巡关御史郑为虹叱责芝龙标下将官陈俊、邹太争舟，芝龙密诉于帝。帝曰：“干戈宁谧，全藉文武和衷。为虹叱责，亦是代卿约束。卿幸勿芥蒂，仍以王臣王事视为一体，等于虚（校者案：《大纪》作”同“）舟，尤所殷望。”
衢州知府伍经正不奉鲁藩，帝以其义凛一尊，秉节不二，再与实加一级示劝。
福京太仆寺卿甘惟荣上疏乞休。帝谓之曰：“同一去国，太平无事，人竞进而己独退，则为恬；国运多艰，人致身而己思去，则为避。此义诸臣所素知者。惟荣仍降一级，以警偷惰。”
命黄斌卿曰：“荆本彻虽非贼寇，乃尔骚扰地方，民恨实甚，杀了便罢。所招降将士，善为约束，勿令流毒，致重民怨。”
郑芝龙制油扇五千五百握有奇，分给闽中应试生儒，以为却暑。帝破例允行。
改十五日乡试首场，《四书》三篇，经二篇。十七日二场，策三道，判二条。从减篇节省之旨也。是时，吴炳从江右单骑入关，帝命为布政司，提调棘闱，而以编修刘以修为主试。以修字懋卿，号九一，阆中人，庚辰进士。先是，以修进《文昌化书》，帝曰：“《化书》劝人忠孝，朕甚嘉之。以修生长其乡，即与门人较定，更当广布成书，以襄上治。”
福京吏部司务王士和疏陈六事：文职广而脱卸者多，武弁盛而立功者少，升迁骤而责任益轻，议论烦而实用益寡，听纳博而精神愈纷（校者案：《大纪》作“棼”），移跸频而民生日苦。帝叹为苦口良药。随以士和为延平守。
是时，苏观生、陈赓多方鼓舞援军将士。吴之蕃、张国祚两营奋勇出战，与清师遇于李家山、九牛之间，数战皆捷。清师疑援兵至，撤围退屯水西。之蕃、国祚亦退守南康。时赣守已阅两月，奉诏劳苦，改名忠诚府。加杨文荐右都御史。二十四日，江起龙、赵印选、胡一清率师三千，南安同知刘清容引兵三百，苏观生部下遣师三千，粤帅余卒三千，杨廷麟收散亡数千，大司马郭维经、侍御姚奇胤召募滇闽兵八千，阁部丁魁楚部下遣师四千，先后皆至。营于城外，不下四万余人，皆欲一当敌。先时，中书袁从谔出募砂兵三千，铨曹龚蔡、兵曹黎遂球出募水师四千，留滞南安。万元吉以为必待水师之至，并力一战，安危在此一举。王其玄曰：“今水涸不能泛巨舟，且其帅罗明受故海盗也，桀骜不驯。龚、黎二公如慈母之奉骄子，岂能如约？”
是月朔，皇子琳原诞生。群臣表贺，有“日月为明，止戈为武”语。帝叹赏。大赦。覃恩。手诏封芝龙泉国公、鸿逵漳国公，寻改芝龙平国公、鸿逵定国公。郑氏厮养俱得三代诰。撰敕及织轴者，日不暇给。
阁部顾锡畴流寓温州。有镇将与督学相结，取事例银供饷。诸生鼓噪，镇将缚一二人杀之。锡畴欲疏劾，镇将乃乘夜缚锡畴投之于江。子蓥遁免。镇将者，贺君尧也。顾为佟邦年门生，邦年子为清朝嘉湖道。蓥在署中，适君尧以赂佟入官，蓥见之，以告。乃置之死。
时清师陷萧山，遂围诸暨及绍兴、严州。关门震动。
二十七日，发榜，取中叶瓒等一百七十五名，副榜六十五名。钱邦芑请一榜尽赐登科，以成旷典。而是科弊中甚多。榜内李枚文理大谬，编修周之夔、御史刘霖懋取布政司原卷不通处疏纠之。帝即命黜革，逮房考推官王三俊，追赃一万两以助水师饷。其余另旨。令南城御史方元令覆试。黜落四名。仍发续榜，俱准为举人。继而三俊之赃甫完而清师已至，幸免株连。
秋七月，都督陈谦奉鲁藩使，与行人林{次土}至关，超趄不进。芝龙以书招之，乃入陛见。启函，称皇叔父而不称陛下。帝大怒，下廷议禁狱。陈谦者，武进人。乙酉春，赍南都诏封芝龙为南安伯。比启读，券乃误书安南。谦谓芝龙曰：“安南则兼两广，南安仅一邑耳，请留券而易诏，更晋伯为侯。”芝龙大喜，厚赠而别。半道而南都失守。故芝龙素德谦，御史钱邦芑乃密启谦为鲁藩心腹，与郑深交，不急除，恐有内患。或以告芝龙。芝龙谓刑所必经其门，临期救之未晚。至夜半，内传片纸，别移谦斩之。芝龙闻，伏尸哭，极哀。以千金百布葬谦，为文祭之，有“我虽不杀伯仁，伯仁由我而死”之语。因疏“海寇狎至，今三关饷取之臣，臣取之海，无海则无家，非遄征不可，拜表即行”。中使手敕云：“先生稍迟，朕与先生同行。”及之河，则飞帆过延平矣。芝龙既去，守关将施福尽撤兵还安平，声言饷缺。盖微闻钱塘信也。
雷州守将杀清知府赵最、推官李宣国。高州府乡兵逐清所置官，复其城。
诏以皇子恩释佥都御史田辟于狱。辟，河南人，甲戌进士。南都时以户部榷税虔州。是年春，募兵入卫，改署都察院事。疏纠阁臣曾樱，语连中宫，帝含怒未发也。既而遣锦衣卫王之臣往阅其师，并发月饷。之臣迎合意旨，疏纠诡兵冒饷。遂下诏狱。然兵籍俱实，饷又未发，班行多申救者。帝怒不解。至是乃释。后辟崎岖楚、粤间，卒抗节而死。
督师黄鸣俊久驻衢州。八月，