、鼎、琏等俱分防任汛，可图恢复。”不听。
初，土司覃遇春从腾蛟于楚，溃归，入桂林，陈兵索饷。腾蛟、式耜俱恶之。比至柳，守道龙文明承督抚密檄，佯与遇春饮，解其部曲，执遇春，送桂林，诛之。帝至古泥，遇春子鸣珂诉冤。从行者仓皇未详其始末，对以不知。鸣珂率诸苗攻文明，文明走。遂入柳州，大掠，矢及帝舟，柳遂陷。帝仓皇跋涉，亦如出武冈时。
是月，陈邦传子曾禹以二千人送驾，遂次象州。
十一月，式耜集郝永忠、焦琏誓于神前，刻期出师。卢鼎、赵应选分路驻兵，转饷不绝。督师何腾蛟得展武略，攻三王之兵于全州，斩级无算，获名马骆驼而还。诸帅连营而军如天津，阁道亘三百里。清师去楚。
帝欲幸南宁，为新兴侯焦琏乱兵所阻。十二月，帝入桂林。式耜与起恒并相。式耜黎明入阁，夜分始归。处流极之运，肃然如治朝。腾蛟仍督师出全州。
永历二年（清顺治五年）戊子正月，郝永忠出壁兴安。永忠，闯贼左营也，前在桂林，与焦兵不相能，式耜调和之，始得其用。及壁新安，有江西进士萧琦，式耜令永丰时所得士也，为人佥壬，以礼垣骤跻司马。时居永忠营，百计媚之，遂言桂林富饶，留守殷厚，趣永忠赴阙。因声言清师劫营，即撤兵西上。
二月二十二日，郝兵抵桂。左右趣帝迁跸。式耜曰：“不可。督师警报未至，营夜惊，无大恐。二百里外风尘，而遽使驾露处耶。播迁无宁日，国势愈弱，兵气愈难振，民心皇皇复何依？潮回波逝，虽长年三老能逆挽其<；同戈>；戈哉？”左右禁近益周章不止。式耜请曰：“无已，候督师归。果急，甲士正山立，观兵督战，咫尺威严。劝激将士，背城借一，胜败未知。若以走为策，桂城危，柳又不危乎？彼今日可到桂，明日独不可到南大乎？”反复数百言。帝曰：“卿不过欲朕死社稷耳。”式耜泣下沾衣。严起恒曰：“迟至厥明且议之。”
是夜，永忠斩关而入，劫帝于寝，裸体置之城外。马吉翔为帝具袍服幞被而行。永忠乃缚百官，劫其资财，纵兵淫掠。
焦琏遣人谓式耜曰：“强敌外逼，奸宄内哄，势不两全。愿移师至桂，保公出城。驻兵城外，俟永忠城中乏食，必外掠，即统兵四面击杀。不过数日，而贼兵可尽。然后以全为保障，以梧为门户，协力守粤，事可万全。”式耜以治兵相攻，恐伤百姓，且虑敌骑捣虚，不听。
时帝早发，式耜疾出送驾。永忠即以数十兵遮式耜车，入掠其署。百姓奋义击贼，俱为杀伤。式耜家人假以何督师令箭，救式耜家属得出。式耜裸体坐署中，持令箭者逼式耜登舟。城中烟火高于楼橹。式耜家人放舟三里外樟木港。黎明，少司寇刘远生等至，抵樟木港。式耜已兼昼夜不饮食，唯叹息不及送驾，身不能死桂署为恨。远生等谓：“兵变仓卒，急难着手。请下朔平间，催琏入援。发檄远近毋内恐；檄地方绅士毋惊疑剃发；檄一吏入桂，息烟火，收仓储，毋为乱人所盗。”式耜然之。舟下三十里豆市井，入民屋，立草檄分路四发。明日，式耜弃小艇返桂城下，俾会城人知留守在也。仍回驻阳朔。琏兵续上，楚镇周金汤、熊兆佐亦入桂城。式耜檄按察司佥事邵之骅部琏兵收视仓中余米，定人心。
三月一日，式耜还桂署。庑舍零落，满城暴骨，唯烟火中燔炙气耳。式耜令军悉屯官舍，洒除街路。其从官被掠如窭人者，渐周给之。太常黄太玄死于兵，棺殓之。抚顺荒余，收拾破伤，招徕抚字，桂城始有人迹。
何腾蛟方犒军永宁，闻变驰回，而郝兵已饱掠避去。滇镇胡一清、新兴侯焦琏俱统兵相继而至，日需粟米数百石。式耜捻发爪办之，军复大振。
清师闻桂城兵变，二十二日直抵北门。式耜慰劳军士，勉以忠义。腾蛟督将校分师三面而出：胡一清统滇兵从文昌门，周金汤、熊兆佐统楚兵从榕树门，督师及焦琏从北门。战未合，琏即奋臂顾左右曰：“琏为诸君破之。”单骑横矛，直奔清师，左右冲击，势若游龙。清师合而复散者数。抚粤将军刘起蛟见琏被陷，大呼杀入，与焦琏合，连杀数百人，贯其营而出。胡一清从东至，督师抚其背曰：“儿好为我破之。”一清即跃马奋击，杀数十人，夺敌马而驰。一清每乘马，必剪其鬃。清师意为牛，遇之，辄曰：“此骑牛童子，不易当也。”胡与焦合兵转斗而前，金汤、兆佐率楚兵横击之。琏标下赵兴、向贵帅锐师夹击，皆殊死战。向贵战死。清师遂奔。追杀二十里，北渡甘棠而去。式耜待于北门，督师还，交相劳苦。督师乃列营榕江，诸师分两路而军。
当帝发桂林，式耜独处孤城，已而频传凶问，帝每欷下泪。至是，式耜上疏诣行在候驾及三宫起居，帝乃大喜，知留守在也。下玺书旌美，遣官慰视憔悴状。式耜寸缕无遗。赐纱段及尚方银两，并赐精忠贯日金章以表其忠。太后赐纱段、尚方银与夫人邵。复晋式耜少师临桂伯。琏等皆晋爵。式耜恤死事军士家，为坛祭之。焚向贵尸，得箭镞数升，人皆骇曰：“此杨贵后身也。”