战多时，贼始大败。生擒伪提督甘煇并伪总兵等官，阵斩贼众不计其数，烧毁贼艘五百余只。余孽顺流败遁，喀喀木、噶褚哈等复领水陆两路官兵疾追至镇江、瓜州，诸贼闻风乘舟而遁，大军于二十八日回江宁。”得旨：“据奏满、汉官兵奋勇，水陆并进，擒剿逆寇甚多。克奏大捷，深可嘉悦，着该部从优议叙具奏。”癸巳，命固山额真刘之源为镇海大将军，同梅勒章京、张元勋、周继新领官属兵丁驻防镇江。甲辰，江宁巡抚蒋国柱奏：“逆寇郑成功自江宁败遁南下，复犯崇明，游击刘国玉等击败之，贼俱南下。”下所司察叙。乙卯，逮江宁巡抚蒋国柱至京勘问，以海贼犯京口，国柱同提督管效忠败绩也。
九月己未朔，江宁巡抚蒋国柱奏：“镇江失守时，文官知府戴可进等六员、武官副将高谦等十四员皆失身从逆，独巡江营守备罗明异守谭家洲阵亡，应从优恤。”下所司察议。
十月丁酉，江南苏松巡按马腾升奏：“前因京口失守，特遣固山额真驻防镇江，诚虑之周也。而臣窃以为有不便者三：镇江之民疮痍未复，传闻大军驻扎，惶惧窜徒，若果兵临，势必侵扰，民何能安？且恐满兵骄悍成习，即号令有不能施，不便者一；以重兵驻防京口者，御海寇也，必须修备战艘，练习水师，此非满兵所长，不便者二；用兵之道，将有号令，兵有纪律，事权归一，兵力自优，何必设此无统摄之满兵株守一城，以虚糜兵饷，不便者三。臣为要地起见，为万民请命，不得不为皇上痛陈之。”得旨：“京口要地，向因防兵单弱，致海逆入寇失陷，故特遣满兵驻防。马腾升乃云未能御寇，辄先扰民。前贼至之日，镇江阖城从贼，理应诛戮，免其追究，已属法外之仁，今遣兵驻防，原以为民，何为反云扰民？征剿寇盗、平定地方，皆满兵之力，何云满兵骄悍成习？设防之兵，当水陆兼备，江宁大捷亦由陆兵力战败贼，何云非满兵所长？驻防之兵，该固山额真自能统摄，如有寇警，该固山额真自当相机堵剿，何云无统摄之满兵株守一城、虚糜兵饷？镇江原有绿旗兵不能御贼，地方文官不能以一矢加贼，马腾升身为巡方，远避他府，今乃借口为地方起见，妄行条奏，沽名市恩，且马腾升系何国之人，乃称满兵骄悍成习。是何意见，着作速明白回奏。”
十二月丁亥朔，苏松巡按马腾升遵旨回奏：“兵火之后，臣目击地方残破、人民流离。又过镇江，见谭家洲当江口瓜、镇之中，于此建立营垒，设立重兵，使深明水性之将练习舟师，统于督臣，足资弹压。讵知庙算神谟，动出万全，特遣满兵驻防，原使水陆兼备，靖寇卫民。臣一时愚昧，思虑未周，发此狂沦，罪复何辞！惟痛自刻责，仰听处分而已。”得旨：“此回奏巧言支饰，殊为可恶，着吏部从重议处具奏。”辛亥，以击败海寇功授苏松水师总兵官梁化凤三等阿达哈哈番，仍加左都督、太子太保。
十七年正月壬戌，裁苏州、镇江、徐州、太仓、镇海各卫经历，镇江织造局大使，通州通济库大使，松江递运所所官，毗陵、孟城、锡山各驿驿丞。丙寅，以朱国治为右副都御史，巡抚江宁。
二月癸巳，先是，漕运总督蔡士英奏：“国初设总漕一员，驻淮安；凤阳巡抚一员，驻泰州。自顺治六年，巡抚标兵调入粤西，遂撤凤抚归并漕督。漕务、海防势难兼理，请仍照初制，专管分任。”至是，九卿、科道会议：应如士英所请，其抚标官兵俟兵部议设。从之。戊戌，命总兵官杨捷驻扎扬州，防江北一路要汛。壬寅，免江南淮、扬二府、徐州去年份水灾额赋。甲寅，徐州夏镇民、涂弘德奏讦工部分司顾大申贪赃四十余万，令提京严审。
三月己巳，差户、兵、工三部官各一员，清查江南拖欠钱粮。
四月戊子，以蓝润为江南按察使。己丑，命总兵官刘芳名驻防江宁。乙未，遣御史张凤起巡按苏、松。
六月癸巳，以白色纯署河道总督。
八月甲申朔，议政王、贝勒、大臣、兵部、刑部议奏：“江南提督马逢知纵放奸细，阴附逆贼，贻误封疆，负国重恩，情罪重大。马逢知并其子俱应斩立决，妻妾家产俱籍没入官。江南巡按马腾升与逢知结为弟兄，同谋徇隐，亦应斩立决。”得旨：“据审马逢知交通海逆，情罪重大，但逢知彼时或贼至献城，或率兵从贼，叛迹显著，自应并伊子即行正法。今阅招内将海逆差来伪副将刘澄不即诛戮，仍行放回，阴附逆贼是真。至显为叛逆之处，尚未得实情。事关重辟，宜加详慎。马逢知并其亲子及马腾升俱应斩，着牢固监候，家产依议籍没。该部选才能侍郎一员，前往会同刘之源，郎廷佐、梁化凤确察逢知当日叛逆事迹，果有确据，再行加等治罪。”
九月戊午，江宁巡抚朱国治言：“郑逆未靖，请于海边、江口多设烽堠、炮台，以守御。”下所司速议。
十八年正月癸酉，户部议复：“御史胡文学疏言，江南等省漕粮改折收银，恐有杂派，乞严饬抚按痛除积弊，止许照价征收，不得仍借兑漕为名，恣行科索。”从之。巡按苏、松六府