备、宪兵、警察、商工六百余人乘夜遯。及天明，民众踵至，入埔里社，不见倭，分掳清时文武官衙，求倭所往则在北港溪（在埔里社西北）。溪实坑也，台湾谓谷为坑，有清时旧营堡林营泰率隘勇五百在焉。北距埔四十里，日军欲奔大墩，至此不敢行，民众侦知，遂出攻之。而荣泰父名超拔，小名乌狗，本林朝栋部下，饬其子效顺，首迎日军，故尚得管隘勇；至是谨助日军守。
埔社人李林基，愤暴政，督众攻尤力，隘勇与日兵同心堵御。有施慕者，家饶裕，号于众曰：『居先破营者千金，斩馘者五百金』！施慕家佣者田荣奋而往，从者八十人，至夜薄日营，惟三十人不敢入，田荣独跳身下坑，入敌堡，遇守门者，即取其头。守门者揽其足。倭头滑，田荣以两手把其耳，盘转于地，各以短兵刺。田荣刺倭颈，倭亦刺其腰。乘拔刀时，两人松手，各走开。田荣返，负二伤，视所挟枪，则误易倭枪也。围七日，倭益戒心，众无由入，倭亦不得出。
是时民众虽败于鹿港，然皆咎戆翻坐误，气不衰，仍据南路各地，自山迄沿海，乘夜舂人药，搜军实，多蠕蠕欲动。宜兰鼎底盂之众，亦溢出攻屯军，日军惴惴自守，不能遏。凤山之徒，时时跳梁，林小猫既约和，阳不与知，亦无力检摄他部。已乱未乱地方，咸摩厉以须，全台有虹溃之忧。于是总督府亟檄新竹、苗栗军，齐援台中。至彰化，见无警。越六月乙丑朔，进员林，炮队当先，骑兵继进，步兵夹伏，枪炮大震。匪徒散，遂进克北斗。越二日，次刺桐巷，越日克斗六。斗六屯众本无据地意，祗为日军全退，恐奸疻乘机肆掠，故留维持地方。既觇日军来，则不愿浪战贻殃，于是整队归大坪。
日军之南下也，惟员林、北斗小有战事，及至起事之斗六，反无阻。斗六人监于庵古坑之祸，兵未至多已逃匿。日本官吏兵士惩前车之覆，入街后，捕拿株连焚毁亦轻。于是约嘉义会师大埔林，师共有二千人，不敷分布，犹未能整队入山。
埔里社之众围北港坑，既七月，亦已懈，又无冲锋陷阵能率多人入险破敌如陈发者以为之倡，惟欲困敌以俟绝粮，迨其粮绝，而供应围众之人亦已倦，于是相继散归。民众既散，日军伏犹未知。有山头熟番见山寮空无人，以告隘勇，转报日人，日人喜得更生。以隘勇为前导，入埔里街，派街民供饭浆粮米，盖已饥欲死矣。历叙七日间苦况，则群卧泥涂中，上无蔽，下无藉，警无以眠，食无以炊，水无以饮，见走兽、闻啼鸟则疑敌至，见山头树色疑人影；形容黧稿，遍体瘴泾，相对如鬼。既出险，而山外援军至，则围杀施慕家并李林基家。李林基走，妻徐氏挟枪斗焉。兵入，殪二人，击伤数人。兵火其庐，徐氏出幼子，自缢死。日军复远近搜捕，焚毁村社。黄铜走北窟。北窟峰高插天，下凭深潭，日军不能攻。埔里社本番域，康熙迄乾隆禁汉人入垦。嘉庆时犹为空山，道光后弛禁，旷壤日辟，孳养蕃息，垂六十年而庶。至是凋残矣！
自六月迄七月，恢复各地。南北军事，不遑宁居，官民俱苦之。八月复修民政，则议招抚大坪，许以不死。大坪顶张彦等要二事：一勿屯山上军，二勿杀山中民。日官议不可。再遣人往，不敢入。九月，招山下人复业。十月，禁山内、山外交易。于是十一月乙卯（二十四日），大坪顶民众负枪齐出，屯斗六市外，截收民间所应纳官租，设局近郊，传檄四方，历数不法罪状。其文猥长不足录。其略曰：『焚杀淫掠者，兵也；骚扰室家者，警也；掊克聚歛者，吏丁也。愿与纵恶者敌，我兄弟也，大好男儿，死犹生也』。守备队见其众势汹汹，不敢问。征收毕，众归山。官吏尽拘纳租者治罪，重输始释。
十二月壬戌朔，日军复为入穴捣巢计，鸠附近兵，募向导，取间道，近山民无应者。而黄选本匪徒，假大坪势勒索中埤庄、篮仔头庄助饷，中埤人衔之者即应募。避正路陷穽椓杙，引从复谷迢递中，披藤斩竹行。夜至大坪顶。大坪人已迁部庭尾。时沍寒解严，守寮者仅十四人，伏寮烧炬赌博。酣呼中，闻竹戛戛声，有疑者曰：『听之，竹有声』！或谩曰：『竹声，牛摩痒耳』。既而如爇爆竹声，犬狂吠，曰：『得毋无毛鬼来乎？今夜不出哨，奈何』！则应曰：『秃驴焉敢来？其与虎借胆也』！言未毕而枪鸣矣，则倭已割竹林入矣。十四人者即拿枪从寮后越山去，日兵入，见无人，即惊疑，乱搜至天明，不敢留，从原道归。大队从正道归，遇打榖者。打榖皆山民，出有枪，结队行，遇兵不可走，则截而奋击。而部庭尾民众得十四人报，驱而出，亦追击，前后夹攻。山民捷跳如猿猱，日兵皆革靴，不习山，走辄踣，东犄西角悉坑之，有生擒者。一队奔樟湖，亡六十余人；奔竹广坑，亡三十；奔菅蓁笼，亡七十余。从原道者归斗六，狼狈无人色，奔散者村人导之归。
既大败，事不可已，电台中及台北索援。于是罄中路守备军并南路五千人。越七日乙卯，会师斗六，分四路上山。前败者知山径，为前导，新军蚁傅进，工兵队负锹锄，各皷勇而登。大坪民众觇军势浩大，知不敌，先已徙入内山，并部庭山亦不居，而置哨寮焉。日军至大坪，不遇匪徒，所遗茅屋炊灶不复焚毁，因而驻军其中。自山