系至京，下锦衣卫考讯，欲置之死。监禁数月，罚米二千石，赴大同亲纳。时诸大臣忤瑾去者，瑾俱诬以旧事，令输粟塞下。尚书王佐、张缙、杨守随、何鉴，都御史熊绣、孙需、戈等皆不免。鬻产不能给，称贷以偿，缙绅为之骚然。
给事中安奎、潘希曾，御史张、刘子励俱以查盘，后先忤瑾意，下狱。奎、荷校且死，李东阳疏救之，始释。希曾、子励杖三十为民。秋七月，以雍泰为南京户部尚书。瑾以泰不附已，恨之，并欲
逐许进。寻遂矫诏令泰致仕。时保国公家人朱瀛者，谋倾许进，以刘宇代之。因进尝荐雍泰，乘间言于瑾曰：“许尚书佯为恭谨，而外示抗直。如雍泰为山西按察使及宣府巡抚，皆以刚暴辱属吏，朝廷屡贬不用。今进欺公举用，又扬言公因泰同乡用之，非吏部本意。”瑾大怒，立召原任文选郎中张彩入内，诘问雍泰贬谪事，如何不备入奏内？彩曰：“奏稿备载，许尚书涂之。”瑾索原稿视之，果然。于是拟旨以进欺罔，斥致仕，寻除名为民。马文升、刘大夏俱以荐雍泰削籍，编修刘瑞亦以荐泰罚粟二百石，输大同。
八月，逮前兵部尚书刘大夏、南京刑部尚书潘蕃下狱，谪戍。大夏在中枢，议革勇士，节光禄无名供馈，岁省官府浮费数百万，近幸滋不悦。大夏既归，有激怒于上者，太监宁瑾素重大夏，叩头谏曰：“此先帝意，非大夏建白。”乃免。又孝宗召见，尝言刘宇在大同私养官马，馈送权贵。孝宗密遣锦衣卫百户邵琪往察之，以养马未送回奏，太监李荣为解得免。至是，宇衔旧怨，言于刘瑾，谓籍大夏家，可得数万金，焦芳亦共讠替之。会土目岑猛怨潘蕃，图还田州。纳赂瑾，瑾简蕃原奏岑猛狱词、大夏在兵部议覆。遂矫诏以猛为田州同知，逮大夏、蕃至京下锦衣卫狱，将坐以“激变土官”罪死。大学士王鏊曰：“岑氏未叛，何名为激变？”都御史屠氵庸亦言：“大夏不宜深罪。”瑾怒，骂曰：“即不死，可无戍耶！”李东阳婉解之。瑾使使讠大夏家实贫，乃与宇谋，与蕃俱拟戍广西。焦芳曰：“是送二人归也。”遂发甘肃卫。大夏雇骡车出都门，观者如堵。所在罢市，父老涕泣，士女携筐进果食。有焚香密祷，愿大夏生还者。
以南京右都御史张泰为南京户部尚书，致仕。泰素清贫，为都御史，奉表贺圣寿，以土葛遗瑾，瑾衔之。会吏部推补是职，瑾矫旨致仕。刘瑾矫诏以刘宇为吏部尚书，曹元为兵部尚书。
南京提学御史陈琳上言：“惜老成，宥狂直。”谪广东揭阳县丞。琳因瑾排大臣出台谏，故言及之。九月，江西按察司副使王启忤刘瑾，降广西容县知县。启为御
史时，敢言，忤中贵。瑾衔之，故有是降。寻又令广西巡按提问，罚米三百石输官。瑾又矫旨留巡按御史胡瓒二年。瑾以已陕西人，瓒不附已，故留之。未几，论辽东事，罚米三百石。
刘瑾禁各处有司，不许奏灾异。冬十月，刘瑾矫诏以翰林学士张为镇江府同知，修撰何瑭为开封府同知。、瑭皆抗直，见瑾不为礼，坐事谪之。
下陕西举人郝序于狱。序，户部侍郎郝志义子。志义卒，序援例乞祭葬，瑾谓洪武礼制无此例，下锦衣卫狱，谪戍。瑾自擅政，马永成等八党父俱封都督，造坟葬祭。所命祭文，皆李东阳撰，台谏不敢言。
刘瑾矫旨改惜薪司外厂为办事厂，荣府旧仓地为内办事厂。时既立西厂，以谷大用领之。瑾又自领内厂，比东、西厂尤酷烈。中人以微法，往往无得全者。市井游食无业之人，如磨工、鬻水者，皆逐之四出，千余人集城外东郊，持白挺劫人，声言欲甘心瑾。瑾惧，乃复之。瑾又令寡妇尽嫁，及停丧未葬者尽焚弃之，京师然。瑾恐有变，乃罪其首倡言者一人，以安众心。皆立内厂以后事也。
刘瑾矫诏天下，发遣盗贼连亲属。十一月，刘瑾创玄真观于朝阳门外，大学士李东阳为制碑文，极称颂。四年春正月，总督漕运副都御史邵宝致仕。时公卿多出入瑾门，
宝一无所通。瑾数以危言撼之，不为动。瑾恶平江伯。平江伯，漕帅也，事与宝相关。瑾怒，祸且不测。李东阳力解之，乃得致仕去。以山西提学副使王鸿儒为国子祭酒。鸿儒在山西有声，刘大夏
尝对孝宗称其大可用。吏部从人望举之，寻以守正忤刘瑾，回籍。罢兴化知府张{山顶}为民。{山顶}先任刑部郎中，时隆平侯张佑卒，无嗣，弟侄争袭，赂瑾。瑾嘱之，不为徇。正德三年，出守兴化，瑾有所馈，不报。郡人戴大宾弱冠登第，瑾欲夺其旧聘，以弟女妻之。以嘱{山顶}，亦拒不许。瑾怒，遂摭隆平侯夺爵事，诬罢归家。
二月，刘瑾矫诏行吏部，不时考察两京及在外方面官。勒原任大学士刘健、谢迁为民。先是，诏举怀才抱德之士，以余姚周礼、徐子元、许龙，上虞徐文彪应诏。刘瑾以四人皆迁乡人，
而草诏由健，欲因而害之，矫旨下礼等镇抚司鞫之。刘宇阿瑾意，劾有司坊举失实。镇抚词连健、迁，瑾持至内阁，欲籍其家。李东阳徐为劝解，得少释。焦芳抗声曰：“从轻处，亦当除名。”既而旨下，健、迁除名，礼等戍边，令余姚人从此毋选京朝官。
三月，以钱玑为户部尚书。玑附瑾，故不次用。夏四月，大学士王鏊致仕。时瑾权倾中外