把总一人为淡水营千总、把总，每半年轮派分防鸡笼。
六十年，移台湾镇总兵官驻澎湖，移澎湖协副将驻台湾。
六十一年，以移扎澎湖之台湾镇总兵官仍驻台湾；其澎湖仍设水师副将。又，设台湾镇右营守备一人，裁分巡厦门道标守备、千总各一人、把总二人。
雍正元年，设台湾水师协右营守备一人。以台湾镇标右营守备一人、把总一人驻岗山，左营守备一人驻下加冬，台湾协水师中营千总一人驻盐水港，左营千总一人驻笨港，水师副将及守备一人驻安平镇城内。
九年，改台湾北路淡水营守备为都司。
十一年，增设台湾镇标左营千总、把总各一人，右营把总一人。又，设台湾城守营参将一人、守备二人、千总二人、把总四人为左、右二营。裁北路营参将，改设北路协副将；并设都司一人、守备一人、千总四人、把总八人。分中、左、右三营，中营设都司以下等官，左右二营各设守备以下等官。又，设南路营都司一人、千总一人、把总二人，淡水营把总一人，台湾水师协左营千总、把总各一人，右营把总一人。
十三年，移台湾镇标守备一人驻春牛埔，移水师千总一人驻小南门。
乾隆二十五年，移盐水港汛把总一人驻林圯埔。
五十三年，移台湾北路左营守备自嘉义县城驻斗六门，嘉义县城改设都司一人。
嘉庆十三年，改台湾协右营游击为艋舺营游击，改延平协左营守备为艋舺营中军守备；同驻艋舺，管辖陆路弁兵。改兴化协左营守备为艋舺营水师守备，驻沪尾炮台。拨淡水营千总、把总十人隶水师守备管辖。改淡水营都司为台湾协右营都司，驻安平。
十六年，于噶玛兰地方之五围设守备一人、存城把总一人、协防外委一人、额外外委二人，头围设千总一人、外委一人，嶐嶐岭设额外外委一人，溪州设把总一人：归艋舺营兼辖。
道光七年，移台湾镇标右营游击一人驻彰化县竹堑，为北路右营游击。移原驻竹堑守备一人并右营千、把、外委各一人同驻大甲，又右营把总一人驻铜锣湾，又外委一人驻斗换坪。
十三年，复设台湾镇标右营游击。改原设台湾北路左营为嘉义营，设参将一人，驻嘉义城；归台湾镇总兵统辖。移原设北路左营都司驻斗六门，为斗六门营都司；归嘉义营参将兼辖。移原设斗六门汛守备驻嘉义，为嘉义营参将中军守备。
十四年，移加溜湾汛外委一人驻台湾城守营，属萧壠汛；移旧社汛外委一人驻茅港尾汛、移猫雾捒汛千总一人驻葫芦墩、移原设葫芦墩外委一人驻大墩汛、移大安口汛外委一人驻吞霄汛、移下淡水营随防把总一人驻阿缑汛、移南路营把总一人驻阿里港汛，归下淡水营管辖。移下淡水营额外外委一人驻九槐厝，归阿里港汛管辖。移枋寮汛外委一人驻湖州庄。
同治八年，拨台湾镇标右营游击、守备各一人归道标，并设都司、千总各一人；隶台湾道管辖。裁台湾镇标右营、台湾协中营、澎湖协左、右二营各游击一人，改设都司一人。裁噶玛兰守备一人，改设把总一人。裁台湾协中、右二营、澎湖协左、右二营各守备一人，裁台湾镇中、左二营、台湾城守右军、北路协中营、台湾协中、左、右三营、澎湖协左、右二营、噶玛兰营、沪尾营各千总一人，裁南路营、嘉义营、北路协右营各千总二人，裁台湾镇标中营、南路下淡水营、北路协中营、台湾协右营、沪尾营各把总一人，裁澎湖协右营把总二人、台湾协中、左二营各把总三人、北路协右营把总四人。裁台湾镇标中、左二营同新改道标之台湾镇标右营、台湾城守左、右二军、南路营、北路协中、右二营、嘉义营、台湾协中、左、右三营、澎湖左、右二营、艋舺营、沪尾营噶玛兰各外委四十六人。又移台湾道标千总一人驻枋寮。
光绪元年奏定：福建巡抚驻台湾，其台地自千总以下，由巡抚考拔；守备以上，仍会同总督拣选题补。台湾总兵撤去「桂印」字样，归巡抚节制。又裁安平协副将。
四年，奏拨台湾左营游击以下等官归抚标左营，驻郡城；台湾中营游击以下等官，随台湾镇移扎安平。改台湾协中、右两营都司为台湾镇标陆路，又拨左、右两营所属千、把、外委归镇标左右营。改台湾水师协左营游击为北路协陆路左营。改原驻省城之抚标左营参将为中营参将，所属备弁改为中营名目；原设台湾水师协左营守备、中、右两营水师千总、把总、外委、额外外委为陆路。
五年奏定：督标轮流赴台，抚标及台湾改设水陆各缺，仍应复旧。移台湾镇标左营游击一人驻恒春县，为恒春营游击。其守备以下，一律改隶台湾镇节制，作为游击中军，分驻车城；以千总同驻恒春为专营。以把总、外委派拨县属枫港大树房。
九年，移分防车城汛守备一人驻鹅銮埔石厝口，仍留把总一人驻车城汛。
十一年，改福建巡抚为台湾巡抚。
十三年，拨新改之澎湖镇标左营游击、守备归台湾外海水师左营；台湾镇总兵官及澎湖镇总兵官均归闽浙总督、福建台湾巡抚、福建水师提督节制。
——以上见「钦定大清会典事例」卷五百五十一。