多为奴仆。朕令诸王下至民家，皆察而出之，复为良民；又许应试，少通文艺，拔为儒生。今满洲家奴仆，非先时滥占者比。或有一、二诸生，非攻城、破敌血战而得，即以战死被赉。昨岁克皮岛，满洲官兵争效命，汉官兵坐视不救。此行所得之人，苟无故夺之，彼死战之劳、捐躯之义，何忍弃也！若别以人相易，易者无罪，强令为奴，独非人乎？尔等但爱汉人，不知惜满洲有功将士及见易而为奴者也』。可法、存仁引罪谢。既复论户部承政韩大勋盗帑，大勋坐夺职。四月，疏请敕户部立四柱年册，再疏请诛大勋；又劾吏部、刑部复用赃吏，违旨坏法：皆与可法合疏上，上皆嘉纳之。三年，更定官制，可法、存仁皆改都察院右参政。汉军旗制定，隶镶蓝旗。
大寿既降，复入锦州为明守，攻数年不克；五年正月，存仁疏请屯兵广宁，扼宁远、锦州门户。四月，又疏言：『臣睹今日情势，锦州所必争。但略地得利易，围城见功难。愿上振军心，与之坚持；截彼诇察，禁我逃亡。远不过一岁、近不过一月，当有机可乘。兵法：全城为上；盖贵得人、得地，不贵得空城也。我师压境，彼必弃锦州、保宁远；再急，彼必弃宁远、保山海关。大寿跋扈畏罪，岂肯轻去其窟。事缓，则计持久；事急，则虑身家。大寿背恩失信，人皆以为无颜再降。臣深知其心无定，惟便是图；急则悉置不顾。况彼所恃者，蒙古耳；今蒙古多慕化而来，彼必疑而防之。防之严，则思离；离，则思变。伏愿以屯耕为本务，率精锐薄城、显檄蒙古、纵俘宣谕，未有不相率出降者；此攻心之策、得人得地之术也』。十二月，复言：『兵事有时、有形、有势；三者变化无定，而用之在人。松山、杏山、塔山三城，乃锦州之羽翼、宁远之咽喉。塔山城倚西山之麓，自其巅发炮俯击，城易破也。既得此城，羽翼折、咽喉塞矣。兵法：困坚城者，必留其隙。锦州虽不甚坚，当留山海关以为之隙。锦州辽兵少、西兵多，一人负箭入，群惊而思遁。能善用巧，山海关可下』。疏末并言『乌真超哈每遇番上，辄令奴仆代』。上为申禁。六年，师屡破明兵松山、杏山间；存仁复疏请相机度势，以时进兵。七年，既克锦州，存仁请招吴三桂降。上颁御札抚谕，并命存仁遗以私书；略言：『明运将终，重臣、大帅就俘归命。将军，祖氏甥；虽欲逃罪，无以自明。大厦将倾，一木不能支。纵苟延岁月，智竭力穷，终蹈舅氏故辙；何若未困先降，勋名俱重』！六月，乌真超哈八旗始分置八固山，授存仁镶蓝旗梅勒额真。八年，从郑亲王济尔哈朗取前屯卫、中后所；加半个前程。
顺治元年，从入关；与固山额真叶臣率师徇山西，下府六、州二十四、县一百三十一，遂克太原。又从豫亲王多铎略河南、下江南，督所部以炮战，屡有克捷。
二年六月，从贝勒博洛定浙江，以存仁领浙江总督。兵后民流亡，存仁集士绅，使抚谕，民复其所。七月，疏言：『近有剃发之令，民或假此号召为逆。若反形既着，重劳大兵，莫若速遣提学开科取士，下令免积逋、减额赋，使读书者希仕进、力田者逭追呼，则莫肯相从为逆矣』。得旨，谓『诚安民急务也；令新定诸行省，皆准恩诏施行』。十一月，授兵部右侍郎兼都察院右副都御史，总督浙江、福建。时明鲁王以海保绍兴，号监国；其将方国安镇严州。故明福王由崧倚大学士马士英，用以亡国；士英走依国安。是岁九月，国安自富阳渡钱塘江，窥杭州；存仁遣副将张杰、王定国率师御之，斩四千余级，国安退保富阳。又令定国出屯余杭，遇国安兵与战，自关头至小岭逐北二十里，斩国安子士衍。十月，士英复以兵至，去杭州十里，为垒五；平南大将军贝勒勒克德浑帅师赴之。未至，士英引去；存仁与总兵官田雄追击之，斩五百余级。十一月，士英、国安复以兵至；存仁与梅勒额真季什哈及雄等帅师击之，敌溺江死者无算。十二月，士英、国安屯赭山，掠朱桥、范村诸处；存仁与梅勒额真朱玛喇及雄、杰等分兵与战，国安所将水师数万人歼焉，余众俘馘殆尽。三年二月，有姚志卓者为乱于昌化，与国安相应；存仁遣杰等击走志卓，复昌化。五月，叙功，进三等昂邦章京。六月，遣副将张国勋等破敌太湖，获士英等戮之。十一月，存仁请设水师五千备钱塘江，御「海寇」。四年五月，遣副将满进忠等收福州镇东卫，破「海寇」周崔芝；遣副将李绣援浦城，逐崔芝党岑本高。十二月，遣副将马成龙等破敌处州，克景宁、云和、龙泉三县。五年正月，明宜春王议衍率众自江西入福建，保汀州山寨；总兵官于永绂击破之。二月，分兵克连城、顺昌、将乐三县，获明侍郎赵士冕、总兵黄锺灵等。存仁自至浙江，屡以疾乞休；至是，始得请，受代以去。
六年八月，起授兵部尚书兼右副都御史，总督直隶、山东、河南三行省，巡抚保定诸府，提督紫金诸关兼领海防。盗发榆园，为大名诸县害；存仁闻归德侯方域才，贻书咨治盗策。方域具以对，存仁用其计，盗悉平。七年，上令疆吏考校诸守令，以文艺最高下。存仁出按诸府县，廉能吏有一、二语通晓，即注上考；非然者，文虽工，亦乙之。监司请其故，存仁曰：『我，