「出土」，可以说是中国文化史上的壮举。但是，由于狭隘的民族偏见 【乾隆四十一年十一月十七日旨称：「所有触碍字样，固不可存」，「如南宋人斥金，明初人书之斥元，其悖于义理者，自当从改」(见一九六五年中华书局版：《四库全书总目》卷首)。孟森《选印四库全书平议》说：「四库馆未开以前，自康熙以来，君主之意旨，臣民之揣摩，为女真讳，为建州讳，其风已炽」，「至四库馆开而根本删改、禁毁原书，此所以成清代书籍中一大公案也」(见一九三三年《青鹤》杂志第一卷二十三期)。】 ，褊窄的正统观点 【乾隆四十年十一月十七日旨称：「青词一体，乃道流祈祷之章，非斯文正轨」，「迹涉异端，不特周程张朱诸儒所必不肯为，即韩柳欧苏诸大家亦正集所未见」。又乾隆三十八年五月十七日旨称：所收文字，当「有益于世道人心」(见《四库全书总目》卷首)。如王珪《华阳集》刊本删去青词、密词、道场文、斋文等，即据以上批语。】 ，封建思想的严重束缚 【乾隆四十六年十一月初六日旨称：某些诗，「词意媟狎，有乖雅正」，「各种诗集内有似此者」，「一并撤出」。「夫诗以温柔敦厚为教」，「朕辑《四库全书》，当采诗文之有关世道人心者」(见《四库全书总目》卷首)。】 和「官样文章」的草率敷衍 【乾隆四十三年五月二十六旨称：「若此任意疏忽，屡训不改，长此安穷，是徒以四库书馆开幸进之阶，为终南快捷方式」(见《四库全书总目》卷首)。具体事例如，《净德集》全部辑入了现存《永乐大典》标明《吕净德先生集》的二十二条，但标作《吕元钧集》和《吕元钧诗》的五条全部漏收。这很使人怀疑钞辑者是否知道「吕元钧」、「吕净德」和吕陶是同一个人，尽管写「提要」者知道这一点。再如，辑本对《永乐大典》从地方志等转引的诗文基本都忽略未辑。还有一些由于考据错误，致使辑而复失，像那本经过「钦定」的《雪山集》就是如此(参见本书第一○八页注)。】 ，使这项艰巨的工作有很大的缺点。实际上，清代学人已察觉《四库全书》中本子不可完全信赖，例如张之洞在诗里曾婉转地说：「乾隆四库求遗书，微闻写官多鲁鱼」 【见《广雅堂诗集》上册《潘侍郎藤阴书屋勘书图歌图为无锡秦谊亭作》。孟森《选印四库全书平议》，还提到一个文字错漏的原因，令人笑叹。有些错漏竟成为馆臣借以谄媚乾隆皇帝的手法：「馆臣缮本进呈时，必故留误字，侍高宗校出指斥，以示圣明之天纵。」】 。又例如劳格在《读书杂识》里对一些别集进行了辛勤的搜讨和补充。但这些校补的学者没有机会利用《永乐大典》，因此他们旁搜远讨而得来的东西，有些在《永乐大典》里就可以找到 【例如清黄羣《敬乡楼丛书浮沚集拾遗》所辑《出都门》条，见《永乐大典》卷三千五百二十六「门」字韵，页三下(见影印本第四十九册)。如《忠肃集拾遗》所辑《张文定玉堂集》条，其完整佚文见于《永乐大典》卷二万二千五百三十六「集」字韵，页九上(见影印本第一百八十八册)。又如《东堂集》卷三辑《余英馆诗》，下注：「案，此诗《永乐大典》原本阙佚，今从《湖州府志》采补。」但此诗见《永乐大典》卷一万一千三百十三「馆」字韵，页十四上，其题作《次韵蔡成允题余英馆诗》(见影印本第一百一十五册)。以上数例，表示「大典本」的辑补和校勘的主要依据，仍然应该是《永乐大典》。】 。
令人痛惜的是，两万余卷《永乐大典》，遭帝国主义侵略者的掠夺和我们自己人的盗窃，今天大家能够见到的只有八百卷了，还不到原书的百分之四。我国解放后，有了中华书局的影印本，《永乐大典》不再像以往那样珍秘难求，辑补工作也方便了许多。这次辑补工作，除直接补充了辑本别集的不足之外，还为研究清代的政治、文化、思想诸问题及《四库全书》的得失等方面，提供了一批较为集中的材料。
《四库全书》内收「大典本」别集共一百六十五种。其中刊入《武英殿聚珍版丛书》者二十八种；收入《四库珍本丛书初集》者六十五种；其它版本七十二种，另有《斜川集》一种虽未收入「四库」，但也为馆臣所辑。这三类辑本别集便是本书的辑补范围。此外还辑补了也属于「大典本」的笔记两种，作为「附录」。
现存《永乐大典》 【现存《永乐大典》包括中华书局一九六○年影印本的七百三十卷和此后该局新由国内外陆续搜集到的六十五卷。这六十五卷中，上海藏三卷、台湾藏五卷、西柏林藏七卷、西德藏三卷、英国藏二十二卷、日本藏十八卷、美国藏三卷、南朝鲜藏二卷以及最近北京图书馆由山东掖县所得二卷。另外还有分散多处的五张零页(卷七百二十第十六页、卷八千九十四第十一页、卷一万七百八十七第四、五页、卷二万六百七十五第十一页)。】 引录这些别集和附录共六千四百九十五条，经核校后，发现四库「大典本」及各家补辑本 【其中也包括《全宋词》和《全金元词》。】 共漏辑一千八百六十四条。条数漏辑率达百分之二十八点八。其中没有发现漏辑的仅八种 【这八种别集是：家铉翁《则堂集》、陈元晋《渔墅类稿》、卫博《定庵类稿》、廖刚