故既稱微妙與上。復云無量廣大也。聲聞獨覺。及未登地菩薩。不能信解。願何由發。披肝相授。無心好樂。坐受彈斥。泣動大千。諒亦無所辭乎。既知此旨。當發是願。經云。於諸有情。起利益安樂慈悲喜捨平等之心。正教頻發是願也(首者白云)藥師瑠璃光如來。本行菩薩道時。發十二大願。令諸有情。所求皆得。我今從佛。亦如是發。
  (願文稍詳。今纂成偈。既易憶持。又便誦發。齊聲唱云)。
  願我來世得菩提  身光熾然照法界  相好莊嚴丈夫身  令諸有情無異我  願我來世得菩提  光明功德甚廣大  燄網莊嚴過日月  幽冥眾生悉開曉  願我來世得菩提  智慧方便無邊量  所受用物皆無盡  莫令眾生有乏少  願我來世得菩提  令諸邪行住正道  若行聲聞獨覺者  皆以大乘安立之  願我來世得菩提  無邊有情修梵行  皆令具足三聚戒  設有毀犯還清淨  願我來世得菩提  有情身劣根不具  聞我名已具諸根  端正黠慧無疾苦  願我來世得菩提  有情眾病貧窮苦  我之名號一經耳  身心安樂資具足  願我來世得菩提  女人百惡之所逼  極生厭離聞我名  即得轉成丈夫身  願我來世得菩提  令諸有情出魔罥  解脫外道之稠林  正見修習菩薩行  願我來世得菩提  有情王法所加苦  及餘菑難逼身心  以我威神皆解脫  願我來世得菩提  有情饑渴因造業  我先飲食飽其身  後以法味竟安樂  願我來世得菩提  有情無衣寒熱逼  專念我名得衣服  寶莊嚴具亦滿足
  南無藥師瑠璃光如來(十二稱竟五輪著地)。
  既發願已。誦陀羅尼。此陀羅尼。全體三德。法身般若解脫謂之三。皆有常樂我淨之謂德。法身者。即我本性。體自常真。般若者。亦是我性。妙明圓照。解脫者。性我自在。無礙清淨。良由性本圓融。是三即一。亦唯性圓融故。即一而三。除滅一切苦故。得大自在。願行巧方便故。獨露妙明。究竟深境界故。本真圓滿。是既顯說。已示思修。今又密談。重彰秘要。當知秘要。體任遮持。遮二邊惡。持中道善。離邊離中。天然有在。非三非一。法爾現前。然一實深處。本離言說。欲人思自得之。故但引而不發。行願功德。像季妙投。正當淨國成生。是以一經三復。滅除苦惱。深悲重障。要須定光說呪。爰將密地轉移。好色香藥。授與一丸。諸重大病。平復如本。方其定體放光。光中說呪。安置諸子秘密藏中。若乃本時立願。願成苦度。我亦不久自住其中矣。
  (呪文。灌頂譯於經後。隋譯與奘師譯。俱略。葢行願功德。即顯說明呪。故名結願神呪。後人取淨師譯。入奘譯者。則經為合部。而行為顯密齊修。故持呪即是持經。且拔苦法門。密為尤要。依之良是。首者作白)。
  藥師瑠璃光如來。得菩提時。由本願力。觀諸有情。遇眾病苦。瘦瘧乾消。黃熱等病。或被魘魅蠱道所中。或復短命。或時橫死。欲令是等病苦消除。所求願滿。時我世尊入三摩地。名曰除滅一切眾生苦惱。既入定已。於肉髻中出大光明。光中演說大陀羅尼。呪曰。
  南無薄伽伐帝 [鞥-合+(白-日+田)]殺社窶嚕 薜瑠璃鉢喇婆曷囉闍也 咀他揭多也 阿囉喝帝 三藐三勃陀也 呾姪他唵 [鞥-合+(白-日+田)]殺逝[鞥-合+(白-日+田)]殺逝 [鞥-合+(白-日+田)]殺社三沒揭帝 莎訶(同執爐繞座。誦一百八徧竟。首者白)
  爾時光中說此呪已。大地震動。放大光明。一切眾生病苦皆除。受安隱樂(一禮)。

  八懺悔

  經云。我說藥師名號本願功德。為拔業障所纏有情。故今依經。修滅障法。先念一切業障所纏。皆由宿因。過去今生。與諸有情。何惡不造。罪累既積。世世相逢。為冤為親。為纏為障。若不懺悔。無由解脫。道法不成。故須披誠。哀求三寶。為我滅除。法華三昧云。業性雖空。果報不失。顛倒因緣。起諸重罪。流淚悲泣。口宣懺悔。
  (應心念言。我及眾生。無始常為三業六根重罪所障。不見諸佛。不知出要。但順生死。不知妙理。我今雖知。猶與眾生。同為一切重罪所障。今對藥師十方佛前。普為眾生。歸命懺悔。唯願加護。令障消滅。念已唱云)。
  普為四恩三有法界眾生。悉願斷除三障。歸命懺悔。
  (唱已。五輪著地。心復念言。我與眾生。無始來今。由愛見故。內計我人。外加惡友。不隨喜他一毫之善。唯徧三業。廣造眾罪。事雖不廣。惡心徧布。晝夜相續。無有間斷。覆諱過失。不欲人知。不畏惡道。無慚無愧。撥無因果。故于今日。深信因果。生重慚愧。生大怖畏。發露懺悔。斷相續心。發菩提心。斷惡修善。勤策三業。翻昔重過。隨喜凡聖一毫之善。念十方佛。有大福慧。能救拔我。及諸眾生。從二死海。置三德岸。從無始來。不知諸法本性空寂。廣造眾惡。今知空寂。為求菩提。為眾生故。廣修諸善。徧斷眾惡。唯願藥師。慈悲攝受。想訖。唱云)。
  至心懺悔。(比丘)某甲。等與法界。一切眾生。現前一心。圓滿清淨。光明廣大。