中，不遑亲政。今值服除，当面与辅臣商决政事，兼行日讲。该寺即传工部修中极殿。翰林院举堪日讲记注员名，以二十七日举行。”
六月，帝患足痛。
七月十五日，中元，遥祭祖陵。十八日，葬太后于两江之宋村山，谥孝正。
九月，陈邦传叛降于清定南王。南宁震恐，帝议移跸，人心惶惶。庞天寿、马吉翔素与贺九仪有成约，力排众议，坚请向黔。
十月，九仪入朝，谓廷臣曰：“昔秦王为请移跸滇、黔，特命我扈驾。今诸臣既各疑贰，我岂能担此重任乎？”遂撤营去。帝遣官赍留。不应。
十一月，南阳侯李元胤疏请航海。不允。
十二月，初十日，帝至濑湍而南宁陷。太仆寺少卿丁元相、户部员外郎杨尚甸死之。开国公赵印选报清师已过新宁州，从陆路追袭，仅隔百余里。于是君臣悉登陆，焚舟楫，踉跄失次，扈跸官员相失。皇嫂桂恭王妃亦不能相顾而弃之。
十一日，帝由土司入黔境，至逻江界已三十余里。清帅线国安以精兵追蹑于后。尘掩其舆，群臣相顾失色。国安行次，遇白发老人，问曰：“永历何往？汝见之乎？”答曰：“见逻江土官迎驾入土司矣。”又曰：“去此几何？”答曰：“止半日程。但山峻路狭，恐大马难行。”言已，遂入深篁中。国安视西日就山，即令驻营。协镇马雄趋进曰：“永历相去不过三十里，何以不追？”国安曰：“我奉令取南宁，未闻令进土司也。若连夜追袭，或有疏失，谁任其咎？”雄闻唯唯。遂同还南宁。次日，乡民以闻，云清兵已回，上下稍安。及过逻江，猝遇可望所遣总兵高文贵、陈国能、狄三品等讨皈朝叛夷，方还师，乃相率扈跸。可望致书从官曰：“南宁不守，当走安隆。”从之。
是冬，宋国柱、杨奇扈从入滇，舟覆溺海中死。卒如张鸣凤之梦云。
永历六年（清顺治九年）壬辰正月癸酉朔，帝野次。三日，至皈朝。十一日，发皈朝。十二日，次富川。十三日，次沙斗，十四日，次西洋江。十五日，次宝月关。
十六日，至广南。孙可望遣总兵王爱秀迎驾，上言：“臣以行在孤处僻粤，再次迎请，未奉允行。然预虑圣驾必有移幸之日，所以先遣各营兵马肃清夷氛，道路无碍。广南虽云内地，界邻交趾，尚恐夷情叵测。臣再思维，唯安隆所（隶贵州晋安县）滇、黔、粤三省会区，城郭坚固，行宫修葺。一切粮储，可以朝发夕至。莫此为宜。”帝允之。
二十五日，发广南，次童卜。二十六日，次晒和。二十七日，次鼎贵。二十八日，次加浦。二十九日，次那年。三十日，次侄堂。二月癸卯朔，次呼马。二