西卫澳（自厅治文澳社起。下仿此）：文澳社（旧名暗澳。厅署暨书院在此）、妈宫社（协营各官衙署暨厅仓、街市在此。内港乃商哨湾泊之所。距厅治陆路三里）、小案山社（陆路五里）、火烧棚社（陆路三里）、红毛城社（相传红毛作城于此，■〈土遣〉址尚在。陆路一里）、大案山社（陆路三里）、东街社（陆路四里）、蚱脚屿社（陆路六里）、西街社（陆路四里）、后窟潭社（陆路五里）。
嵵里澳：嵵里社（此社于雍正五年从东、西卫分设为澳。北风时，可泊舡只。陆路一十九里）、风柜尾社（陆路二十二里）、井仔埯社（陆路十六里）、猪母落水社（北风可泊船。陆路十五里）、鸡母坞社（陆路十三里）、锁管港社（陆路十三里）、铁线尾社（陆路十一里）、菜园社（陆路四里）、石泉社（陆路三里）、前寮社（陆路一里）、虎井社（水程二十里）、桶盘社（水程十六里）。
林投澳：双头挂社（陆路八里）、乌嵌社（陆路九里）、隘门社（陆路十里）、林投社（陆路十二里）、尖山社（陆路十六里）、文良港社（陆路二十里）、太武社（陆路九里）、西溪社（陆路十一里）、东石社（陆路十里）、港底社（陆路九里）。
奎璧澳：大城北社（旧有红毛城，今基址已废。距厅治七里）、红罗罩社（陆路十二里）、湖西社（陆路十六里）、湖东社（陆路十七里）、南寮社（陆路二十里）、果叶社（陆路二十三里）、地寮社（陆路二十三里）、白猿坑社（陆路二十二里）、青螺社（陆路十七里）。
鼎湾澳：鼎湾社（陆路十里）、西寮社（陆路十里）、中寮社（陆路十里）、潭边社（陆路九里）、港仔尾社（陆路七里）、水窟社（陆路十二里）、土地公前社（陆路十三里）、沙港社（陆路十三里）、港底社（陆路九里）。
以上五澳共五十社，总名为大山屿。乃澎湖诸岛之山主，至厅治陆路可通。
瓦硐澳：瓦硐港社（陆路二十六里）、中墩社（陆路一十四里）、城前社（旧有红毛铳城，今基址亦废。陆路十六里）、港尾社（陆路十九里）、后寮社（陆路二十七里）。
镇海澳：镇海社（陆路二十二里）、港仔社（陆路二十四里）、小赤嵌社（陆路二十八里）、岐头社（陆路二十五里）。
赤嵌澳：大赤嵌社（旧有红毛城，名赤嵌；今已基址无存。台湾亦有赤嵌城。陆路二十九里）、鸟屿社（水程四十五里）。
通梁澳：通梁社（陆路三十里）。
以上四澳十二社，总名北山屿。在大山屿之北；中隔一港，潮退路可通。
吉贝澳：吉贝社（旧有炮台一座，相传红毛所筑；今址亦无存。水程八十里）。
右吉贝一澳，乃孤屿也；为大山屿极北之地。北山屿是南卫，澳北藏沙线一片，最为险隘；该澳恃此以为设险。雍正五年，从镇海分设，另为一澳。
西屿澳（在大山屿之西，出产文石）；内堑社（乃北风泊船之处，文武汛口在此。水程二十里）、外堑社（此山颇高，有石塔一座，黑夜必燃灯；台、厦往来船只，皆视此为标准，亦北风泊船之处。水程二十三里）、缉马湾社（水程十五里）、小池角社（水程十六里）、大池角社（水程十八里）、二嵌社（水程十八里）、竹篙湾社（水程二十二里）、合界头社（水程二十三里）、后螺社（水程二十五里）、横礁社（水程三十里）。
右西屿一澳，中分十社。屿山颇高，凡自台往厦、自厦往台船只，必望见此屿，然后放洋；实标准也。
网埯澳：网埯社（水程五十里）、将军澳社（水程五十里）、西吉屿社（水程八十里）、东吉屿社（水程八十里）、屿坪社（水程七十里）、大屿社（水程一百里）。
水埯澳（此澳于雍正五年从网埯澳分设）：水埯社（水程五十里）、花完社（水程五十里）、花屿社（水程七十里）。
右网埯、水埯，即八罩屿与大山屿极南之地也。水路最为险要，在汪洋大海之中。
岛屿
澎湖之有岛屿，犹他郡之有冈峦也。凡冈峦，必识其主从起伏、去来盘结之势，然后地方之险易可知也。若澎湖，则大山屿居中为主，南有八罩、北有吉贝、东有阴阳诸屿、西有西屿环抱；兼之四隅星布，疏密相间、大小相维，层层从卫以及水口沙线左萦右拂：其起伏盘结为何如哉！故「海防志」云：『澎湖三十六岛如排衙』。此略举其概而已；以今考之，实五十有五焉。天数二十有五、地数三十，合五十有五，以备天地之数；此澎湖所以为天造地设之险也哉！居澎湖之中者，则为大山屿（厅署、协营在焉。中分立五澳，幅员约有百里）。大山屿之东（诸屿水程俱从厅治起）：阳屿（水程三十里）、阴屿（水程三十里）、香炉屿（水程三十里）、鸡膳屿（水程三十三里）、鼓架屿（水程三十里）、椗钩屿（水程四十五里）。
东北：长岸礁屿（水程十九里）、湾贝屿（有民居。水程二十里）、雁净屿