即为赵、王二军所袭。王会先死于乱军之中，夏国相欲自刎，惟念既以死自誓，亦须一见吴世蕃之面，乃与高起隆引败残人马约五六千人，绕道奔回府城。不意高起隆见势将亡，早变了心，已阴款于赵良栋。那赵良栋即令其谋杀夏国相，故高起隆为杀夏国相，就在夜里乱起来。还亏夏国相平日最得人心，当高起隆引亲兵乘夜杀进时，夏国相的护兵不令其进帐，且大呼道：“夏公忠以报国，恩以待人，汝辈奈何从贼乎？”言犹未已，高起隆的亲兵早散去大半。高起隆大怒，欲冲进夏国相帐中。于是夏军的护兵一齐抵御，乃砍高起隆为肉泥。夏国相叹道：“国家将亡，宜有此等怪象。今高起隆死矣，何若死于国，犹流芳千古乎。”说罢，知高起隆已与赵良栋有约，恐其外为应，乃立刻领残兵奔回。惟赵良栋、王进宝已乘后蹑追，夏国相不敢恋战，没命奔至城垣。赵良栋乘机猛击。还亏谭洪接应，救得夏国相进去，而城中外垣已陷了十余丈。良栋欲乘势直入，得谭洪死挡一阵，赵军进势稍却。
唯谭洪身被数伤，是夜亦即殒命。
自谭洪死后，人民益为惶骇。且兵粮虽足，惟城内居民尚多，被围日久，亦已食尽。马宝不得已，分军粮以济一时。然因此民心稍安，惟军粮渐少。
是时将官亦逐渐凋落，惊慌何可胜言，日望藏人救兵不至，君臣唯相对而泣。
由是军心益惧，皆怨吴世蕃不应召回马宝，以至一子错全盘皆乱。故世蕃听得，更惧为军人所害，急召郭壮图入保行宫。胡国柱以郭壮图独当一面，不可移动，奈吴世蕃不从，胡国柱愤极，悻悻回寓，即咯血而终。自此王会、高起隆既死于城外，胡国柱、谭洪亦死于城中，只余夏国相、马宝、郭壮图三人，虽智勇双全，此时亦鞭长莫及。赵良栋乃与各路昼夜攻击，直薄城下。
两军血肉相薄，相持数月，周兵益疲。至次年夏间，粮草皆尽。且归化寺一带，自郭壮图退保行宫，兵力益单，早被贝子赖塔、彰泰攻陷。
是年秋七月，桂抚傅宏烈斩马承荫于柳州，桂乱悉平，故傅宏烈复带兵入滇。自攻下归化寺后，五华山势已孤立，加以赵良栋、蔡毓荣不住攻击，延至十月，城中食尽，南门守将方志球阴与蔡毓荣相通，即献南门，放蔡军入城。由是诸君齐进。甫报到南门失守，吴世蕃及郭壮图先已自尽。夏国相与马宝引心腹亲兵直行冲击，欲杀一二敌将，然后自尽。不料蔡毓荣已下降者免死之令，军士多已投降。马宝部将张祺大怒，立杀降者二人，于是军中哗然，反倒戈相向。蔡毓荣更下令，杀得夏国相、马宝者，赏以万金。于是蔡军一涌向前，万枪齐发。马宝恐被擒获，先行拔剑自刎。夏国相急引亲兵望西奔来。忽前面敌兵纷纷拥至，正是赵良栋大兵，枪声响处弹子如雨而下，夏国相即身被数伤，立即毙命。未几大学士方光琛驰到，亦被击死。赵良栋乃与蔡毓荣尽降周兵，直望五华山追来。所有护守行宫的军士，皆已投顺。
赵、蔡二将先将人马分扎五华山上，并管束降兵，各带健卒千人，欲直进吴世蕃行宫。未几，贝子赖塔亦到，乃相将同入。只见一人伏尸而哭。赵良栋大喝道：“大军至此，尚不降耶？”那人听得，却拿起一飞锥向赵良栋打来，然后拔剑自刎。还亏赵良栋眼快，那飞锥掷个落空，却击中背后护兵一人，立时倒地。良栋即率亲兵上前，欲拿那人，已是自刎死了。细视其人，乃吴世蕃的大学士林天擎也。因听得吴世蕃已是自尽，故进宫来欲殓葬世蕃尸首，以免为敌兵屠戮。不料正哭一场，赵良栋已到，遂不及殓葬吴世蕃，即及于难。赵良栋并令亲兵琢林天擎为肉泥，复割吴世蕃首级，以备回京献俘。徐即与蔡毓荣赖塔再进里面，但见宫女、宫监在后园林树中投环自尽者，不计其数。余外有投井的，有服毒的，男女尸首层叠于后宫。赵良栋见得，喟然叹道：“妇人竖子且捐生殉国亡，王宫内无一降者，可见人心尚非从我也。使三桂父子励精图治，勇于进取，天下谁属，固不可知。乃有此固结之人心而不知用，徒苟安佚乐，自取败亡，岂不可惜哉？”说罢，令军士将宫内各宫监、宫人尸首收殓埋葬。又见云南人心固结，以连年被兵，乃请款赈济穷民。并将国相、马宝等戮尸。又函吴世蕃首级献俘，一面奏捷入京，报告肃清，酌留兵驻滇以办理善后，然后班师。
时朝廷听得云南已平，先令户部发币五百万以赏军士。计有功诸员以图海、赵良栋、蔡毓荣、王进宝、张勇居首，孙思克、李之芳、傅宏烈、赖塔、穆占、希尔根、硕岱、彰泰、徐治都、杨捷、姚启圣、施琅、吴兴祚等次之，俱受上赏。又以军兴以来，诸大员多有失机偾事，至是乃降旨罪之。诏道：当吴逆初叛时，即选满汉精兵，命顺承郡王勒尔锦统之，计程三月可至荆州。乃不乘贼远来马疲守备未固之时渡江扼险，挫其锋锐， 俾贼得以其暇，据守湖南要害，犯我夷陵江西，分我兵力。耿精忠、孙延龄、杨嘉来相继变乱，劳师数载，无尺寸之功，惟安坐以索督抚司道之馈送。其贝勒尚善、察尼、鄂鼐等共攻岳州，奉命以舟师断贼饷道， 动以舟楫未见风涛不测为词，迨长沙大兵已进，尚不乘机夹攻。又简亲王喇布迟留于江右，贝子鄂洞失机于陕西，若非朕