年，博洛师还；以芝龙归京师，隶汉军正黄旗，授三等精奇尼哈番。成功谋举兵，兵寡，如南澳募兵，得数千人；会将吏盟，仍用唐王隆武号，自称「招讨大将军」。以洪政、陈辉、杨才、张正、余宽、郭新分将所部兵，移军鼓浪屿。
成功年少，有文武略，拔出诸父兄中；近远皆属目。而彩奉鲁王以海自中左所改次长垣，进建国公，屯厦门；彩弟联，鲁王封为侯，据浯屿：相与为犄角。成功与彩合兵攻海澄；师赴援，洪政战死。成功又与鸿逵合兵围泉州；师赴援，围解。鸿逵入揭阳，成功颁明年「隆武四年大统历」。
五年，成功陷同安，进犯泉州；总督陈锦师至，克同安，成功引兵退。六年，成功遣其将施琅等陷漳浦，下云霄镇，进次诏安。明桂王称帝号肇庆，至是已三年；成功遣所署光禄卿陈士京朝桂王，始改用永历号，桂王使封成功延平公。鲁王次舟山，彩与鲁王贰，杀鲁王大学士熊汝霖及其将郑遵谦。
七年，成功攻潮州；总兵王邦俊御战，成功败走。攻碣石寨，不克；施琅出降。成功袭厦门，击杀联，夺其军。彩出驻沙埕，鲁王将张名振讨杀汝霖、遵谦罪，击彩；彩引余兵走南海。居数年，成功招之，还居厦门，卒。
八年，桂王诏成功援广州；引师南，次平海，使其族叔芝筦守厦门；福建巡抚张学圣遣泉州总兵马得功乘虚入焉，尽攫其家赀以去。成功还，斩芝筦，引兵入漳州；提督杨名高赴援，战于小盈岭，名高败绩；进陷漳浦。总督陈锦克舟山，名振、进奉鲁王南奔；成功使迎，居金门。九年，陷海澄；锦赴援，战于江东桥，锦败绩，左次泉州。成功复取诏安、南靖、平和，遂围漳州。锦师次凤凰山，为其奴所杀，以其首奔成功。漳州围八阅月，固山额真金砺等自浙江来援，与名高兵合，自长泰间道至漳州，击破成功，成功入海澄，城守。金砺等师薄城，成功将王秀奇、郝文兴督兵力御，不能克。上命芝龙书谕成功及鸿逵降，许赦罪授官；成功阳诺，诏金砺等率师还浙江。十年，封芝龙同安侯，而使赍敕封成功海澄公、鸿逵奉化伯，授芝豹左都督。芝龙虑成功不受命，别为书使鸿逵谕意。使至，成功不受命；为书报芝龙。芝豹奉其母诣京师，成功复出掠福建兴化诸属县。
十一年，上再遣使谕成功，授靖海将军，命率所部分屯漳、潮、惠、泉四府。成功初无意受抚，乃改中左所为思明州，设六官理事，分所部为七十二镇，遥奉桂王，承制封拜；月上鲁王豚米，并厚廪泸溪、宁靖诸王，礼待诸遗臣王忠孝、沈佺期、郭贞一、卢若腾、华若荐（？）、徐孚远等，置储贤馆以养士。名振、进率所部攻崇明，谋深入；成功嫉之，以方有和议，召使还；名振俄遇毒死。成功托科饷，四出劫掠，蔓及上游；福建巡抚佟国器疏闻，上密敕为备。
李定国攻广东急，使成功趣会师；成功遣其将林祭、周瑞率师赴之，迁延不即进，定国败走。成功又攻漳州，千总刘国轩以城献；再进，复陷同安。其将甘辉陷仙游，穴城入，杀掠殆尽。至是，和议绝；上命郑亲王世子济度为定远大将军，率师讨成功。十二年，左都御史龚鼎孳请诛芝龙，国器亦发芝龙与成功私书；乃夺芝龙爵，下狱。成功遣其将洪旭、陈六御攻陷舟山，进取温、台；闻济度师且至，堕安平镇及漳州、惠安、南安、同安诸城，撤兵聚思明。济度次泉州，檄招降，不纳；易为书，成功依违答之。上又令芝龙自狱中以书招成功，谓「不降且族诛」；成功终不应。
十三年，济度以水师攻厦门，成功遣其将林顺、陈泽拒战；飓起，师引还。成功以军储置海澄，使王秀奇与黄梧、苏明同守。梧先与明兄茂攻揭阳未克，成功杀茂并责梧，梧、明并怨成功；俟秀奇出，以海澄降济度。诏封梧海澄公，驻漳州；尽发郑氏墓，斩成功所置官。大将军伊尔德克舟山，击杀六御。成功陷闽安城、牛心塔，使陈斌戍焉。十四年，鸿逵卒。师克闽安，斌降而杀之。
成功陷台州；十五年，谋大举深入，与其将甘辉、余新等率水师--号十万，陷乐清，遂破温州。张煌言来会，将入江；次羊山，遇飓舟败，退泊舟山。桂王使进封为王，成功辞，仍称「招讨大将军」。
十六年五月，成功率辉、新等整军复出；次崇明，煌言来会，取瓜洲、攻镇江，使煌言前驱，泝江上。提督管效忠师赴援，战未合，成功将周全斌以所部陷陈；大雨，骑陷淖。成功兵徒跣击刺，往来剽疾；效忠师败绩。成功入镇江，将以违令斩全斌；继而释之，使守焉。进攻江宁。煌言次芜湖，庐、凤、宁、徽、池、太诸府县多与通款；腾书成功，谓宜收旁郡县，以陆师急攻南京。成功狃屡胜，方谒明太祖陵，会将吏置酒；辉谏，不听。崇明总兵梁化凤赴援江宁，总管喀喀木等合满、汉兵出战，袭破新军；诸军皆奔溃，遂大败；生得辉，杀之。成功收余众，犹数万；弃瓜洲、镇江出海，欲取崇明。江苏巡抚蒋国柱遣兵赴援，化凤亦还师御之；成功战复败，引还。煌言自间道走免。
上遣将军达素、闽浙总督李率泰分兵出漳州、同安，规取厦门；成功使陈鹏守高