等各协营将所收拾将领官兵并配执军器造报查点操练。查报阵亡将领官兵家眷安顿给赡。左武卫前协裴德收管中协并后协官兵；副领兵林瑞收管领旗协、骁翊营、火攻营、正领兵下官兵；左协萧泗收管右协并候缺官兵；随征营刘国轩自收并同张魁收左右协理官兵；一营洪善收二、三营直库。
赦左先锋杨祖、后劲杨正、准革职戴罪暂管镇事。援剿右镇现在拟罪，其官兵船只拨归后冲镇黄昭管辖。正兵镇韩英已故，全镇官兵未有管束，传令集诸将会推一员以代。时会推裴德、洪羽、萧泗、刘国轩、郑仁、杨富、张志等以进，惟右武卫独保张志堪任，杨祖惟荐杨富。藩谕曰：『二员俱各堪任，但思功次，则杨富系洪益进亲随，从桃花山以来，历有战绩尤多；张志从施郎时到，功次尤（犹）较不如；当以杨富惟（为）是』。于是诸将跪谢曰：『藩主照功次陞授，诸将益当励效矣』。
二十七日，行委杨富管理正兵镇事。派各地方发各镇官兵休养训练：援剿后镇刘猷、后提督右镇颜望忠札右提督原札温州石塘一带地方；宣毅后镇吴豪、中冲镇萧拱辰、宣毅左镇万义札原左武卫清江一带地方；亲军右武卫并左武卫裴德等札原前锋镇金乡、瑞安一带地方；左先锋、右冲锋札蓁屿一带地方；后劲镇、后冲镇中提督右镇李昂札三都地方；左提督正兵镇札兴化南日一带地方；忠靖伯陈辉督水师前镇阮美并都督罗蕴章、李顺等为水师，泊住舟山，防御各港，抗掣上流；右提督马信同左冲镇黄安为陆师，镇守舟山应援。
以挂印都督李必管舟山地方事。
九月初三日，藩令各镇驾归汛地。藩驾至沙关澳，分派饷地，安插官兵，俱已得宜。
初七日，藩驾回至思明州，广行招募旧时散逸将领官兵。
十月，藩驾驻思明州。援剿后镇刘猷侵入隘顽所内地征饷，为虏所诱，与战不胜，颜右镇救援，不久，猷死之。
右武卫周全斌屯札沙园所，就地征输兵饷，温虏来阻饷道，斌乘醉率兵与战，不胜，左协方英死之。
十一月，藩驾驻思明州，修整船只，备造军器。
十二月，藩驾驻思明州。蔡政自京回，京报和议不成，逮系马进宝入京。伪朝委满酋长达素带满汉万余骑前来剿海，另吊（调）浙直、广东数省水师合剿。藩令差监督李长吊（调）各汛守官兵回思明州。议遣前提督黄廷、户官郑泰督率援剿前镇、仁武镇往平台湾，安顿将领官兵家眷。
十四年庚子（一六六○）正月，藩驾驻思明州演武亭。
初八日，行兵官造报南京阵亡将领家眷，厚赐优恤。并查阵亡提督统镇有男女者，与之姻亲。时只中提督甘辉、左武卫林胜有子女合婚，遂令礼官择吉行聘。
十一日，传令督练官兵。催前提督等督各文武官随侍帐房住宿，待令军机。
十七日，陞礼武镇林顺为援剿右镇；陞前提督右镇刘俊署前冲镇；陞礼武镇林福管理礼武镇事，以其有居守之功。
二十一日，遣苏迪章押送漳平伯周金汤、太监刘国柱到龙门港登程，往行在复命。
虏酋达素头站兵马至福省。
二十四日，北汛右武卫同左冲镇等师吊（调）至思明。
二十六日，吊（调）仁武镇康邦彦出征，以左冲镇黄安交代防守新城，谕之曰：『重地锁钥，非尔不可。尔勉之』！拨正兵镇杨富代前提督右镇叶伯防守思明、东渡。
右武卫周全斌启：
『为切陈末议、仰祈睿监事。窃谓治外必先治内。叠据各报，虏添设兵马，修造船只，乘我失利之时，故敢浪逞。但彼悉皆地方之众，未习船务，区区水战，与我惯习之师相角逐，实天资我战胜之会，恢复亦未可知也。而今日我所要著者，惟在强兵裕赋，固足兵心。察各镇营官兵，奉令屯札舟山各处，皆离乡有日，在外风霜，各有归思。兼以措饷维艰，日复一日，暂为弊端。尚有缺少军器衣甲者，有警未免空拳赴敌，不如调回思明训练，择地取饷以裕兵食，以鼓兵心。以战则胜，以守则固，虏虽百万来犯，亦可立破也』。
藩批：『晓得。已先吊（调）回了』。
二十八日，委左冲镇右营陈广、拔授正领兵中军，以左武卫副领兵林瑞管左营事。
二月，藩驾驻思明州。
初二日，陞中提督右镇李昂为义武镇，左虎卫前协郑仁为正领兵，右武卫中协张志为援剿后镇。
初四日，陞左提督左镇胡酉为游兵镇，改名胡靖。
十八日，陞右提督左镇陈瑞为英兵镇，谢任为左营；陞正领兵陈璋为□兵镇，林却为左营，改名明祚。
二十六日，陞后提督右镇颜望忠为智武镇，何佑为左营；以原护卫左县革职降尾名兵杜辉为水师。改左提督翁天佑照旧总理监营事，官兵船器，交与左镇胡靖，任游兵镇事。赦姚国泰罪，拨为右提督协理，黑云祥为左协理。
遣前提督黄廷、右提督马信率后劲、右冲等镇下揭取粮。
三月，藩驾驻思明州。报伪酋长达素到泉，催促船只舵梢齐备，刻日犯攻思明。藩令宣毅前镇陈泽同奇兵镇黄应、援剿左镇黄昌等各水师，抛泊岞后獭、窟澳等处，堵防泉港。吊（调）回南