寇张琏等于南赣，擢副总兵，协守南、赣、惠、潮、汀、漳诸郡。嘉靖四十二年癸亥（一五六三），先生二十三岁。
五月，戚继光破倭于连江马鼻，先生与诸绅勒石纪其功。是年三月，戚继光复率浙江义乌兵入闽，所过地方必询贤者，式庐而叩其蕴焉。十七日入浦城，二十二日抵建阳，灭水吉山贼。四月，克复兴化、平海、崎头郡卫城堡。谭纶、刘显、俞大猷（时大猷复调为福建剿倭总兵官）合击，尽歼之。初政和、寿宁倭支党四百余众，合船自宁德开洋，因风逆食，少复由福宁之高罗登岸，至宁德龟山寺，由罗连江突至此岭（在福州北），欲投平海合船；及闻平海已定，遂退连江之马鼻，五月初二日，继光督军袭之，贼闻大军将至，艌舟十二艘，拟乘潮开遁。马鼻去县（连江）六十里，重山垒岭，悬海孤屿，间只一径可通罗源。光次日遣部将王如龙等三枝趋罗源，以遏北遁；亲督大兵候潮涸进剿，大破之。乘胜追贼至宁德肖石岭，尽歼之，计水陆擒斩山倭二寇一千六百余人，焚溺万计，恢复一府（兴化）二县（政和、寿宁）三卫，而八闽稍宁（采「戚谱」）
五月五日，偕戚公宴将吏于南门（连江）敌楼上，观竞渡；席半托疾入内。明日未暮，捷音至；邑人士谋勒石纪功。公仿「春秋」书法，大书「某年月日，总戎戚公大破倭儿于马鼻」。碑竖西郊外（旧谱）。
是年十月，俞大猷徙镇南赣（本传）。
十月辛亥，把都儿复入寇，大掠顺义三河，直抵通州；京师戒严（参「明纪」）。嘉靖四十三年甲子（一五六四），先生二十四岁长女生。
春二月，旧寇万余攻仙游，围之。继光引兵驰赴之，大战城下，贼败，趋同安，光麾兵追至王仓坪，斩首数百，余众奔据漳浦蔡丕岭（「戚谱」作蔡坡岭）。继光督各哨兵入贼巢，擒斩略尽，闽寇悉平。其得逸出境者，至广东潮州；俞大猷（按是时俞公镇潮州）又截杀之，几无遗类（采「纪事本末」）。
秋，东虏黑石炭等纠万众犯一片石（近山海关），攻山海关；不克而遁。蓟墙为久雨所圮，土蛮大掠昌黎等邑（采「全边略记」一）嘉靖四十四年乙丑（一五六五），先生二十五岁。
谒潘碧梧先生于省城（福州）；盖碧梧者，先生之明师也。
案「杂文」「祭碧梧潘先生文」：『呜呼先生，山川之英。少好孙、吴，一变至道；仁为己任，毙而后已，若先生者，固斯文之宗主也；胡为而遽止于斯乎！倭夷毒闽，村落邱墟；丁巳、戊午（嘉靖三六至三七年）之间，其祸惨矣。先生独能早见其几，联乡约、集义兵、筑墩搂、习射武，用能保聚一乡。百里之内，居民如故；远近避兵，皆趋就之。漳又有妖妄之徒，倡为邪说：收召逆党，列居五寨。郡县告急，礼聘先生，遂出而平之；往返旬日耳。……第早岁志道，未得其师；自乙丑拜先生于省城。……』。
是年，先生母杨孺人病心痛，术家谓「三七根磨酒可愈」；然难得其生而真者。公极力求祷，忽有友人官云南，以侑函寄至，服之遂愈；人谓孝感所致（旧谱）。
秋，粤寇吴平等入犯福建，大猷将水兵、继光将陆兵，夹击平于南澳，大破之，平遁入海。
顾璘初（起元）生。嘉靖四十五年丙寅（一五六六），先生二十六岁。
先生仍游学三山（福州）之如兰精舍，学友中有郭道见（复）、包惟义、赵忠卿、林惟椿、林国器、林国卿、赵思国、苏集高、吴学淳、张崇仁等。
时莆田林兆恩（龙江）先生寓榕城，先生大约于此时见之，就谈「心性」之学。
按龙江先生讳兆恩，字懋勋，道号子谷子，人称「三教先生」，倡儒、道、释三教合一大旨，以「身心性命」之学教人。著书数十万言，大抵以纲常为立本、见性为入门、虚空为极则；从者云集，是年，寓于榕城（「林子年谱」）。「林子本行实录」虽未记与陈第晤谈之言，但以事理推之，常在此时晤面。按先生答陈于虞书曾云：『弟幽僻之好素浓、仕进之思颇淡，曾与莆中子谷子高卧禅林』之言，大约指此时前后事也。
十月，俺答寇大同，参将崔世荣战死。十二月，帝因疾服方士丹，寻崩。穆宗隆庆元年丁卯（一五六七），先生二十七岁。
春，同陈可钦诸友赏牡丹，赋诗。公性善饮，每饮数百杯，尝以陶渊明自比（旧谱）隆庆二年戊辰（一五六八），先生二十八岁。
长子祖念生。
案祖念字修父，后为诸生，励学行；力田，以资父游，第称其孝。着有「易用」六卷——（参「福建通志」总卷三八）。
是年，俞大猷以讨平河源、翁源贼李亚元等，总两广兵，与总督谭纶同镇梧州，寻纶为蓟门总督，乃疏论召募南兵以济时急（采「全边」）。
是年，戚继光以闽帅应召入京，副神机营事，总理蓟、昌辽、保、四镇练兵事，建车营以防虞（采「戚谱」）。隆庆三年己巳（一五六九），先生二十九岁。