开门出猎人，昶与刘毅、道规，率壮士数十人，乘间直入。宏方啖粥，见毅等至，放箸欲起，道规直前斩之。左右大乱，击杀数人方止。毅持其首，出徇於众曰：「奉诏诛逆党，违者立死！」军土披甲欲战，道规摇首止之曰：「朝廷大军旋至，卿等勿同族灭。」青州军士素畏服道规，遂散走。乃留道规守广陵，收众过江，与裕军合。
丁巳，裕率二州之众一千七百人军於竹里，移檄远近，共讨桓玄。玄闻京口难作，怒曰：「无端草贼，速击杀之。」继问首谋者何人，左右曰：「刘裕。」不觉失色。又问其次，曰：「刘毅、何无忌。」恐惧殊甚。左右曰：「裕等乌合微弱，势必无成，陛下何虑之深？」玄曰：「刘裕足为一世之雄，刘毅家无担石之储，樗蒲一掷百万，何无忌酷似其舅，共举大事，何谓无成。」乃命桓谦为征讨大都督，屯军於覆舟山待之，戒勿轻进。
却说王玄德等探得外已举事，谋俟京旅出征，夜伏壮士於关内，纵火烧其官室，乘乱攻之，可以杀玄。刘迈狐疑不敢发，事泄，迈及玄德、扈兴、厚之皆死。仲德逃免。桓谦请进兵击裕，玄曰：「彼兵锐甚，计出万死，若有蹉跌，则彼气成，吾事去矣。彼空行二百里无所得，锐气已挫，忽见大军，必相惊愕。我按兵坚阵，勿与交锋，彼求战不得，自然散走、此策之上也。」谦曰：「贼兵初起，扑之易灭，缓则养成其势，图之转难矣。宜急击勿失。」玄不得已从之，乃遣左卫将军吴甫之，右卫将军皇甫敷，引兵相继北上。二人皆玄之勇将，素号万人敌者，故用为军锋。
却说甫之进至江乘，与裕军相遇。甫之兵，多裕数倍，甲骑连营，干戈耀日，裕众皆恐。裕曰：「今日之战，有进无退，成败在此一决，诸君勉之。」乃身先士卒，手执长刀，大呼以冲之，敌皆披靡。甫之迎战，裕突至马前，甫之方举刀，头已落地。西军争奋，东军大败，皇甫敷闻前军失利，分兵作两路来援。裕与檀凭之亦分兵御之。凭之冲入敌军，奋力乱砍，一将从旁刺之，中其要害，大叫一声而死。军少却，裕见事急，进战弥厉。敷合两军夹攻，围之数重。裕战久刀折，见路旁一大树，遂拔以挺战。敷喝曰：「刘寄奴，汝欲作何死！」拔戟刺之，刃不及者数寸。裕瞋目叱之，敷觉眼前似有一道红光冲来，人马辟易。其时无忌率众杀人，不见裕，问裕何在。军士指曰：「在兵厚处。」乃直透重围救之，射敷，中其额，敷踣於地。裕弃树取刀，向前砍之。敷将死，谓裕曰：「君有天命，愿以子孙为托。」遂斩其首。众见主将死，皆乱窜，裕大呼曰：「降者勿杀。」於是降者过半。获其资粮甲冑无数。裕归营，抚凭之屍而哭之。先是义旗初建，有善相者，相众人皆大贵，其应甚近，独相凭之不贵。裕私谓无忌曰：「吾徒既为同事，理无偏异，凭之不应独贱。」深不解相者之言。至是凭之战没，裕悲其死，而知大事必成。乃以孟昶为长史，守京口，尽合其众，往建康迸发。
玄闻二将死，大惧；问群臣曰：「吾其败乎？」吏部郎曹靖之对曰：「民怨神怒，臣实惧焉。」玄曰：「民怨有之，神何怒焉？」对曰：「晋氏宗庙，飘泊江滨，兴楚之际，上不及祖，神焉得无怒！」玄曰：「卿何不谏？」对曰：「辇上君子，皆以为尧舜之世，臣何敢言？」玄默然。时敌信日急，玄悉起京师劲旅，付桓谦将之，使何澹之一军屯东陵，卞承之一军屯覆舟山西，众合三万。庚颐之率精卒一万，为左右救援。
乙未，裕军至，覆舟山东，先使赢弱登山，张旗帜为疑兵，佈满山谷，使敌人望之，不测多少。诘旦，传餐毕，悉弃资粮，与刘毅分兵为数队，进突敌阵。裕与毅以身先之，将士皆殊死战，无不一当百，呼声动天地。时东北风急，裕乘风纵火，烟燄涨天，鼓噪之音，震动京阙。桓谦股栗，诸将不知所为。又颐之所将，多北府人，素畏服裕，见裕临阵，皆不战而走，军遂大溃。
先是，玄惧不胜，走意已决。潜令殷仲文具舟石头，而轻可载服玩书画。仲文问其故，玄曰：「兵凶战危，脱有意外之变，富使轻而易运。」及闻大军一败，率亲卒数千人，声言赴战，上挟乘舆，下带家室，出南掖门以走。胡藩执马鞚谏曰：「今羽林射手，尚有八百，皆是精锐，且西人受累世之恩，不驱一战，一旦舍此，欲安之乎？」玄不答，鞭马急奔，西趋石头，与仲文等浮江南走。
斯时京中无主，百官开门迎裕。裕乃整旅入建康，下令军士，不许扰及民间，百姓安堵如故。庚申，屯石头城，立留台百官，焚桓温神主於正阳门外，尽诛其宗族之在建康者。一面遣诸将追玄，一面命臧熹入宫，收图籍器物，封闭府库。有金饰乐器一具，裕问熹曰：「卿欲此乎？」熹正色对曰：「皇上幽逼，播越非所，将军首建大义，勤劳王家，熹虽不肖，实无情於乐。」裕笑曰：「聊以戏卿耳。」壬申，群臣推裕领扬州，裕感王谧恩，使领扬州报之。於是推裕为大将军，都督扬、徐、衮、豫、青、冀、幽、井八州军事。以刘毅为青州刺史，何无忌为瑯讶内史，孟昶为丹阳尹，诸大处分，皆委於穆之。仓猝立定，无不毕具。穆之谓裕曰：「晋自隆安以来，政事宽弛，纲纪不立，豪族陵纵，小民穷蹙。元显政令违舛，桓玄