将军，封常山公；归为公孙五楼兄，故赏赉独隆；五楼且加官侍中尚书令，兼左卫将军，专总朝政；就是他叔父公孙穨，也得授武卫将军，封兴乐公。桂阳王慕容镇入谏道：“臣闻悬赏待勋，非功不侯，今公孙归结祸构兵，残贼百姓，陛下乃封爵酬庸，岂非太过？从来忠言逆耳，非亲不发，臣虽庸朽，忝居国戚，用敢竭尽愚款，上渎片言。”超默然不答，面有怒容，镇只好趋退。群臣从旁瞧着，料知超喜佞恶直，遂相戒不敢多言。尚书都令史王俨，谄事五楼，连年迁官，超拜左丞，时人相传语云：“欲得侯，事五楼。”超又使公孙归等率骑五千，入寇南阳，执住太守赵光，俘掠男女千余人而还。
晋刘裕欲发兵进讨，先令并州刺史刘道怜，出屯华阴，一面部署兵马，请命乃行。时刘裕已晋封豫章郡公，刘毅何无忌，也分封南平安成二郡公。三公当道，裕权最盛。无忌素慕殷仲文才名，因仲文出任东阳太守，请他过谈。仲文自负才能，欲秉内政，偏被调出外任，悒悒不乐，因此误约不赴。无忌疑仲文薄己，遂向裕进谗道：“公欲北讨慕容超么？其实超不足忧，惟殷仲文桓胤，是心腹大病，不可不除。”裕也以为然。适部将骆球谋变，事泄被诛，裕遂谓仲文及胤，与球通谋，即将他二人捕戮，屠及全家。二人罪不至死，惟为桓氏余孽，死亦当然。
已而，司徒兼扬州刺史王谧病殁，资望应由裕继任。刘毅等不欲裕入辅政，拟令中领军谢混为扬州刺史。或恐裕有异言，谓不如令裕兼领扬州，以内事付孟昶。朝议纷纭莫决，乃遣尚书右丞皮沈，驰往询裕。大权已旁落了。沈先见裕记室刘穆之，具述朝议。穆之伪起如厕，潜入白裕道：“晋政多阙，天命已移，公勋高望重，岂可长作藩臣？况刘孟诸人，与公同起布衣，共立大义，得取富贵，不过因事有先后，权时推公，并非诚心敬服，素存主仆的名义。他日势均力敌，终相吞噬，不可不防。扬州根本所系，不可假人，前授王谧，事出权道；今若再授他人，恐公终为人制，一失权柄，无从再得，不如答言事关重大，未便悬论，今当入朝面议，共决可否。俟公到京，彼必不敢越公，更授他人了。”裕之篡晋，实由穆之一人导成。裕极口称善；见了皮沈，便依言照答，遣他复命。果然沈去数日，便有诏征裕为侍中，扬州刺史，录尚书事。裕当然受命，惟表解兖州军事，令诸葛长民镇守丹徒，刘道怜屯戍石头。
会闻谯纵据蜀，有窥伺下流消息，乃亟遣龙骧将军毛修之，会同益州刺史司马荣期，共讨谯纵。荣期先至白帝城，击败纵弟明子，再请修之为后应，自引兵进略巴州。不料参军杨承祖，忽然心变，刺死荣期，擅称巴州刺史，回拒修之。修之到了宕渠，接得警耗，退还白帝城，邀同汉嘉太守冯迁，即九十一回中之益州督护。同击承祖，幸得胜仗，把他枭首。再欲进讨谯纵，偏来了一个新益州刺史鲍陋，从旁阻挠，牵制修之。修之据实奏闻，刘裕乃表举刘敬宣为襄城太守，令率兵五千讨蜀，又命并州刺史刘道规，为征蜀都督，节制军事。谯纵闻晋师大至，忙遣使至后秦称臣，奉表乞师；且致书桓谦，招令共击刘裕。谦将来书呈入秦主，自请一行。秦主兴语谦道：“小水不容巨鱼，若纵有才力，自足办事，何必假卿为鳞翼？卿既欲往，宜自求多福，毋堕人谋。”谦志在报怨，竟拜辞而去。到了成都，与纵晤谈，起初却还似投契，后来谦虚怀引士，交接蜀人，反被纵起了疑心，竟把他锢置龙格，派人监守。谦流涕道：姚主果有先见，求福反致得祸了。”已而谯纵出兵拒敌，与刘敬宣接战数次，均至失利，再遣人至秦求救。秦遣平西将军姚赏，梁州刺史王敏，率兵援纵。纵亦令将军谯道福，悉众出发，据险固守。敬宣转战入峡，直抵黄虎，去成都约五百里。前面山路崎岖，又为谯道福所阻，不能进军。相持至六十余日，军中食尽，且遭疫疠，伤毙过半，没奈何收兵退回。敬宣坐是落职，道规亦降号建威将军。裕因荐举失人，自请罢职，有诏降裕为中军将军，余官如故。裕本欲自往讨蜀，因南燕为患太近，不得不后蜀先燕，于是抗表北伐，指日出师。朝臣多说是西南未平，不宜图北，独左仆射孟昶，车骑司马谢裕，参军臧熹，赞同裕议。安帝不能不从，便命裕整军启行。时为义熙五年五月，夏日正长，大江方涨，裕率舟师发建康，由淮入泗，直抵下邳，留住船舰辎重，麾兵登岸。步至琅琊，所过皆筑城置守。或谓裕不宜深入，裕笑道：“鲜卑贪婪，何知远计？诸君不必多虑，看我此行破虏呢。”乃督兵急进，连日不休。
南燕主超闻有晋师，方引群臣会议，侍中公孙五楼道：“晋兵轻锐，利在速战，不宜急与争锋。今宜据住大岘山，使不得入，旷日延时，挫他锐气，然后徐简精骑二千，循海南行，截彼粮道，别敕段晖发兖州兵士，沿山东下，腹背夹攻，这乃是今日的上计。若依险分戍，筹足军粮，芟刈禾苗，焚荡田野，使彼无从侵掠，彼求战不得，求食无着，不出旬月，自然坐困，这也不失为中策。二策不行，但纵敌入岘，出城逆战，便成为下策了。”莫谓五楼无才，超本深信五楼，何为此时不用？超作色道：“今岁星在齐，天道可知，不战自克。就是证诸人事，彼远来疲乏，必不能