兵俞咨皋招抚之议实饱贼囊；旧抚朱钦相听其收海盗杨六、杨七以为用。夫抚寇之后，必散于原籍；而咨皋招之海，置之海，今日受抚，明日为寇。昨岁中左所之变，杨六、杨七杳然无踪，咨皋始缩舌无辞，故闽帅不可不去也」。疏入，逮咨皋下于理（明史纪事本末）。芝龙泉人，故侵漳而不侵泉。漳人议剿，泉人议抚，两郡异议纷然；芝龙愈横。于是朱一冯、朱钦相亦被逮治（绥寇未刻编）。三月，敕禁漳、泉人贩海。芝龙纵横福建、浙江海上（明史纪事本末）。福建左布政使熊文灿拜右佥都御史，巡抚福建，善遇芝龙，令为己用（明史）。六月，兵部议招芝龙。七月，芝龙率所部降于文灿（参取明史、明史纪事本末、郑成功传。按成功传以降系九月，误）。继祖又言：「芝龙既降，当责其报效」；从之（明史纪事本末）。九月，芝龙杀衷纪于岛上，发刘香父冢（郑成功传）。时红毛夷出没海岛，数省被害甚剧。泊数十巨艘，填塞海口，据澎湖，筑城营，惯用巨炮虎蹲，远击巨舰，无敢当锋（武经开宗。纪效新书曰：「虎蹲炮因形得名，国初有缨子炮，近时有虎蹲及百子等炮，皆利器也；比之乌铳，一可以当其百矣」）。豫章邹维琏来抚闽（郑成功传）；右参政兴泉守曾樱素与芝龙善，请维琏以芝龙为将（明史）。芝龙计焚其舟：募龙溪人郭任功率十余人，夜浮荷兰船尾，潜入焚之，获五十余人，余船悉遁（郑成功传）。澎湖旧属同安县，明季因地居海中，人民散处，催科所不及，乃议弃之。后内地苦徭役，往往逃于其中，而同安、漳州之民为最多。及红毛入台湾，并其地有之。而郑成功父子相继据险，恃此为台湾门户。后清灭台湾，设巡检一员于此岛（台湾纪略）。大帽山有洞穴，内广袤数百里，险隘要道，可通五省，寇聚其中，跳梁难制。芝龙领兵繇武平进，令军士各执鸟铳，五人为队，连续点放，长矛夹攻，步推步进，侵入洞中，大破之（武经开宗）。
二年己巳（日本宽永六年），四月，广东副总兵陈廷对约芝龙剿盗。芝龙战不利，归闽。不数日，寇大至犯中左所近港，芝龙又败，敌夜薄中左所（明史纪事本末。按本书不记此役结局，他书亦无所考。郑成功传三年条叙芝龙功云：「平广贼」；然则其所指此役结局乎？姑书以俟后考）。
三年庚午（日本宽永七年）：先是，芝龙旧党李魁奇再降再叛（明史），遂聚大小战船数百横行海上，连破吉丫、小二城，烧毁民屋殆尽（武经开宗）。熊文灿轻敌战败（据明史纪事本末吴旸语）。芝龙偕芝虎乘其不意，星夜水陆并进，遂擒之（武经开宗。按明史纪事本末云：「芝龙忌魁奇，斩之」；且系之二年条，今不并取矣）。海警渐息，而海盗锺斌又起（明史。武经开宗，「斌」作「进」。明史又作「锺凌秀」）。自闽海至广东澳，所在侵略；之浙江，诱官军败之，总哨皆阵没（绥寇未刻编）。后就抚，复叛，寇福州（明史）。肆妨商贩，居民被害甚惨（武经开宗）。文灿诱而遣泉州（明史、明史纪事本末），芝龙迎击败之；既而蹙之大洋，斌投海死。数平闽中巨寇，芝龙力也（明史），以功任都督（郑成功传）。文灿亦叙功增秩（明史）。
四年辛未（日本宽永八年），正月，帝召廷臣及各省监司议海寇备御，福建布政使吴旸曰：「海寇与陆寇不同，故权抚之；但官兵狃抚为安，贼又因抚益恣，致数年未息」。陆之祺曰：「海上官兵肯出死力，有司团练乡兵多设火器，以守为战，剿之不难」。广东布政使陆问礼曰：「广东寇俱自福建至，舟大而多火器，兵船难近，但守海门，勿令登陆，则不为害」（明史纪事本末）：皆无奇策。二月，擢文灿兵部右侍郎兼右佥都御史，总督两广军务兼巡抚广东。时锺斌余党入长汀，转掠江西属邑；文灿檄芝龙，芝龙击破之（明史）。长沙人洪云蒸穷追，尽覆其巢穴（明史）。
五年壬申（日本宽永九年），十一月，刘香犯福建小埕，芝龙时为游击，击走之（明史纪事本末）。
六年癸酉（日本宽永十年），路振飞巡按福建，香数勾红夷入犯。振飞悬千金，励将士，遣芝龙大破之。初，振飞论海贼状，谓维琏不能办，维琏罢去；及奏捷，力奏其功，复召用（明史。明史纪事本末云：「香侵长乐」）。
七年甲戌（日本宽永十一年），四月，香复犯海丰（明纪编年、明史纪事本末），闽、粤、江、浙靡有宁日（武经开宗）。帝以责文灿。文灿不能讨，乃议招抚（明史）。令守道洪云蒸、巡道康承祖、参将夏之本、张一杰入贼舟宣谕，俱被执。灿惧罪，诬奏「云蒸等信贼自陷」（明史、明纪编年、明史纪事本末）。给事中朱国栋劾之（明史）；帝谓：「贼受抚，自当听其输诚，岂有登舟往抚之理？弛备长寇，尚称未知，督臣节制何事」？命巡按御史确核以闻（明史纪事本末）。诏贬秩，令戴罪自效（明纪编年、明史纪事本末）。
八年乙亥（日本宽永十二年），四月，文灿欲以芝龙为援击香，维琏等以香与芝龙有旧，疑不遣，曾樱以百口保之（明史）。芝龙奉命，合粤兵击香（明史纪事本末）。芝龙既奉命，造巨舰于五羊城南；香侦