月，从善及总兵黄鼎攻宿松，获谊泐弟瑞昌王谊贵及所置军师赵正；下饶州，获由■〈木产〉及其族人常洊、常沘、常涫，并请命斩之：江南众郡县以次定。明鲁王以海转徙浙、闽海中，号监国，明诸遗臣犹密与相闻。四年四月，明给事中陈子龙家华亭，阴受鲁王官，谋集太湖溃兵举事；承畴遣章京索卜图往捕，子龙投水死。是月，柘林游击陈可获谍者谢尧文，得鲁王敕封承畴国公、江宁巡抚土国宝为侯，又得鲁王将黄斌卿与承畴、国宝书。镇守江宁昂邦章京巴山、张大猷以闻，上奖巴山等严察乱萌，命与承畴会鞫谍者，别敕慰谕承畴。粤僧函可者，为故明尚书韩日缵子；日缵于承畴为师生，函可将还里，乞承畴畀以印牌护行。出城，守者讥察笥中，得文字触忌讳。巴山、张大猷以闻，承畴疏引咎，部议当夺职；上命贳之。承畴闻父丧，请解任守制。上许承畴请，急归；命治丧毕，入内院治事。
五年四月，还京师。六年，加少傅兼太子太傅。疏请定会推督、抚、提、镇行保举连坐法；得旨：『自后用督、抚、提、镇，内院九卿咸举所知；得人者赏、误举者连坐』。八年闰二月，命管都察院左都御史。寻甄别诸御史为六等，魏管等二十二人差用、陈昌言等二人内升、张煊等十一人外转、王世功等十七人外调、降黜有差。煊疏劾吏部尚书陈名夏，因及承畴尝与名夏及尚书陈之遴集火神庙，屏左右密议逃叛；承畴又尝私送其母归里。疏入，上方狩塞外；巽亲王满达海居守，集诸王大臣会鞫。承畴言火神庙集议，即议甄别诸御史定等差，非有他也；并以送母未请旨引罪。名夏亦列辨，因坐煊诬奏，论死。未几，上雪煊冤，黜名夏；因谕『承畴火神庙集议事虽可疑，难以悬拟；送母归原籍未奏闻，为亲甘罪，情尚可原！留任，责后效』。九年五月，承畴闻母丧，命入直如故，私居持服；赐其母祭葬。九月，达赖喇嘛来朝，上将幸代噶，待喇嘛至入觐。承畴及大学士陈之遴疏谏，上为罢行；并遣内大臣索尼传谕曰：『卿等以贤能赞密勿，有所见闻，当以时入告。朕生长深宫，无自洞悉民隐。凡有所奏，可行即行；纵不可行，朕亦不尔责也』。十年正月，调内翰林弘文院大学士。
明桂王由榔称号肇庆，频年转战，兵熸地蹙；至是，居安隆所，云南、贵州二省尚为明守。诸将李定国、孙可望等四出侵略，南攻湖南南境诸州县、东陷桂林、西据成都，兵连不得息。五月，上授承畴太保兼太子太师、内翰林国史院大学士、兵部尚书兼都察院右副都御史，经略湖广、广东、广西、云南、贵州等处地方，总督军务兼理粮饷；敕谕抚、镇以下咸听节制，攻守便宜行事，满兵当留、当撤即行具奏。命内院以特假便宜条款详列敕书，宣示中外；并允承畴疏荐，起原任大学士李率泰督两广。以江西寇未尽，命承畴兼领；铸经略大学士印授之。临发，赐蟒朝衣、冠带、韡袜、松石嵌撒袋、弓矢、马五、鞍辔二，诸将李本深等八十七人朝衣、冠带、撒袋、弓矢、刀、马、鞍辔有差。承畴至军，疏言：『湖南驻重兵，足备防剿；而各郡窵远，兵力所不及。郝摇旗、一只虎等窃伏湖北荆、襄诸郡，倘南窥澧、岳，则我军腹背受敌；臣与督臣议：臣宜往来长沙肆应调度，督臣率提标兵驻荆州，别遣兵增武昌城守以壮声援』。又疏言：『桂林虽复，李定国军距桂林仅二百里。满洲援剿官兵，岂能定留；克复州县，何以分守？又使孙可望诇我兵出援，潜自靖、沅截粤西险道，则我首尾难顾；置孤军于徼外，其危易见。臣已分兵驰赴，俾佐战守；且当亲历衡、永，察机宜以闻』。十二月，上授固山额真陈泰为定南靖寇大将军，及固山额真蓝拜、济席哈、摆牙喇纛章京苏克萨哈等率师镇湖南；十一年二月，命靖南王耿继茂率所部自广州移镇桂林：皆承畴疏发之也。是岁，孙可望劫桂王，杀大学士吴贞毓等，方内讧。十二年六月，可望遣刘文秀攻常德，分兵使卢明臣、冯双礼攻武昌、岳州；承畴、陈泰遣苏克萨哈迎击破之，明臣堕水死，文秀、双礼皆走贵州。陈泰旋卒于军；以固山额真阿尔津为宁南靖寇大将军，率固山额真卓罗、祖泽润等分驻荆州、长沙。十三年，考满，加太傅，仍兼太子太师。李定国奉明桂王入云南，湖广无兵事；阿尔津议以重兵驻辰州，谋自沅、靖入滇、黔。承畴与异议；上召阿尔津还京师，以宗室罗托代。十四年，可望叛其主，举兵攻云南，与定国战而败；十一月，诣长沙降。时上已允承畴解任，还京师养痾；至是，命承畴留任，督所部与罗托等规取贵州，并命平西大将军吴三桂自四川、征南将军卓布泰自广西分道入。十五年正月，复命信郡王多尼为安远靖寇大将军，帅师南征。于是承畴与罗托会师常德，道沅州、靖州入贵州境，克镇远；卓布泰招南丹、那地、抚宁诸土司，下独山州，会克贵阳；三桂亦自重庆取遵义，进攻开州、桐梓，以其师来会。承畴上疏筹军食，言『贵州诸府州县卫所仅留空城，即有余粮，兵过辄罄；惟省仓存米七千余石、榖四千余石，足支一月粮。臣所部兵，令分驻镇远、偏桥、兴隆、清平、平越诸处；降兵暂驻三五日，改屯天柱、会同、黔阳诸县及湖南沅州。四川兵驻遵义、广西兵驻独山，使分地就粮。闻信郡王