；元化以仲明为中军参将。时总兵黄龙镇皮岛，所部有李梅者，仲明党也；通洋事觉，龙系之狱。仲明弟都司仲裕在龙军，率部卒假索饷名，围龙廨；拥之至演武场，折股、去耳鼻，将杀之；诸将为救，免。龙乃执杀仲裕，疏请罪仲明。元化劾龙蚀饷，致兵哗；明庄烈帝命充为事宜，而核仲明主使状。会有德已叛，还攻登州；仲明遂纠诸将同籍辽东者为内应。城陷，推有德为帅，受署置，称总兵官。天津裨将孙应龙自夸与仲明兄弟善，能令缚有德以降；巡抚郑宗周使将二千人，自海道往。仲明伪为有德首绐之，开水城，延使入；猝斩之，歼其众，得巨舰以为舟师。
明师攻登州急，天聪七年五月，从仲明来降。上礼遇优异，授以总兵官，号其兵曰「天佑兵」（语并详有德传）。仲明侵渔所部，所部愬于有德；有德因劾仲明，仲明引咎，请以所部赴愬者移属有德。上敕奖有德，令善抚之；亦谕仲明审抚部下，毋念旧恶。即日并召人宫，赐宴。越数日，又使赐羊酒；且谕之曰：『朕闻诸汉官从尔等教场角射，设筵飨尔等，意尔等必欲相酬报。尔等去家远，可即以此羊酒藉教场为答宴也』。旋命与有德同驻辽阳。
崇德元年，封仲明怀顺王。上屡出师伐明、讨朝鲜，仲明皆从。七年八月，命隶正黄旗。九月，所部甲喇额真石明雄讦仲明匿所获松山、杏山人户；有逃人被法，仲明为收葬设祭；复妄杀无辜。鞫实，罚仲明白金千两。八年十一月，甲喇额真宋国辅、潘孝及明雄谋杀仲明，仲明以闻；鞫实，斩国辅等，籍其家畀仲明。
顺治初，从睿亲王多尔衮入关；复从豫亲王多铎西讨李自成，移师定江南。
三年，有德为平南大将军，帅师南征；仲明等以所部从。与明将杨国栋战于牛皮滩，大破之。克衡州、祁阳、武冈诸郡县，获明将刘肇基；皆仲明功也。
六年，改封靖南王，赐金册、金印。仲明自降后，屡出征伐，恒与有德俱，未尝独将；是岁，始与有德分道出师，有德征广西，仲明与尚可喜征广东。仲明将旧兵二千五百、新增兵七千五百--合为万人，以徐得功为左翼总兵、连得成为右翼总兵。师既行，刑部奏论仲明部下梅勒章京陈绍宗等纵部卒匿逃人，罪当死；上因谕仲明察随征将士携逃人以往者，械归，毋隐！仲明察得三百余人，械归；上疏请罪。吏议当夺爵，上命宽之，绍宗等亦贷死。
仲明未闻命，十一月，次吉安，自经死。
子继茂，顺治初，授世职昂邦章京。仲明死，继茂在军中代领其众，请袭爵；睿亲王方摄政，持不可。继茂从可喜俱南，定广东诸郡县（语见可喜传）。八年，世祖亲政，继茂嗣为王。
九年，李定国陷桂林，孔有德死事；上闻报，命定远大将军敬谨亲王尼堪自湖南移师赴之，敕可喜、继茂俟尼堪至，合军进攻；而继茂先已与可喜遣兵赴援，复梧州及旁近诸郡。
十年，潮州总兵郝尚久据城叛，继茂与靖南将军喀喀木、总兵吴六奇合军讨之；围城逾月，城将王立功为内应，树云梯以登。尚久入井死，余贼尽歼；潮州及饶平、揭阳、澄海、普宁诸县悉平。十一年二月，命内翰林秘书院学士郎廷佐赍敕慰劳，赐白金三千分赉将士。
是岁，李定国徇高、雷、廉三府，进犯新会；继茂、可喜与靖南将军珠玛喇合军进击，再战皆捷。定国还据南宁，复出攻横州；继茂自梧州帅师赴之，解横州围。进攻南宁，定国走安隆；获明将李先芳，斩裨将杜纪等。十三年，赐敕纪功，增藩俸岁千金。
初，继茂与可喜攻下广州，怒其民力守，尽歼其丁壮，即城中驻兵牧马，营靖南、平南二藩府，东西相望。继茂尤汰侈，广征材木，采石高要七星岩，工役无艺。复创设市井私税，民咸苦之。广东左布政使胡章自山东赴官，途中上疏言：『臣闻靖南王耿继茂、平南王尚可喜所部将士掠辱士绅妇女，占居布政使官廨，并擅署置官吏。臣思古封建之制，天子使吏治其国，而纳其贡税焉；不得暴彼民也。二王以功受封，宜仰体圣明忧民至意，以安百姓。乃所为如是，臣安敢畏威缄默！乞敕二王还官廨，释俘虏』。继茂奏辨，可喜亦有疏自白。章坐诬，论绞；上命贷死夺官。逾年，高要知县杨雍建内迁给事中，疏陈广东滥役私税诸大害；谓一省不堪两藩，请量移他省！朝议令继茂移镇桂林，未行。
十六年三月，上命移四川。十七年七月，改命移福建。时明将郑成功据金门，窥伺闽、浙；继茂既移镇，与总督李率泰协谋征剿。康熙元年，成功死，子锦代领其军；上命继茂相机剿抚。继茂疏报：自顺治十八年讫元年，招降将吏二百九十、兵四千三百三十四、家口四百六十七。其后成功弟世袭、兄子缵绪及所置都督郑赓先后出降，复得将吏七百有奇、兵七千六百有奇。二年十月，继茂与率泰督兵渡海，克厦门；水师提督施琅以荷兰夹板船来会，乘胜取浯屿、金门二岛。锦与其将周全斌等走铜山，复入犯云霄、陆鳌诸卫；总兵王进功与战，大破之。三年三月，继茂复与率泰及海澄公黄梧合军，自八尺门出海，克铜山；锦以数十