朕承天命，奉宗祀，孝养圣母。皇考陵园，远在安陆，卿等安乎？今党同执奏，败父子之伦，伤君臣之义。欺朕冲年，眇忽纲常。其奉先殿西室，亟行修饰，尽朕岁时急切之情。”于是修撰吕冉、编修邹守益俱上疏争之。帝怒，俱逮赴镇抚司考讯。给事中张、章侨，御史张鹏翰等交章论救。不报。已而狱具，谪冉解州判官，守益广德州判官。
命内阁拟撰圣母昭圣皇太后与本生圣母章圣皇太后册文，帝遣司礼官传谕，欲于昭圣册内称嗣皇帝，献皇帝册内称孝长子。章圣册内加称圣母，自称长子。蒋冕等力言不可，仍以原文封进。帝览之，遂于献皇帝册内加一“孝”字，章圣册内欲去“本生母”三字。冕等复上言：“此字惟宗庙祝文用之，今称长子，已尽孝情。又加此字，有干正统。且‘本生母’三字，系敕谕拟定，亦难轻去。”仍封还。御批乃依原文，止称长子，章圣册内加一“圣”字。
帝御奉天殿受贺，布诏天下，诏曰：“朕躬膺天命，嗣承皇兄武宗毅皇帝大统，奉宗祀。惟我皇考孝宗敬皇帝神谟圣政，是继是行。仰惟圣母昭圣慈寿皇太后拥翊之功，莫罄名言。本生父、母兴献帝、兴国太后鞠育之恩，罔殚报称。尊称未极，恒用歉然。恭奉册宝，加上圣母尊号曰昭圣康惠慈寿皇太后，兴国太后曰‘本生圣母章圣皇太后’。义专隆于正统，礼兼尽夫至情。”是时张璁至东昌，读诏书叹曰：“执政忍为此欺乎？两考并称，纲常紊矣。”蒋冕求罢归，帝曰：“朕方倚任，共图治理。建室礼仪，朕自裁定。”既而冕上言：“皇上恭诣仁寿宫，加上尊号，圣母昭圣皇太后遽有懿旨，免命妇入贺，其故非臣等所知。又命书为礼部尚书，璁、萼复取来京，圣意所向，中外不能无疑。宜追寝前命。”不报。冕遂移疾乞去，帝从之。御史王泮等疏留不报。
五月，以奉先殿西室为观德殿，欲安献皇帝主也。礼部侍郎吴一鹏、朱希周，郎中江必东，员外郎翁盘，主事彭黯等上言：“献皇帝主在安陆庙中，神灵攸依。奉先殿西室，宜设神位，以便时享，如奉慈殿之仪。”不报。遣司礼监太监赖义、京山侯崔元、侍郎吴一鹏之安陆，改题神主，奉上册宝，尊号曰“本生皇考恭穆献皇帝”，迎如京师。一鹏等复上言：“历考前代，无自寝园迎入大内者。况安陆乃启封之地，献皇帝神主不宜轻动。惟永祀安陆，则本生之情尽，而正统之义得。”不报。
霍韬将赴召，复上言力辨二统之非。而席书在凤阳，亦上《大礼考议》，言：“诸臣讲学不明，固执私意。”且曰：“斯礼也，廷臣耆旧，自有知者，不敢犯众。而璁、萼等感激不平，力犯群议，举朝疾之如仇，甚可畏也。臣途穷矣，尚言此者，九庙神灵使之言耳。”
六月，璁、萼至京，复同上疏条七事，极论两考之非，以伯孝宗而考兴献为正。俱留中不下。鸿胪寺少卿胡侍上言：“唐睿宗不当兄中宗，宋太宗不当兄艺祖。不当称兄，则不当称伯明矣。”帝怒其狂率，出侍为潞州判官。初，张璁、桂萼至京师，廷臣欲捶击之，无一人与通，璁、萼称疾不出。数日后，退朝班，恐有伺者，出东华门走入武定侯郭勋家。勋喜，约为内助。台谏官交章攻击，以为当与席书并正其罪。章十余上，俱报闻。给事中张取群臣弹章奏发刑部，令拟璁等罪。尚书赵鉴私语曰：“若得俞旨，便扑杀之。”帝廉知之，遂降中旨，命桂萼、张璁为翰林学士，方献夫为侍讲学士，切责、鉴，罪之。璁、萼、献夫各上疏辞，不允。吏部尚书乔宇上言：“萼等偏执异说，摇动人心，愿赐罢黜。”帝怒，切责之。宇遂求去，从之。修撰杨慎，廷和子也。率同官姚涞，编修许成名、崔桐，简讨边宪、金皋等上言：“君子小人不并立，正论邪说不并行。臣等所执者，程颐、朱熹之绪也；萼等所言者，冷褒、段犹之余也。学术不同，议论亦异，臣等耻与萼等同列。”上罢其俸。给事中李学曾等、御史吉棠等亦争之，俱下狱外补。已而南京尚书杨旦、颜颐寿、沈冬魁、李克嗣、崔文奎及侍郎陈凤梧，都御史邹文盛、伍文定等复以为言。俱切责之。员外郎薛蕙著《为人后解》，以驳璁、萼之议，略曰：“《礼》：‘立后者，重大宗也。适子不为后，轻小宗也。’‘为人后者为之子。’言虽出《公羊》，实与《仪礼》相表里。既为之子，则当称父矣，而可仍曰伯、叔父乎？”帝览之怒，逮系诏狱。已而释之。
秋七月，璁、萼既拜新命，复列十三事以上：一曰三代以前无立后之礼，二曰祖训亦无立后，三曰孔子射于矍圃，斥为人后者，四曰武宗遗诏不言继嗣，五曰礼轻本生父母，六曰祖训侄称天子为伯、叔父，七曰汉宣帝、光武俱为其父立皇考庙，八曰朱喜尝论定陶事为坏礼，九曰古者迁国载主，十曰祖训皇后治内，外事无得干预，十一曰皇上失行寿安皇太后三年丧，十二曰新颁诏令决宜重改，十三曰台谏连名上疏，势有所迫。皆条列礼官欺罔之罪。疏入，留中。何孟春为论条辨，帝切责之。璁、萼复辞职，不许，乃就官。帝采其议，屡遣司礼监官至阁谕毛纪等，去册文“本生”字。纪等力言不可。亡何，帝御平台召，纪等责之曰：“此礼当速改。尔辈无君，欲使朕亦无父乎？”纪等惶怖退。召百官至左顺门，敕曰：