左同志，以劾魏阉，死诏狱（事具「明史」）。思宗即位，宗羲入都讼冤；至则逆阉已磔，即具疏请诛曹钦程、李宝。会庭鞫许显纯、崔应元，宗羲对簿，出所袖锥锥显纯，流血被体；又殴应元，拔其须归祭尊素神主前。又追杀牢卒叶咨、颜文仲，盖尊素绝命于二卒手也。时钦程已入「逆案」；实疏辨「原疏非己出」，阴致金三千求宗羲弗质。宗羲立奏之，谓『实今日犹能贿胳公行，其所辨岂足信』！于对簿时，复以锥锥之。狱竟，偕诸家子弟设祭狱门，哭声达禁中；思宗闻之，叹曰：『忠臣孤子，甚恻朕怀』！归，益肆力于学；愤科举之学锢人，思所以变之。既尽发家藏书读之；不足，则钞之同里世学楼钮民、澹生堂祁氏，南中则千顷堂黄氏、绛云楼钱氏。且建续钞堂于南雷，以承东发之绪。山阴刘宗周倡道蕺山，以忠端遗命，从之游。而越中承海门周氏之绪，援儒入释，姚江之绪几坏；宗羲独约同学六十余人，力排其说。故蕺山弟子如祁、章诸子，皆以名德重；而御侮之功，莫如宗羲。弟宗炎、宗会，并负异才；自教之，有「东浙三黄」之目。
戊寅，南都作「防乱揭」攻阮大铖，东林子弟推无锡顾杲居首，天启被难诸家推宗羲居首。大铖恨之刺骨；骤起，遂按揭中一百四十人姓氏欲尽杀之。时宗羲方上书阙下而祸作，遂与杲并逮。母氏姚叹曰：『章妻、滂母，乃萃吾一身耶』！驾帖未行，南都已破；宗羲踉跄归。会孙嘉绩、熊汝霖奉鲁王监国，画江而守。宗羲纠里中子弟数百人从之，号「世忠营」；授职方郎，寻改御史。作「监国鲁元年大统历」，颁之。浙东马士英奔方国安营，众言其当诛；熊汝霖恐其挟国安为患也，好言慰之。宗羲曰：『诸臣力不能杀耳。「春秋」之孔子，岂能加于陈恒！但不谓其不当诛也』。汝霖谢焉。又遗书王之仁曰：『诸公不沈舟决战，盖意在自守也。蕞尔三府，以供十万之众，必不久支；何守之能为』！闻者皆韪其言而不能用。至是，孙嘉绩以营卒付宗羲；与王正中合军，得三千人。正中者，之仁从子也；以忠义自奋。宗羲深结之，使之仁不得挠军事。遂渡海，屯潭山。由海道入太湖，招吴中豪杰；直抵乍浦，约崇德义士孙奭等内应。会清师纂严，不得前；而江上已溃。宗羲入四明山，结寨自固。余兵尚五百人，驻兵杖锡寺；微服出访监国，戒部下善与山民结。部下不尽遵节制，山民畏祸，潜爇其寨，部将茅翰、汪涵死之。宗羲无所归，捕檄累下；携子弟入剡中。闻鲁王在海上，仍赴之；授左副都御史。日与吴锺峦坐舟中，正襟讲学；暇则注「授时」、「泰西」、「回回」三历而已。宗羲之从亡也，母氏尚居故里；清廷以胜国遗臣不顺命者，录其家口以闻。宗羲闻之，亟陈情监国；得请，遂变姓名，间行归家。是年，监国由健跳至滃洲；复召之，副冯京第乞师日本。抵长崎，不得请，为赋「式微」之章以感将士。自是，东西迁徙无宁居。弟宗炎，坐与冯京第交通，刑有日矣；宗羲以计脱之。甲午，张名振间使至，被执；又名捕宗羲。丙申，慈水寨主沈尔绪祸作，亦以宗羲为首：其得不死，皆有天幸；而宗羲不慑也。
其后海上倾覆，宗羲无复望；乃奉母返里门，毕力著述，而四方请业之士渐至矣。戊午，诏征博学鸿儒，掌院学士叶方蔼寓以诗，敦促就道；再辞以免。未几，方蔼奉诏同掌院学士徐元文监修「明史」，将征之，备顾问；督、抚以礼来聘，又辞之。朝论「必不可致，请敕下浙抚钞其所著书关史事者，送入京」。其子百家，得预参史局事。徐干学侍直，上访及遗献，复以宗羲对；且言「曾经臣弟元文疏荐，惜老不能来』！上曰：『可召至京，朕不授以事；即欲归，当遣官送之』。干学对以「笃老无来意」；上叹息不置，以为人材之难！宗羲虽不赴征车，而史局大议必咨之；「历志」出吴任臣之手，总裁千里遗书，乞审正而后定。尝论「宋史」别立道学传为元儒之陋，「明史」不当仍其例。朱彝尊适有此议，得宗羲书示众，遂去之。
卒，年八十六。
宗羲之学，出于蕺山；闻「诚意慎独」之说，缜密平实。尝谓『明人讲学，袭「语录」之糟粕，不以「六经」为根柢，束书而从事于游谈。故问学者，必先穷经。经术所以经世，不为迂儒，必兼读史。读史不多，无以证理之变化；多而不求于心，则为俗学』。故上下古今，穿穴群言；自天官、地志、九流、百家之教，无不精研。所著「易学象数论」六卷、「授书随笔」一卷、「律品新义」二卷、「孟子师说」二卷；「文集」则有「南雷文案」、「诗案」，今共存「南雷文定」十一卷、「文约」四卷。又着「明儒学案」六十二卷，叙述明代讲学诸儒流派分合得失，颇详明。「文海」四百八十二卷，阅明人文集二千余家，自言与「十朝国史」相首尾。又「深衣考」一卷、「今水经」一卷、「四明山志」九卷、「历代甲子考」一卷、「二程学案」二卷。辑明史案二百四十四卷。又「明夷待访录」一卷：皆经世大政。顾炎武见而叹曰：『三代之治，可复也』！天文则有「大统法辨」四卷、「时宪书法解新推交食法」一卷、「圜解」一卷、「割圜八线解」一卷、「授时法假如」一卷、「西洋