贾逵、马融、何休、王肃、杜预、吴澄、皆罢祀。林放、蘧瑗、郑众、卢植、郑康成、服虔、范宁、各祀其乡。增祀后苍、王通、欧阳修、胡瑗、陆九渊、五儒。诏曰可。其改申党、申枨为一也，谓「家语」申绩字子周，「史记」载郑国申党同字，则绩即党也。「论语释文」申枨，郑康成曰：盖孔子弟子申续。「史记云」：申党，今以棠为党，以续为绩，其讹无疑。后汉王政：云有羔羊之洁，无申棠之欲，是以枨为棠。索隐谓文翁图有申枨，今图有申党，是以党为枨也。其实一人也。其云公伯寮也，谓愬子路以沮孔子也。其云秦冉、颜何也，谓「家语」载孔子弟子七十六人，「史记」多公伯寮、秦冉、颜何三人，家语出孔氏，当得其实也。其罢荀况也，以况恶性而伪礼也。以子思、孟子乱天下，以子张、子夏为贱儒也。其罢戴圣也，谓其守九江，治多不法，惧何武见劾转为博士，毁武于庙。及子宾客为盗，系狱武平决得不死，造谢不惭，污无耻也。其罢刘向、贾逵也，谓向以献赋进，喜诵神仙方也。伎信黄金可成，铸作不验，下吏当死所者洪范五行传最为舛驳；逵献颂为郎，傅会图谶，以致贵显。二人者左道之人也。其罢马融也，谓融初应邓隲召为秘书，历官南郡，以贪浊免，髡徒朔方，自剌不殊。其教授，前列生徒，后罗女乐，为梁冀草奏，杀忠臣李固，作西第颂美之也。其罢何休也，谓「休春秋解诂」一书，黜周王鲁；又着「风角」等书，班之孝经论语也。其罢王肃也，谓肃世为魏臣，适女司马昭。昭篡势成，肃受封兰陵侯，坐观成败。及毋邱俭文钦起兵讨贼，肃又为司马师画策，以济其恶也。其罢杜预也，谓预所着，仅「左氏经传集解」。其守襄阳，多遗洛贵要。代吴之际，因斫瘿之讥，尽杀中江陵人也。其罢吴澄，谓澄宋室遗臣，不耻事元，名节扫地也。其祀林放、蘧瑗、郑众、卢植、郑康成、服虔、范宁于其乡也，谓放虽尝问礼，「家语」、「史记」邢昺注疏，俱不载弟子之列也。司马迁曰：孔子于卫，严事蘧伯玉，非及门之士也。郑众、卢植、郑康成、服虔、范宁、五人者，虽若无过，然行已著书，皆未合于圣人之精微也。其增祀后苍、王通、欧阳修、胡瑗、陆九渊也，谓苍在汉初，说礼数万言，号后氏曲台礼，戴圣皆受其业。而隋末之儒莫如通，宋世师道之立，莫如瑗，而欧阳修、陆九渊，则如张璁、薛侃所言者也。是时世宗追尊睿宗献皇帝，读修濮议善其说，璁以所言，遵上意也。
其他所其增罢归祀乡祀者，则皆先朝名臣宋濂、程敏政、何孟春等所尝言者。明代儒臣自洪武至嘉靖，未有从祀者。洪治间，言官以薛瑄请，或以瑄无着述已之。至隆庆五年，韩楫言，瑄本朝理学第一，虽无着述其居敬敦践，无愧宋儒，宜从祀；从之。嘉靖间，亦欲进新建伯王守仁，简讨陈献章，布衣胡居仁者，至万历十二年始定。其后二十二年，湖广巡抚郭惟贤，又以宋儒周敦颐首开宋诸儒之统。今程于父珦，朱子父松，皆从启圣祀；敦颐父辅成，未宜独阙，请如珦、松例，祀于启圣祠。三十年祭酒沈■〈氵寉〉请祀延平李侗。四十一年，福建提学副使熊尚书文请祀宋儒罗从彦、李侗；制并曰可。
国朝康熙五十一年，陞配朱子于十哲之末。五十五年，从祭酒余正健请，复进宋儒范仲淹从祀。雍正二年，更定祀典，以蘧瑗、林放、秦冉、牧皮、颜何、县亶、公都子、乐正子、公孙咸、万章、郑康成、诸葛亮、范宁、尹淳、王柏、黄轩、何基、赵复、许谦、金履祥、陈澔、蔡清、罗钦顺、陆陇其并祀两庑。以张戴父张乃，从崇圣祠祀。乾隆元年，诏以有若陞配于十哲之次，位朱子上。以元儒吴澄从祀。今上道光二年，以明儒刘宗周、黄道周、汤斌从祀。六年，增祀唐儒陆贽、明儒吕坤。
年复进祀孙奇逢。旷世盛典，推崇罔缺，为志其源流，以备考云。
先师庙神位序次
正殿：至圣先师孔子神位，正中南向。
东配：复圣颜子，述圣子思子。
西配：宗圣曾子，亚圣孟子。
东哲：先贤闵子名损（鲁人），先贤冉子名雍（鲁人），先贤端木子名赐（卫人），先贤仲子名由（卞人），先贤卜子名商（卫人），先贤有子名若（鲁人，乾隆三年自东庑陞）。
西哲：先贤冉子名耕（鲁人），先贤宰子名予（鲁人），先贤冉子名求（鲁人），先贤言子名偃（吴人），先贤颛孙子名师（陈人），先贤朱子名熹（宋代新安人，康熙五十一年自西庑陞）。
东庑（先贤三十九位，先儒二十六位）：先贤蘧瑗（字伯玉，卫人），先贤澹台灭明（字子羽，鲁人），先贤原宪（字子思，宋人），先贤南宫适（一名绦字子容，鲁人），先贤商瞿（字子木，鲁人），先贤漆雕开（字子开，鲁人），先贤司马耕（字子牛宋人），先贤梁鱣（字叔鱼，齐人），先贤冉孺（字子鲁，鲁人），先贤伯虔（字子晰，鲁人），先贤冉季（字子产，鲁人），先贤漆雕徒父（字子文，鲁人），先贤漆雕哆（字子敛，鲁人），先贤公西赤（字子华，鲁人），先贤任不齐（字子选，楚人），先贤公良孺（字子正，陈人），先贤公肩定（字子中，鲁人），先贤邬单（字子家，鲁人），先贤罕父