为人狡诈，不可深信」一折，于柴大纪如何贪劣、如何误事、如何惧贼不进兵实迹，并未列款参劾，经节次降旨饬谕。兹据军机大臣奏：「福康安有寄伊等公信一件，内称柴大纪守御县城，并非伊之力量。福康安到县城时，面见柴大纪形貌并非劳瘁、马匹亦皆膘壮、城中粮食并未断绝；其接奉谕旨不肯带兵出城一节，亦系义民等不肯将伊放出，伊亦畏贼不肯出城」。守诸罗一事，朕不忍以为柴大纪之罪。至于其它声名狼籍、纵兵激变、不肯带兵剿贼，柴大纪既有此等情节，福康安于具折时何不逐款指出，据实参奏！即或因县城甫经解围，未便即将柴大纪参劾，亦应将以上各情节随折寄知军机大臣，令其代陈；朕亦得以悉其原委，可无须再三饬谕。乃福康安既未于折内列款纠参，又不早寄知军机大臣代奏。试思柴大纪在县城被围日久，其奏到「接奉谕旨不肯带兵出城」一折，披阅之下，朕为之堕泪；即在朝诸臣凡有人心者，亦无不以柴大纪竭力守城，称其义勇。是即柴大纪小有过失，亦当录其大功而宥其微眚；岂能据福康安所奏柴大纪「为人狡诈、不可深信」一语，遽治以无名之罪！若因此笼统虚词，即将有功之人加以罪谴，又何以服众心而示天下耶！此事福康安具奏含糊固难辞咎，而李侍尧心存容隐，其咎较之福康安为尤重！前问李侍尧之谕尚未覆秦，想亦难为措词耳！本日常青所奏，总不过敷衍塞责，殊属无谓！前因其初至郡城，调度一切尚为妥协，且伊已年老尚能亲自带兵打仗，是以赏戴双眼花翎，以示奖励。今半载以来，株守郡城毫无出力；念其尚无大过，与恒瑞之摇惑人心者有间。伊于闽省情形尚为熟悉，业经补用福州将军；伊自当照将军职分，戴用单眼花翎』。
丙戌（二十三日），谕：『柴大纪在嘉义县剿捕贼匪，县城被贼围困数月，始终保守无虞；是以特沛殊恩，用昭懋赏。嗣据福康安奏其「为人狡诈，不可深信」；朕尚以柴大纪有守城之功，未便以无据空言加之罪谴。昨德成查勘海塘回京，据奏风闻柴大纪自复任台湾总兵，贪纵营私、废弛营务，并令兵丁私回内地贸易，激变贻误，玩视贼匪，种种酿成巨案」。朕以德成自浙回京，距闽不远，所闻必非无因；随降旨令福康安、李侍尧、琅玕各行查实具奏。旋据琅玕奏：「风闻柴大纪私令守兵渡回内地贸易，每月勒缴银钱；又驻守嘉义县时，系畏贼不出，并非实心守城」。本日又据李侍尧奏：「台湾戍兵多有卖放私回，以致缺额。其留营当差之兵，亦听其在外营生，开赌窝娼、贩卖私盐；镇将令其每月缴钱，经年并不操演」。经李侍尧咨查，始据柴大纪开报见在戍兵实止共有七千五百名；此外，则以伤亡散失、无可查核为辞。观之，不胜骇异！又称：「前岁贼匪滋扰府城时，柴大纪恇怯不敢出战；经永福等面加诮让，始带兵出城」等语。用兵之道，当赏罚严明；此次贼匪滋事，竟由柴大纪废弛贪黩积渐酿成，岂可以守城微劳置之不问。况柴大纪在府城，既畏贼不敢出战；又移驻嘉义县时保护无虞，全系兵民之力。即所奏粮饷断绝各情节，亦多不实。而其贪劣各款见经查有确据，此而不严加查办，何以肃军政而儆官邪！柴大纪着革职拏问，交福康安逐一严审明确，定拟具奏。
至福建水师提督员缺，着蔡攀龙补授；所遗员缺，着梁朝桂补授。至常青在闽年久，擢用总督亦有年余；柴大纪平日骫法侵渔、废弛营务，常青岂无所闻！且据李侍尧奏，于常青前往台湾时曾以该处戍兵缺少札知常青；是常青渡洋时，李侍尧亦必将柴大纪各款迹一并向常青述及。常青既抵台湾，见闻更确；况与永福、杨廷理朝夕相见，断无不将柴大纪各款向永福等询问，永福等断无不详悉告知常青之理。乃常青竟无一字奏及，殊属昧良辜恩，有心徇隐。常青亦着革职，即交与福康安一并严审，据实具奏。其福州将军员缺，着魁麟补授。魁麟资格本浅，念其系尚书查弼纳曾孙，且人尚明白，是以加恩擢用。见在台湾剿捕事宜虽即日完竣，而善后各事正需人经理；魁麟即由驿星速前往台湾，随同福康安学习办理一切事务。所有四川建昌镇总兵员缺，着张芝元补授』。
谕军机大臣等：『柴大纪贪纵营私各节，经谕令福康安、李侍尧详悉查明，据实参奏。朕即向军机大臣言及，以李侍尧在闽浙总督任内已将一载，于柴大纪贪劣各款自必早有所闻；此次奉旨饬查，李侍尧止可诿为未经查访确实，及军务紧急之时未便将柴大纪参奏，以文其从前不即参奏之过。今据李侍尧奏到之折，果不出朕所料。李侍尧受朕厚恩，不意其扶同徇隐竟至于此！福康安于具奏之初，虽未将柴大纪实在款迹据实指参；而朕因福康安既有此奏，始向德成查询，因此柴大纪贪劣各款得以逐细究出，尚由福康安发其端。至李侍尧调任浙闽已及一载，且驻扎厦门，常接台湾地方官禀报，较之邻省传闻更为确切。既据称「到闽时，即风闻戍兵多有卖放私回之事」，何以不即据实查参？此何等事而可从缓办乎！至其纵令兵丁在外营生，甚至开赌窝娼、贩卖私盐，更出情理之外；而柴大纪所报见存戍兵止有七千余名，此外籍称伤亡失散，委无可查，更不成话！此等情节，李侍尧即因彼时军务紧急、柴大纪正