。來降道場。安住法位。光明徧照。攝取我等。哀憐覆護。令得成就。菩提行願。
  釋迦本師。善名稱吉祥王等六佛世尊。十方三世一切正覺。及曼殊室利等八大菩薩。救脫執金剛等菩薩。阿難尊者。諸大聖眾。誓願等熏。哀愍攝護。十二藥叉。諸天梵魔龍鬼神等。護法聖賢。悉到道場。安慰堅守。同成淨行(三說)。

  五讚歎

  (本經無讚文。欲取他文。恐與藥師願行功德。不得盡同。又不可輙任胷臆。故采龍樹毗婆沙論。徧讚東方諸佛偈文。用以讚之。讚時。了知身口意業。充滿法界。讚歎三寶。無生無滅。無有自性)。
  面淨如滿月  光明照無極  壽命無有量  國土甚嚴淨  能滅諸眾生  三毒之熱惱  所有現在佛  皆從其發願  聞名定作佛  是故稽首禮
  以此歎佛功德。修行大乘。無上善根。奉福上界天龍八部。大梵天王。三十三天。閻羅五道。六齋八王。行病鬼王。各及眷屬。此土神祇。僧伽藍內。護正法者。又為國王帝主。土境萬民。師僧父母。善惡知識。造寺檀越十方信施。廣及法界眾生。願藉此善根平等熏修。功德智慧。二種莊嚴。同得往生。淨瑠璃國。(一拜)

  六禮敬

  (行者應念三寶。體是無緣慈悲。常欲拔濟一切眾生。但為無機。不能起應。我既再三奉請。縱非目擊。冥應不虗。故須作已降之想。燒眾名香。五輪著地。禮上所請三寶。唯諸天鬼神。不須致禮。若至藥師本尊。及本經呪。各須三禮。此之人法。是道揚主故。唱云)。
  一心頂禮。本師釋迦牟尼世尊(如前請中三寶諸位。皆須五輪著地。勤重致禮。禮佛想云。能禮所禮性空寂。感應道交難思議。我此道場如帝珠。釋迦如來影現中。我身影現釋迦前。頭面接足歸命禮至禮藥師如來。即云藥師如來影現中。云云。又禮藥師。應云為求滅障接足禮。此是懺悔主故。禮法想云。真空法性如虗空。常住法寶難思議。我身影現法寶前。一心如法歸命禮。禮僧準上禮佛。但改為菩薩等)。

  七發願持呪

  經云。如來行菩薩道時。發十二微妙上願。令諸有情。所求皆得。是即如來甚深行處也。夫諸有情。即二十五有眾生。是諸眾生。多苦少樂。離苦獲樂。是其所求。菩薩起大慈悲平等之心。為之拔一切苦。與一切樂。乃其願也。無緣與拔。故稱微妙。其願一一皆云願我得菩提時者。我以自在為義。此我。雖菩薩自誓。亦即二十五有我性。願即我性力用。涅槃云。王三昧力。破二十五有。顯二十五有我性。我性即實性。實性即佛性。佛性顯時。得八自在我。葢自性起願。還願自性。願得自性成。性成無上道。故二十五有眾生。苦拔樂與。得所求時。即是菩薩願滿。得阿耨菩提時也。如來遊於如是法性。過諸菩薩所行。故曰甚深所行處也。又我所行處既爾。常樂淨處亦然。普賢觀云。常波羅蜜所攝成處。我波羅蜜所安立處。樂波羅蜜離身心相處。淨波羅蜜滅有相處。是知八在圓成。故稱破有法王。四德究竟。即號遮那性海。如是功德莊嚴。故曰微妙上願。然此十二願。即是四誓。依四諦立。四諦者。二示世間苦因果。二示出世樂因果。一切菩薩欲拔此苦。欲與此樂。故依之立四誓也。依苦諦立。云眾生無邊誓願度。依集諦立。云煩惱無數誓願斷。依道諦立。云法門無量誓願學。依滅諦立。云佛道無上誓願成。但今十二願。與樂在前。拔苦在後者。此是菩薩期心果體。為本修因。我得菩提方施與拔。又是菩薩拔苦心重。眾生苟獲樂已。焉有不拔苦耶。故初相好莊嚴。光明無量二願。依滅諦立成佛道願。次令得智慧。安立大乘。具三聚戒三願。依道諦立學法門願也。上是出世因果。次完具諸根。豐贍貧窮。具丈夫相三願。與第十脫惡對。十一免饑渴。十二解寒熱三願。是依苦諦立度眾生願。第九出魔網見林一願。是依集諦立斷煩惱願也。此示世間因果。其斷集一願者。惑雖無量。見思攝盡。外道著見。魔羅躭思。魔外出已。無餘事矣。若斷苦須六願者。世間現見苦境甚多。愽地滋蔓。忍堪苦苦。故須六願專對。庶可根枝俱拔。前三根缺。貧窮。女人。苦勢延緩。而根深難拔。故菩薩至初僧祇滿。始離此障。是故先發。後三惡對。饑渴寒熱。苦情逼切。而枝淺易除。故人世稍知方向者。自無此事。是以後發。然淺深前後不同。皆集為之主。集苟能除。兩頭自盡。故以集願居其中也。應知後三。亦從前三開出。只因世道現多。人情偏苦。是故諸佛恕己。堯舜病諸。即如光中說呪。亦偏對治。其瘦瘧。黃熱。是此饑渴。寒熱。中蟲短命。是此惡對。雖以滅除一切苦惱為名。而其悲心所緣。若有私屬。故知藥治正投急證。師功實堪殿軍。前之九願。諦智已足。與拔殆周。乃重運悲增。取次開出。深知有所不容已也。又願不依狂。諦名為願。雖不出四。今以藥師善巧方便。開為十二。要使行者標心立行。前後顯了。先與性德之樂。後拔性德之苦。雖一一稱性無緣。而一一熾然與拔。觀生即滅。成自性佛道。觀愚即智學自性法門。觀苦即法身。度自性眾生。觀障即法界。斷自性煩惱。如是觀之。克始克終。體性融即。是