保。
二十九年，命署伊犁将军。寻调署四川总督。时金川土司郎卡与绰斯甲布等九土司构衅，阿桂巡边，尽得郎卡狡狯怙恶状并悉其山川形势入奏。是冬，召还京。三十年，上南巡，命留京治事。乌什回赖黑木图拉作乱，诏驰赴乌什，与将军明瑞攻之；赖黑木图拉中矢死。众伯克复推额木色图拉抗我师，自三月至八月，攻城不下；明瑞军其北、阿桂军其南，作长围困之，绝其水道。贼粮尽内讧，沙布勒者擒额色木图拉以献；乌什平。上责其迟延，示怯损威；部议夺官。命留任，驻雅尔城。旋复夺尚书，命还伊犁助明瑞治事。阿桂疏请移雅尔城于楚呼楚，从之。三十二年，授伊犁将军。请自楚呼楚至乌尔图布拉克设三台，以通雅尔；下部行。
缅甸扰边，总督刘藻、杨应琚先后得罪去，上命明瑞率师讨之；至猛育，粮尽，战没。大学士傅恒自请行；三十三年，以傅恒为经略、阿桂及阿里衮为副将军，仍援阿桂兵部尚书、云贵总督。三十四年，以明德为总督，令阿桂专治军事。阿桂请由铜壁关抵蛮暮，伐木造舟俟经略至军，进攻老官屯；且言军粮不给。上以为畏怯，罢副将军，改授参赞大臣。九月，舟成，傅恒亦至，分三路进；傅恒出万仞关，由大金沙江西经猛拱、暮鲁至老官屯，阿里衮率舟师循江下，阿桂率蛮暮新舟出江会之。先伏兵甘立寨，缅人从猛戛来拒，寨兵出击，沈三舟，舟师噪应之；缅人大溃，歼其渠，遂与西岸军合。老官屯守御坚，军士多病瘴，阿里衮卒于军；复授阿桂副将军。傅恒亦病，上命班师；而缅酋懵骏亦惩甘立寨之败，遣使议受约束。乃召傅恒还，命阿桂留办善后，授礼部尚书。三十五年，兼镶红旗汉军都统。命赴腾越，待缅人入贡；遣都司苏尔相赍檄至老官屯，缅人拘之，索还土邦等三土司。疏入，上命罢尚书、都统，以内大臣留办副将军事。三十六年，疏请大举征缅，入觐陈机密；上手诏诘责，命夺官、留军效力。
是时，金川酋郎卡已死，其子索诺木及小金川酋泽旺子僧格桑扰边；四川总督阿尔泰征之无功，上命阿桂随副将军尚书温福进讨。十二月，署四川提督；克巴郎拉达、木巴宗各寨。三十七年二月，克资哩山，进克阿喀木雅；松潘总兵宋元俊亦复革布什咱。两金川势日蹙，合谋抗我师；上命温福等三路进讨。阿桂出西路阿喀木雅，攻喇卜楚克，克之；夺普尔玛寨，进逼美美卡。泽旺为子谢罪，索诺木亦代僧格桑请还侵地，上不许。时侍郎桂林代阿尔泰为总督，并领其众；至黑陇沟失利，副将薛琮死之。阿尔泰劾罢桂林，上授阿桂参赞大臣，命赴南路接剿。僧格宗者，小金川门户也；甲尔木山梁，为僧格宗要径。阿桂乘贼怠，潜赴黑陇沟；夜半大雾，袭据之。进逼僧格宗，突入，毁其碉，歼贼无算。上授温福定边将军，丰升额、阿桂俱授副将军，分道取美诺。阿桂克美都喇嘛寺，俯瞰美诺，僧格桑遁布郎郭宗；而温福亦克西路来会，进剿布郎郭宗。僧格桑送孥金川，而遁底木达求见父泽旺；泽旺不纳，渡河走金川；泽旺降，械送京师，小金川平。于是议讨金川。金川贼巢二：曰噶拉依、曰勒乌围。温福由功噶尔拉、阿桂由当噶尔拉合攻噶拉依，丰升额由绰斯甲布径攻勒乌围；复授礼部尚书。三十八年正月朔，冒大雪进夺当功噶尔拉诸碉；而温福至木果木，索诺木诱降番叛袭军后，断登春粮道，我师溃，温福死之，小金川与美诺等相继陷。阿桂悉收降番械，毁碉寨，分置其人章谷、打箭炉，斩其桀骜者；亲殿军，退驻达河。事闻，上怒甚；命发健锐火器两营、黑龙江、吉林、伊犁、额鲁特兵五千，授阿桂定西将军、明亮、丰升额副将军、舒常参赞大臣，整师再出。十月，攻下资哩。用番人木塔尔策，分师由中、南两路进，潜军登北山巅，遂取美诺；明亮等亦克僧格宗来会：凡七日，小金川平。三十九年正月朔，阿桂抵布郎郭宗；人裹十日粮，分三队进、转战以前，克穆喇穆左右二山、赞巴拉克山、色依谷山。二月，克罗博瓦山--乌勒围门户也，贼退守喇穆山。部将海兰察从间道破色漰普寨，绕出山后，贼退守萨甲山岭。海兰察夺其峭壁大碉，诸寨夺气，同时下；乘胜临逊克尔宗。僧格桑死于金川，金川酋献其尸，而死守逊克尔宗。十月，阿桂用策先克默格尔山及凯立叶，于是日尔巴、当噶诸碉反在我师后，遂悉平之；贼退守康萨尔山。时丰升额出北路，师至凯立叶，望见烟火，以师来会；而明亮出南路阻于庚额山，阿桂令移军冒雨破宜喜，与明亮军隔河相望。十一月，克格鲁克古丫口，金川东北之贼殆尽。四十年正月，克康萨尔山梁。二月，克沿河斯莫思达寨。四月，克木思工噶克丫口。五月，克下巴木通及勒吉尔博山梁，进据得式梯；复克噶尔丹寺、噶郎噶等寨。进攻巴占，屡攻不下；分兵从舍图枉卡绕击，牵贼势。七月，克昆色尔及果克多山，进克拉枯寺、菑则大海山梁；旋克章噶。八月，克隆期得寨，遂克乌勒围。捷闻，上遣阿桂子阿必达赍红宝石顶赐之。九月，克当噶、克底诸寨。十月，克达噶木。十一月，克西里山雅玛朋寨。十二月，克萨尔歪诸寨，进据噶占。四十一年正月，克玛尔古、当噶碉寨五百余，遂围噶拉依。索诺木母先赴河西，集余