谋始折。翼日，调延绥、兰靖兵稍集，句乃分遣渡河，收复营堡。广武伪游击张天纪、大坝伪守备高天爵俱遁。十五日，复枣园堡。靖虏参将吴继祖捣中卫，擒贼党王虎石。空寺堡亦下，获伪守备何安。二十日，套部千骑薄邵刚堡，千总汪汝汉发三矢杀三人，乃解去。进复玉泉营。凡先后收还营、堡四十七。河西唯镇城为贼据。后三日，总督移师小盐池。拜闻套部且至，属土文秀、许朝分驰迎之。二十五日，著力兔、打正等引控弦三千骑，驰金贵堡。二十七日，移镇河堡入屯演武场。贼益掠城中子女媚之，奉河东西地图。套人声言已与孛王子为一家，拜、文秀并易服，合兵攻玉泉急。二十九日，孛云引著力兔攻平虏堡，参将萧如熏伏兵南关，佯败，诱之入伏，射云死，并伤骁贼吴敖霸。套部遁出塞，因掠粮道，声犯花马池诸处。赵武驻玉泉被困急，李句驰赴之，围亦解。句会原任总兵牛秉忠督六路兵，翼日抵镇城下。时总兵已擢董一奎，李ナ副之。官兵抵城下，贼东北二门各出精骑二千搏战，步卒列火车为营。
四月五日，我师冲锋，夺火车百余辆，追奔入河，溺死贼无算。延绥副总兵王通战尤力，其家丁高益等三人，乘胜先登，杀入北门，招榆林诸帅兵为后继，不至，被杀，通亦伤额，榆林游击俞尚德战死。翼日，许朝、土文秀胁庆王至东城上楼，乞暂罢兵，愿缚首恶献。刘川、白金等谩语支吾，顾投诰敕城下，示无所畏。拜妻施氏，时谏不听，又翟佩而立，谓拜曰：“比何来，悖德不祥，奈何自取奇祸！”承恩推跌去之。登南城，遥谓都司李鲲曰：“吾父出万死，为国捍边，蒙恩至上将。抚臣削激变，自取灭亡。吾父子勒部曲待命，当事不察，反以为罪。今首恶具在，乃不罪倡乱，罪戢乱者。吾宁保此完城，结塞北自全耳。”会官军糗粮乏，遂假此休士近堡。总督日夜促刍饷，调延绥、庄浪兵。乃以二十一日进攻，复抵城下，堑濠竖云梯夹攻。贼迎敌多杀伤，承恩与东勒精骑潜伏，从延渠掠我粮饷二百余车。先是，众议以李ナ非冲边才，乃调麻贵自戍所代之。贵素以勇闻，且多苍头军。至是，军亦至。二十九日夜，贵等乘风纵火，复以云梯攻城。贼豫治滚木石待，掷火燃烧我兵千数。贼日恣淫虐，城中妇女宝货，已经搜括，尚根索不已，死者甚众。至迫胁庆府甚急，妃方氏惧辱，拔剑将自刎，保母抱持，并世子匿土窖中，以被服置井上环哭。贼见，信为溺，尽取金帛及他宫人去。比发窖，妃已死矣。总督凡用兵两月无成功，忧之。或谓：“招刘、许，阴授意杀孛拜父子，立功赎罪，无不应者。”督府然其谋，遣家丁叶得新往见。时四人方约共死生，不可间，暴其谋，执得新，折胫下狱。
命李如松总宁夏兵，浙江道御史梅国桢监其军。时言者谓李氏握重兵，不宜拒虎进狼，而国桢力保如松忠勇可任，故有是命。巡抚宁夏已推朱正色，甘肃都御史叶梦熊上书愿讨贼，诏协力赴之。
五月，巡抚朱正色渡河督战，以上命颁将士赏，一军踊跃，贼闻，诡请降。以张杰尝总宁夏兵，与拜交善，追入城招安。杰单骑往切责之，许朝乃述叶得新用间谋杀语。杰未信，即舁至，使吐实。得新大骂曰：“死狗贼，计不得行，命也。天旦夕磔汝，何喋喋为！”朝怒，攒刀杀之，杰亦被系。时顿兵数月，未能即下，乃重悬赏格，购孛拜等。上特赐总督魏学曾剑，违者立斩。
六月，都御史叶梦熊至灵州，从甘州携神炮火器四百车至，更约法，益征苗兵。会浙江巡抚常居敬募浙江千人，糗粮自办，诏嘉其忠，调赴宁夏。于是分为五军：董一奎攻其南，牛秉忠攻其东，李句攻其西，刘承嗣攻其北，而麻贵率游兵策应。二十日，并逼城下。孛拜自北门出战，意欲自往勾套部。麻贵率参将马孔英先登赴敌，逐拜入城，擒斩百十七人。先是，拜与套部深相结，日夜从著力兔帐中，便调度。至是，入城不得出，套部不得拜，亦不敢复渡河深入。二十二日，御史梅国桢、提督李如松统辽东、宣、大、山西兵膺集，军声大振。贼婴城自守，国桢树受降旗于城南，贼因索面陈归顺，许之。东、许朝等梯城而下，剑戟鳞次，刃芒曜目，城上皆控弦注矢以待。国桢策骑直前，朝大惊，不觉膝之屈也。然贼实绐我，无降意，自此尽力攻城矣。二十五日，官兵用布袋三万，盛土填集登城，为炮石击却。都司李如樟，夜半以云梯上南城。翼日，游击龚子敬提苗兵攻南关，如松乘势欲拥入城，皆为炮箭击却。官兵会食，贼即缒下夺梯牌，益纵火焚攻具。是夜，指挥赵承光、葛臣、戚钦，武生张遐龄，百户姚钦约为内间。夜半，四面并举烽火，城下兵趋上。而谯楼火蚤发，南火复起。城中果鼓噪，大呼杀贼。钦使遐龄缒城召外兵，行未中道，钦复亟跳城下呼救。而贼早觉，已尽缚赵承光、戚钦等歼之。许朝因欲开小南门逸，以外兵整不敢出。自是城中粮且尽，锐气益丧矣。
七月，给事中许子伟劾总督尚书魏学曾惑于招抚，罢秩。命叶梦熊代之，赐剑如故。七月二日，许朝等至南关，请总兵董一奎款语。佥事随府乘间同家人抱关防，从城跃下，伤肱不能起。贼复缒执系狱。翌日，定议水攻。宁夏城西北卑下，且与金波、三塔诸湖之水相近；