却之，回窜河南。左公宗棠调授陕甘总督，乔公松年调陕西巡抚，英翰公授安徽巡抚。
九月初四日，李公鹤年来营见公。初六日，漕督张公之万来营见公。十三日，驰摺详报刘松山等在新野、南阳等处迎剿张、牛逆股，迭次胜仗。奏称：刘松山等闻豫军宋庆被围，即日驰援，及解围后，即与宋庆联络一气，同心苦战，尤得师克在和之义。又摺奏刘铭传、潘鼎新两军往来剿贼齐、豫之境，迭获胜仗。捻匪既不得逞志于东，必仍狂窜而西。檄令刘松山由扶沟迎剿，鲍超由南阳进军，遮截西窜之路。附片奏请续假一月，在营调理。是日又具摺奏彭玉麟所部水师报捐饷银十万两，请加广衡州府县学额。附片奏彭玉麟报捐历任应得养廉银二万馀两，不敢仰邀议叙。十九日，彭公玉麟来营见公。是月，捻匪由山东窜河南，循河南岸至荥泽决河堤，河南官军堵塞之。捻复南窜。捻酋牛老洪死。张总愚西窜陕、汝，遂入陕西商州境。任柱、赖文光仍窜山东，疾趋济宁，攻扑运河，山东官军扼之。李公鸿章出视师于徐州。公弟国荃出视师于襄阳，具疏劾官文公。
十月初九日，乔公松年来营见公，遂赴陕西任。十二日，英翰公来营见公。
十三日，驰摺奏汇报军情，贼分东西两路。东路任、赖逆股，刘铭传、潘鼎新等追剿，逆踪盘旋于巨、郓一带；西路张总愚一股，已入陕西，鲍超军驰至陕州，未及接仗。又摺详报刘铭传、潘鼎新在郓城等处追剿胜仗。又摺奏病难速痊，请开协办大学士两江总督之缺，并请另简钦差大臣接办军务，自以散员留营效力，不主调度。附片奏陈剿捻无效，请将臣所得封爵暂行注销，以明自贬之义。又具摺续报水陆阵亡病故员弁，汇单请恤。又附片密陈山东抚臣阎敬铭、藩司丁宝桢澄清吏治，讲求军务实际，请开复处分。又片奏李鸿章已带印出省，黄翼升回驻江宁，藉资镇抚。十五日，公子纪鸿来营省视。十九日，奉到寄谕一道，词旨严切，催令速筹援军，以赴陕、洛。二十五日，奉到上谕：“该大臣勋望夙著，积劳致病，自系实情，著再赏假一个月，在营安心调理。钦差大臣关防著李鸿章暂行署理。曾国藩俟调理就痊，即行来京陛见一次，以慰廑系。朝廷赏功之典，具有权衡，该大臣援古人自贬之义，请暂注销封爵，着无庸议。”钦此。三十日，任、赖捻股由山东回窜陈州境。公行营戒严，调亲军出队截剿。是月，公弟国荃出驻黄州。
十一月初二日，驰摺奏报西路张逆深入秦境，尚无回窜之说，调鲍超一军进荆紫关，以援秦中；东路任、赖一股回窜河阳，饬刘松山迅赴汝州，遏其西窜之路。附奏奉旨复陈一片。称行军太钝，精力日衰，俟病体稍痊，入都陛见，自请办捻不善之置。又片奏杨鼎勋、张锡嵘追剿任、赖一股，捻踪直奔沙河以南，刘松山仍由汝、洛进兵，以力保黄河，先顾山西为主。初六日，奉到上谕：“曾国藩著回两江总督本任，暂缓来京陛见。江苏巡抚李鸿章著授为钦差大臣，专办剿匪事宜。”钦此。十七日，驰摺奏酌筹西路军务，鲍超一军援秦，派委江苏道员薛书常专办霆营粮台，采办军米。又摺奏：交卸钦差大臣关防，赍送徐州，交李鸿章祗领，钦奉谕旨，饬臣竟回本任，臣自度病体不能胜两江部督之任，若离营回署，又恐不免畏难巧取之讥，请仍在军营照料一切，维系湘、淮军心，庶不乖古人尽瘁之义。附片奏刊用木质关防一颗，其文曰“协办大学士两江总督一等侯行营关防”。又片奏任、赖股匪奔扰信阳之南，将入鄂境，周盛波跟踪追剿，现饬张树珊拔队追击。刘铭传军疲劳太久，在周家口稍休，即行赴鄂。又檄调李昭庆全军由皖赴鄂，以收夹击之效。又附密片奏保湘、淮各军将才。如道员刘盛藻、总兵戴春林、潘鼎立、提督章合才，均为后起之选。前任大名道祝垲、编修张锡嵘，皆文员中出群之才。略陈品概，以备采择。十九日，委员赍送钦差大臣关防赴徐州营。二十八日，奉到上谕“曾国藩请以散员仍在军营自效之处，具征奋勉图功，不避艰险之意。惟两江总督责任綦重，湘、淮军饷，尤须曾国藩筹办接济，与前敌督军，同为朝廷倚赖。该督忠勤素著，且系朝廷特简，正不必以避劳就逸为嫌，致多顾虑”等因。钦此。是月，公弟国荃驻军德安，湖广总督官文公奉旨开缺，入都供职。钦差户部侍郎谭公廷襄暂署总督。
十二月初三日，驰摺奏钦奉谕旨，再陈下悃，仍请开两江总督协办大学士缺。
附片奏任、赖一股窜扰孝感，鄂军接仗获胜，檄调刘秉璋与刘铭传军合为一路，探踪追剿。又具摺奏保刘铭传一军：克复黄陂，并在济宁、雉河、阜阳、扶沟等处战功最伟，劳苦尤甚。五案并保，开单请奖。附片奏保吏部主事钱应溥在营效力，请加四品卿衔。十五日，奉到上谕“曾国藩当仰体朝廷之意，为国家分忧，岂可稍涉疑虑，固执己见？著即懔遵前旨，克期回任，俾李鸿章得专意剿贼，迅奏肤功”等因。钦此。二十一日，驰摺奏：遵旨回驻徐州，暂接两江总督关防。
臣病体未痊，仍恳另简江督，而臣以散员效力行间。至中外交涉事件，素未讲求，请旨令两淮运司丁日昌护理通