。七世祖霸，为元帝师，位至侍中。《前书》霸字次儒，元帝师。解见孔昱传。父宙，太山都尉。
融幼有异才。《融家传》曰：“兄弟七人，融第六，幼有自然之性。年四岁时，每与诸兄共食梨，融辄引小者。大人问其故，答曰：‘我小儿，法当取小者。’由是宗族奇之。”年十岁，随父诣京师。时河南尹李膺膺，颍川襄城人。《融家传》曰：“闻汉中李公清节直亮，意慕之，遂造公门。”李固，汉中人，为太尉，与此传不同也。以简重自居，不妄接士宾客，来外自非当世名人及与通家，皆不得白。融欲观其人，故造膺门。语门者曰：“我是李君通家子弟。”门者言之。膺请融，问曰：“高明祖父尝与仆有恩旧乎？”融曰：“然。先君孔子与君先人李老君同德比义，而相师友，《家语》曰：“孔子谓南宫敬叔曰：‘吾闻老聃博古而达今，通礼乐之源，明道德之归，即吾之师也。今将往矣。’遂至周，问礼于老聃焉。”则融与君累世通家。”众坐莫不叹息。太中大夫陈炜后至，炜音于匦反。坐中以告炜。炜曰：“夫人小而聪了，大未必奇。”融应声曰：“观君所言，将不早惠乎？”膺大笑曰：“高明必为伟器。”
年十三，丧父，哀悴过毁，扶而后起，州里归其孝。性好学，博涉多该览。
山阳张俭为中常侍侯览所怨，览为刊章下州郡，以名捕俭。刊，削也。谓削去告人姓名。俭与融兄褒有旧，亡抵于褒，不遇。抵，归也。《融家传》“褒字文礼”也。时融年十六，俭少之而不告。融见其有窘色，窘，迫也。谓曰：“兄虽在外，吾独不能为君主邪？”因留舍之。舍，止也。后事泄，国相以下，密就掩捕，俭得脱走，遂并收褒、融送狱。二人未知所坐。融曰：“保纳舍藏者，融也，当坐之。”褒曰：“彼来求我，非弟之过，请甘其罪。”吏问其母，母曰：“家事任长，妾当其辜。”一门争死，郡县疑不能决，乃上谳之。《前书音义》曰：“谳，请也，音宜杰反。”诏书竟坐褒焉。融由是显名，与平原陶丘洪、陈留边让齐声称。州郡礼命，皆不就。
辟司徒杨赐府。时隐核官僚之贪浊者，将加贬黜，融多举中官亲族。尚书畏迫内宠，召掾属诘责之。融陈对罪恶，言无阿挠。挠，曲也，音乃孝反。河南尹何进当迁为大将军，杨赐遣融奉谒贺进，不时通，融即夺谒还府，投劾而去。河南官属耻之，私遣剑客欲追杀融。客有言于进曰：“孔文举有重名，《融家传》曰：“客言于进曰：‘孔文举于时英雄特杰，譬诸物类，犹众星之有北辰，百谷之有黍稷，天下莫不属目也’。”将军若造怨此人，则四方之士引领而去矣。不如因而礼之，可以示广于天下。”进然之，既拜而辟融，举高第，为侍御史。与中丞赵舍不同，托病归家。
后辟司空掾，拜中军候。在职三日，迁虎贲中郎将。会董卓废立，融每因对答，辄有匡正之言。以忤卓旨，转为议郎。时黄巾寇数州，而北海最为贼冲，卓乃讽三府同举融为北海相。
融到郡，收合士民，起兵讲武，驰檄飞翰，引谋州郡。贼张饶等群辈二十万众从冀州还，融逆击，为饶所败，乃收散兵保朱虚县。稍复鸠集吏民为黄巾所误者男女四万余人，更置城邑，立学校，表显儒术，荐举贤良郑玄、彭璆、邴原等。璆音巨秋反，又音求。郡人甄子然、临孝存知名早卒，融恨不及之，乃命配食县社。其余虽一介之善，莫不加礼焉。郡人无后及四方游士有死亡者，皆为棺具而敛葬之。时黄巾复来侵暴，融乃出屯都昌，都昌，县，属北海郡，故城在今青州临朐县东北。为贼管亥所围。融逼急，乃遣东莱太史慈求救于平原相刘备。《吴志》，慈字子义，东莱人也。避事之辽东，北海相孔融闻而奇之，数遣人讯问其母，并致饷遗。时融为管亥所围，慈从辽东还，母谓之曰：“汝与孔北海未尝相见，至汝行后，赡恤殷勤，过于故旧。今为贼所围，汝宜赴之。”慈单步见融，既而求救于刘备，得兵以解围焉。备惊曰：“孔北海乃复知天下有刘备邪？”即遣兵三千救之，贼乃散走。
时袁、曹方盛，而融无所协附。左丞祖者，称有意谋，劝融有所结纳。融知绍、操终图汉室，不欲与同，故怒而杀之。
融负其高气，志在靖难，而才疏意广，迄无成功。迄，竟也。在郡六年，刘备表领青州刺史。建安元年，为袁谭所攻，自春至夏，战士所余裁数百人，流矢雨集，戈矛内接。融隐几读书，隐，凭也。《庄子》曰：“南郭子綦隐几而坐。”谈笑自若。城夜陷，乃奔东山，妻子为谭所虏。
及献帝都许，征融为将作大匠，迁少府。每朝会访对，融辄引正定议，公卿大夫皆隶名而已。《说文》云：“隶，附着。”
初，太傅马日磾奉使山东，及至淮南，数有意于袁术。术轻侮之，遂夺取其节，求去又不听，因欲逼为军帅。日磾深自恨，遂呕血而毙。《三辅决录》曰：“日磾字翁叔，马融之族子。少传融业，以才学进。与杨彪、卢植、蔡邕等典校中书，历位九卿，遂登台辅。”《献帝春秋》曰：“术从日磾借节观之，因夺不还，条军中十余人使促辟之。日磾谓术曰：‘卿