台营存兵在城不过千余，其安平一协中左两营，水师兵分防汛地外，在镇者亦仅千人，去其虚数，实存不过七百余人而已。只可协防郡城，不能再有分遣。今南路有郡兵七百，又有南路本营兵一千，足以办贼，无用增往。惟北路嘉义地方辽阔，仅北路左营都司一员驻嘉义县城，虽有一千二百六十八名之额，除分防汛地，守城亦仅五百名耳。再去四行虚数，恐不及四百人。今南路之贼纷纷北去，即宜侦贼踪迹，驰往击捕，不但无兵可调，抑且无官可将。近北路者莫若澎湖，其营水师额兵一千八百余名，其地无贼，宜咨摄总兵官檄游击一员，备兵七百名，以俟北路进止。
六曰：请员听用。台湾各营，自安平副将以下，参将至守备，大半以小署大，参错不一，望浅权轻，实不足以董率军校。不但干局庸懦而已。即文官中备公使者，实亦乏人。侦知贼踪，遣兵往击，即苦无员可用。而守城带兵之事，至用及教官。安能有功？宜密请大府选参将至守备各一员，文官中郡倅县丞素称能事者二、三员，驰至此，即安堵；无事亦所宜行，并不止为剿贼之用。
七曰：亟修城垣。郡中城垣颓坏，各县雇工缮修，尚未竣事。南门尤为扼要。但县丁所雇匠首，召雇泥水匠不及百人，未免迟滞。宜令台湾县增募乡夫二百名，准匠人工直发交匠首。其工直仍着各县家奴分给，力促修筑，限以三日毕工。又嘉义县城连为雨水冲塌，亦二百余丈，闻王令已筹款修葺，宜檄促加雇民夫，限日修竣。
八曰：筹给兵费。大兵既动，口粮尤急。今郡中往南之兵，虽由台湾府筹款备具，其凤山本邑兵费及台湾守城各兵，由县筹付。凡诸难杂甚伙，尤不可少缺。此时各员义在急公，断不敢略存吝惜。然恐事定之后，各人亏缺甚巨，身家从之。此款将来如不获开销，宜作如何筹补，抑或郡县分年递捐，请先给札牒，以释各官之虑，庶鲜瞻顾，致失机宜。
○再上孔兵备书
南路贼匪滋事，仰荷硕画，文武尽力，首从咸获，保障全郡，绩烈无量。莹羁旅此邦，亦得蒙威武之中，略无惊骇，鼓舞欢欣，不能自已。惟自起事至于竣功，业已匝月，未能入告者，岂非以罪人众多，悉心研鞫，不欲造次定谳故乎？于此，仰见阁下仁恕为怀，虽严厉肃杀之中，仍体圣主一夫不辜之德。所谓求可原于法外者也。乃浅俗无识之徒，不明大义，往往以纵为宽，遂欲使有罪逃刑。此则舆论之误矣。自古有道之国，不赦有罪。盖法者，本诸天祖，虽天子之权，不能以意为轻重。今则拘于阴德报应之说者，往往有意减释人罪。莹尝苦口争之，以为是纵也，非宽也。夫所谓宽者，特举其大纲，不为苛刻繁细、附会深文而已。故圣王在上，网漏吞舟之鱼，然未尝废网而不用。武侯治蜀，用法颇峻，而蜀人百世怀之。子产称众人之母，而铸刑书。此其义至为深远，非浅见俗士习妇人之仁者所能知也。虽然，法者圣王不得已而用之，期以止辟而已。而不为已甚。其中有权衡焉。苟矫纵弛之弊，而一意峻法，则或有不得其平者。
日者，贼徒谋逆，至欲攻城戕官，此诚罪大恶极。然犹幸党羽无多，即已破灭。今渠魁助恶之十数人既服极刑，而从逆攻城服大辟者，亦数十人。其余桎梏待罪者，尚有百数。以莹之愚，似可悉就发遣，无事更加骈首矣。何也？圣王之律，所以极重于反逆者，以此等恶戾败坏人心，闾阎受其荼毒；灾祸之中，至为惨酷。故主谋者必寘以极刑，而后人人知儆耳。方贼势初挫，民间谣言未息，犹尚惊疑。其潜受贼约者，亦尚不免于观望。当此之时，若非严刑峻法，不足以儆凶慝，定人心。及乎事已平定，民人安堵，贼徒畏惧，解散之后则戮数百人与数十人等耳。今首逆与助恶之人，或寘极刑、或寘大辟，其余业已输服。及按验时，俯首无辞者，无论矣。或言词反复，虽明知其狡诈，似不妨姑援惟轻之议，降等问罪。此虽迹近于纵，而实则非纵。盖就法者已多，而国法足以昭戒也。仁义两途，互相为用，权衡之道，是在秉钧。窃谓此时宜速檄府县定谳，上闻以抒圣怀，不必再事推求。今月已几望，倘过此潮期，则开舟须至岁除，未免太迟。愚昧之言，伏乞垂鉴。
○与杜少京书
少京三兄足下。时事方殷，亟还杜母，士民歌舞，仁威远闻。观今日之舆情，益知当年之惠政。望风庆喜，为之不寐。颍斋先生还言：足下受符于疮痍皇遽之中，慷慨致身，推赤诚以安反侧，众志成城，可歼强敌。况此区区乌合之徒！一闻大兵，已自惊溃，蛇行鼠伏，何难次第就擒。四境肃清，保障之功伟矣。
日者，窃有过听之言，辄谳刍荛。惟仁者留意焉。自古袀服之士，率多骄悍，怯于见敌，而勇于虐民者，比比而是。仁人君子，莫不恶之。然苟处之不得其道，则民间未受吾庇，或者有意外之患，不可不察也。盖兵者凶器，譬犹剑锋，以杀寇雠则千金之宝也，以伤善类则纯钩弗足贵。彼将卒者，特剑锋耳。指挥而用之，是在能者。用之道奈何。恤其劳苦，通之以情，悯其粗陋，接之以礼。兵役一体，视之如子。宥其小过，而教其所不知。有言必信，有赏必