也就因承接程朱而有“洛闽中枢”之称，倍受人们的关注。
南宋初年，金兵南掠，杨时遂南归故里福建将乐，书院渐至废毁。南宋中期，理学大盛，无锡士人建祠堂祀杨时，并称龟山书院。元至正十年，僧人改为东林庵。自此，遂为佛教传道之所者二百余年。
明成化年间，邵宝重建于城南，不久即废。万历三十二年，顾宪成、高攀龙等以系道脉，树风声为己任，重建书院于城东旧址，设中和、丽泽、依庸三堂及道南祠，奉孔子，祀杨时，“相与讲德论学”于院中。讲学之余，院中同志又奉顾宪成“风声雨声读书声声声入耳，家事国事天下事事事关心”之训，讽议朝政，裁量人物，指陈时弊，锐意图新，使书院以一个教育学术中心而兼具政治舆论中心之职。救世而兼善天下的空谷之声，终于触怒以魏忠贤为代表的腐败势力。天启五年至六年（—）间，他矫旨颁布《东林党人榜》，迫害正直气节之士，株连三百余人，又下令尽毁天下书院，东林首当其冲，片瓦寸椽不存。正所谓“一堂师友，冷风热血，洗涤乾坤”，是为中国书院史上一大劫难。崇祯元年，东林党冤案平反，次年书院重建，增有燕居庙、再得草庐等建筑，形成今日格局。
明清之际，高世泰以高攀龙之侄，再开讲会于东林，前后三十年，四方学者相率赴会，其中中州之刁包、关中之李颙尝千里来游，传为佳话。复兴程朱理学，又成盛势。但此时的讲会，以“勿谈时事”相标榜，已无万历年间关心家国天下事的旨趣。
康熙、雍正年间，经过几次大的修复，书院规模已经恢复万历盛时旧观，并且增加了时雨斋、寻乐处等建筑。尤其是雍正十一年许献等人编印《东林书院志》二十二卷，全面总结东林讲会经验，标志书院发展已进入了成熟阶段。乾隆以降，东林办学全面转向，完全成为诸生肄业之所，少有士绅讲会之举，虽然弦歌相续，生徒尝至二百余人，但巳无昔日风采。光绪元年，知县廖纶曾大会士绅于依庸堂，意在振兴讲会，然则强弩之末，盛世不再。延至光绪末年，书院改名东林两等小学堂。
年，曾全面整修院舍，今存遗构多为此次所建。年，列为江苏省文物保护单位，年成立东林书院文物保管所，负责维修管理，辟馆陈列书院与东林党事迹，对外开放，每年接待游人数万之众。
高攀龙：《东林会约》序
明万历年间
吾锡故未有讲学者，有之，自宋龟山杨先生始，今东林其皋比（皋比：本指虎皮或有虎皮的座席。后来常指老师或讲学者的座席。）处也。自元以来，芜废久矣。复之于邵二泉先生，王文成之记可考也。嘉隆以来又芜废矣，复之于顾泾阳先生。于时中丞则嗣山曹公、直指则起莘马公、督学则意白杨公、兵使者则龙望邹公、郡伯则宜诸欧阳公邑侯则平华林公，皆曰：“都时哉不可失。”各捐金构祠宇。同邑顾侍御骧宇公则出其所有地以为祠址，林侯复以其工之羡，买田供盍簪（盍簪：盍，合。簪，插于发髻或连冠于发的长针。盍簪即衣冠会合，后泛指文人的聚首。）之饩，泾阳先生而下同志者，又各捐金买地，构为讲堂书舍，以为讲习燕居之所。而先生复为约指示，一时从游者盖。攀龙读而叹曰：“至矣！无以加矣！古之君子其出也以行道，其处也以求志，未有饱食而无所事事者。无饱食而无所事事，斯不亦乐乎？又何多事而自取桎梏为耶。噫，正以不能无事云尔，夫人有生则有形，有形则有欲，有欲则有忧，以欲去忧，其忧愈大，蚩蚩然与忧俱生，舆忧惧死矣。学也者，去其欲，以复其性也。必有事以复于无事也，无事则乐，乐则生，生则久，久则天，天则神，而浩然于天地之间。夫人即至愚未有舍其可乐，而就其可忧，然徐而究其实，卒未有不就其所，忧而舍其所乐者。呜呼！其亦弗思耳矣，思之如何？约备矣，无以加矣。谨刻以公同志者，期相与不负斯约云。
顾宪成：东林会约
明万历年间
饬四要
一曰知本。知本云何？本者，性也，学以尽性也，尽性必自识性始。性不识，难以语尽性不尽，难以语学。吾绎朱子《白鹿洞规》，性学也，不可不察也。是故父子亲矣，君臣义矣，夫妇别矣，长幼序矣，朋友信矣。乃其所以亲，所以义，所以别，所以序，所以信者，果何物乎？于是乎有学矣，有间矣，有思矣，有辨矣，有行矣。乃其所以学，所以问，所以思，所以辨，所以行者，又何物乎？不可不察也。以至修身也，言能自忠信乎？行能自笃敬乎？忿能自惩、欲能自窒乎？善能自迁、过能自改乎？处事也，谊孰从而正？道孰从而明乎？接物也，有不欲，孰禁之使勿施，有不得，孰引之使反求乎？不可不察也，察之斯识之矣。识则无往而非性也，不识则无往而非器也。或生而知之，或学而知之，或困而知之，识也。饥食渴饮，贸贸焉与禽兽并生并死于天地之间，不识也。盖亦有自以