总督，以锺音为闽浙总督、余文仪为福建巡抚。
四十一年冬十一月甲申（十六日），命四库全书馆详核违禁各书，分别改毁。谕曰：『明季诸人书集词意抵触本朝者，如钱谦益等均不能死节，妄肆狂狺，自应查明毁弃。刘宗周、黄道周立朝守正，熊廷弼材优干济；诸人所言，若当时采用，败亡未必若彼其速。惟当改易字句，无庸销毁。又直臣如杨涟等，即有一、二语伤触，亦止须酌改，实不忍并从焚弃』。
四十二年夏五月壬申（初八日），免福建台湾府属官庄租息十分之三。
四十三年春二月己酉（十八日），以锺音为礼部尚书，调杨景素为闽浙总督。
四十四年春二月丙子（二十一日），以增福为福建巡抚。
三月丙申（十二日），调杨景素为直隶总督、三宝为闽浙总督。
夏五月丙午（二十三日），以富纲为福建巡抚。
四十五年春二月丁巳（初八日），免台湾府属本年额榖。
夏〔六月〕乙卯（初八日），调富勒浑为闽浙总督。
四十六年春正月癸卯（三十日），召富勒浑来京，以陈辉祖为闽浙总督兼管浙江巡抚、督办塘工。
秋八月壬午（十二日），以富纲为云贵总督、杨魁署福建巡抚。
四十七年春三月癸丑（十六日），调雅德为福建巡抚。
秋九月辛亥（十七日），陈辉祖褫职逮问，调富勒浑为闽浙总督、福长安署之。
四十九年春三月庚戌（二十五日），改庆桂为福州将军。
夏五月丙辰（初二日），调常青为福州将军。
五十年秋七月己酉（初二日），调富勒浑为两广总督，以雅德为闽浙总督、浦霖为福建巡抚。
庚戌（初三日），调浦霖为湖南巡抚，以徐嗣曾为福建巡抚。
五十一年春二月庚辰（初六日），加福建水师提督黄仕简太子太保。
夏六月辛丑（二十九日），调富纲为闽浙总督。
冬十月辛丑朔，调富纲为云贵总督，以常青为闽浙总督。
十二月丙寅（二十七日），福建彰化县「贼匪」林爽文作乱，陷县城，知县俞峻死之；命常青、徐嗣曾等剿办。
五十二年春正月辛未（初二日），林爽文陷诸罗、竹堑。
丁丑（初八日），调李侍尧为闽浙总督；常青为湖广总督，仍留福建督办军务。
癸未（十四日），林爽文陷凤山，知县汤大奎死之。
甲申（十五日），常青以「守备陈邦光督义民守鹿仔港，收复彰化」奏闻。
丁酉（二十八日），命常青渡台剿匪。
二月壬寅（初四日），林爽文复陷凤山，犯台湾府；柴大纪督兵民御之。
壬子（十四日），免台湾府属本年额赋。
丙辰（十八日），复诸罗。
三月辛巳（十三日），复凤山。
辛卯（二十三日），黄仕简以贻误军机褫职，令其长孙嘉谟袭公爵。
乙未（二十七日），逮黄仕简下狱。
夏四月辛丑（初四日），以常青为将军，恒瑞、蓝元枚为参赞。调蓝元枚为福建水师提督、柴大纪署陆路提督。
六月壬子（十六日），授柴大纪福建陆路提督兼管台湾总兵事。
丙辰（二十日），召福康安赴行在，以勒保署陕甘总督。
秋七月壬辰（二十七日），以海兰察为参赞大臣，舒亮、普尔普为领队大臣，率侍卫章京等赴台湾剿贼。
八月，常青免；命福康安为将军，赴台湾督办军务。
九月壬午（十八日），调柴大纪为福建水师提督；以蔡攀龙为福建陆路提督，并授参赞。
辛卯（二十七日），以诸罗仍未解围，催福康安径剿大甲杙贼，并分兵进大甲溪。
冬十月辛酉（初七日），以福州将军恒瑞剿贼怯懦，召来京；调鄂辉代之。
壬戌（二十八日），命江苏、浙江拨福建军需钱各五万贯。
十一月甲子朔，加李侍尧太子太保、柴大纪太子少保。赐台湾广东庄、泉州庄义民御书扁额。
壬申（初九日），以柴大纪固守嘉义，封一等义勇伯，世袭。免台湾嘉义县五十四年额赋。
十二月丁未（初二日），福康安等败贼于仑仔顶庄等处，解嘉义围。晋封福康安、海兰察公爵，各赏红宝石顶、四团龙补褂。
己酉（十六日），迁常青福州将军。以福康安劾柴大纪、蔡攀龙战守之功多不确实，谕：『柴大纪坚持定见、竭力固守，蔡攀龙奋勇杀贼、竟抵县城，或在福康安前礼节不谨，致为所憎；岂可转没其功，遽加无名之罪』！以孙士毅调兵运械不分畛域，赏双眼花翎。
戊午（