大失人心。台湾要保不牢了。谍报传入内地，闽督姚启圣非常得意，想乘此吞灭台湾了。
姚启圣系浙江会稽人，证明汉族。少年时已胆大敢为，后来从征有功，康亲王杰书竭力保奏，竟擢为福建总督。福建迭遭兵燹，十室九空，康亲王收服耿藩，驱逐郑氏，表面看是平靖，内容实是撩乱。当时闽中住着一王、一贝子、一公、一伯，及将军、都统各员，都带着皇室禁旅、满洲健儿。这班兵士，吃了百姓的粮米，占了百姓的房屋，还要百姓的子弟，给他当差，百姓的妻女，畀他侍寝，可怜这等小百姓，敢怒而不敢言。到了康亲王奉旨班师，兵士们掳去金帛，不可胜计，还有眉清目秀一班俊仆，娇娇滴滴的一班妇女，兵士不肯舍去，也要把他们带回。姚启圣假义行仁，面请康亲王下令禁止，暗地里设法偿还，计捐金二十万两，拔还难民二万多人，这不可谓非姚氏功德。因此闽人感激异常，多摆着长生禄位，供奉这位总督姚公。人人说乱世时难以做官，吾谓乱世时做官反易，如若不信，请看姚启圣。启圣暗想，人民已受笼络，功劳还是寻常，总要做一件大大的事业，方不愧为清家柱石。适值台湾内乱，立即奏了一本，说是台湾主少国危，时不可失。康熙帝便令王大臣会议，内阁学士李光地请即照准，康熙帝遂降旨准奏。启圣复力保降将施琅，材可大用，得旨授施琅为福建水师提督，加太子太保衔。武将加文衔，也是清朝创举。
施琅本郑氏旧将，习知海上险要，到任后，日夕督操，练成水师军二万，分载战船三百艘，指日攻打台湾。会彗星出现，尚书梁清标，及给事中孙蕙，疏陈天象告警，不宜用兵，有诏暂停进剿。施琅力主出师，朝议又迁延数月。到康熙二十二年，因施琅屡次上奏，遂如所请。又是一个卖主求荣。台湾在福建东北，姚启圣欲候北风进取台湾，施琅独请乘南风先取澎湖。且言：“澎湖不破，台湾无取理，澎湖失，台湾不战自溃。”遂疏请力任讨贼，留督臣在厦门济饷。康熙帝又言听计从，于是施琅遂进兵澎湖。守将刘国轩四面筑垣，环列火器，把澎湖守得格外严密。施琅遣游击蓝理为先锋，乘潮进薄，自乘楼船继进。国轩令守兵连放火炮，间以矢石，自昼至夜，相持不下。忽然飓风大起，波如山立，战船随流簸荡，支撑不住。国轩驾船而出，直冲楼船，施琅急督兵迎敌，猛被一箭射来，正中琅目，琅不禁失声，几乎跌倒。幸亏总兵吴英，见主帅受伤，一面令亲卒保护施琅，一面率军士力战，炮矢齐发，射退国轩，大风亦渐渐平息，两边鸣金收兵。
次晨，施琅定计分攻，力惩前创，命总兵陈蟒，率五十艘攻鸡笼屿，总兵魏明，率五十艘攻牛心湾，自督五十六艘分作八队，直捣中坚，仍用蓝理为先锋，另具八十艘为后应。国轩见清军继出，正拟坚守，仰见东南角上，微云渐合，立命发兵。部长曾遂道：“施琅再来，必惩前辙，我军不如固守为是。”国轩道：“今日必有大风，正可一鼓歼敌，何为不出？”曾遂问道：“主帅何以知有大风？”国轩以手指东南角，示曾遂道：“汝在海上多年，难道不知海上气候，云合风生，雷鸣风止么？”曾遂喜跃而出，率领战舰，先来迎敌。适遇一清舰驶至，舟上大书蓝理二字，曾遂知清军前锋已到，喝令水兵接仗。此时正值盛暑，蓝理裸着半体，立在船头，两手执着双刀，先把敌兵劈下了数十个，敌兵见蓝理凶猛，各执长枪刺来，蓝理将双刀乱削，削断枪杆无数，又砍了好几个敌兵。自身也着了十多枪。谁叫你裸体？陡遇一弹飞来，掠过蓝理肚腹，蓝理向后而倒。那边曾遂大呼道：“蓝理死了！”突见蓝理跃起，持刀大吼道：“蓝理尚在，曾遂死了。”应对有趣。复连呼：“杀贼，杀贼！”震声如雷。施琅闻蓝理被伤，急率军舰上前，见蓝理腹破肠出，鲜血淋漓，忙令蓝理弟蓝瑗、蓝珠，翼蓝理下了小舟，掬肠入腹，裹好创处，载回营中。
说时迟，那时快，国轩已联樯而来，接应曾遂，奋力相扑。施琅命各队分列，人自为战，枪戟并举，箭弹互施，真杀得天日无光，风云变色。突然间天空中一声霹雳，响彻海滨，国轩不胜骇愕，曾遂以下诸将士，都相顾失色，军心一乱，哪里还愿抵敌？眼见得败阵退还。清军乘势掩杀，焚毁敌舰百余艘，毙敌兵万余名，国轩仓卒退至牛心湾，遇清将魏明杀来，不敢抵当，另走鸡笼屿，又遇着清将陈蟒，前后左右，统是清兵，没奈何逃奔台湾去了。
施琅乘胜至台湾，舟泊鹿耳门，胶浅被搁，敌舰复来攻击。施琅连忙对仗，火箭火弹，互掷一阵，怎奈敌兵如蚁而来，施琅舟不能动，被他四面围住。正紧急间，蓝理摇舟来救。敌大惊，相率披靡。蓝理左手执盾，右手执刀。跃上敌船，连斩巨魁十余人，敌兵凫水遁去。乃请施琅易舟，琅执理手，并问创疾。蓝理笑道：“主帅有急，就使创裂至死，亦顾不得许多。”副将义务，理应如此。遂与施琅轰击郑军，郑军退去。
次晨，海上大雾迷濛，潮高丈余，施琅、蓝理等鼓舟而入，国轩方在岛上督守，见清军随潮进来，推案起立，叹道：“闻先王得台湾，鹿耳门潮涨，今又这般，岂非天数么？”遂遣使迎降，缴出延平郡王招讨大将军印，献出台湾版籍。自顺治十八年