分设部司督理，或命部院大臣往视，事已辄罢。正德四年，乃议专设宪臣，为总理河南之开封、归德，山东之曹、濮、临沂，北直之大名、天津，南直之淮、扬、徐、颍，咸属节制，建牙如督抚，重河防也。然理河者不复虑漕，而理漕者亦不复虑河，则亦专设河臣之衅矣。万历五年，偶因两臣意见相左，遂并河于漕，在河南、山东、北直者，以巡抚兼领之，责分而官无专督。故修浚之功，怠于无事，急于临渴，河患日深。顷者勘科常居敬亦有专设大臣之议，非直备官，要在得人。试按嘉靖以来，河渐北徙，济宁以下多淤，而刘天和之修复鲁桥，朱衡之开通南阳，潘季驯之浚刷崔镇，河道赖之。此专设得人之明验也。”疏下，部复如议。上命督河再设，以老成才望者任之。庚申，工部复：“科臣常居敬条上漕河事宜：一、严启闭以杜淤塞。请岁行申饬山阳、通济等闸，三月初运毕，即为封锁。瓜州二闸，俟苏、浙运毕封锁。官私船只照旧车盘，势豪干挠者法无赦；一、催粮运以谨河防。谓四月黄水生则河波，运先于波，则坝可筑，而白粮一运，每至愆期，不得不缓坝以待之。宜督所司填注限单，务令先后漕粮次第过淮，以便修筑；一、议钱粮以助河工。谓河工银岁额三万，而费至六七万，每以不敷停修，贻害不小。宜核所在逋负，立限追解，无为墨吏积胥所没，以致匮竭无措，一、稽工料以资实用，谓桩、草、绳、麻、灰、石之属，皆河工急需。而名实不相符，上下因循，恣为奸弊，宜慎加厘饬，及修筑未久旋报崩溃者，追还料价；一、重修守以谨河防。盖治河如治边，防水如防虏，边臣守边，有叙劳之效，而河臣奔走，风涛拮据之苦，视边臣尤甚。宜于岁终分别纪录，三年类题，果有成劳，予之优擢，则人心竞劝，而河防益饬。”上依议。癸女，勘理河道科臣常居敬，会同督臣舒应龙，再上河工一十四款：“一、开建闸座，以便防守。议于古洪闸外，加镇口闸一座，外御浊水，内蓄漕河；一、接筑缕堤，以防中溃。计自茶城以下，塔山支河西岸起，至河口止，长五百丈，阔四丈，又补筑旧河缺口一道，长六丈；一、议修坝埽，以防危急。王公堤累经冲决，与黄河只隔丈许，两河夹之势最危急。议于本堤设法增筑，实土石于雁翅之内，密钉桩木于卷埽之外，并设顺水坝一座，逼水北流；一、开创月河，以避冲决。谓既设顺水坝以逼黄水之北流，复于运河之南开月河，以引漕水南去，则二水相隔颇遥，时加培筑，可保无虞；一、筑宝应西堤，以束漕流。盖宝应湖口，运道所必经。近来浚挑徒劳，浅涩日甚，缘水势散缓，泥沙易停。议于山阳一带，培筑西堤，以束水势，令无壅淤，则粮艘不阻；一、砌邵伯湖堤，以免岁修。盖邵伯湖一浅、二浅等处，正当波涛冲激，而排桩厢板其何能御，应尽包石以捍其锐；一、浚理河身，以利长运。自淮安至仪真内河，旧三年一浚，后岁一浚之。久之且置勿浚矣。合于重运过毕，清坝工完之后，乘时挑浚，并查复浅船之制；一、酌议分地，以便责成。以梁境至首闸，属之夏镇主事，茶城至清口黄河，属之中河郎中。而夏镇及南旺两主事并给关防、敕书，视河道郎中例，以重事权；一、移官夫，以资策应。吕梁、徐州二拱，水势既平，洪夫稍暇，且属流寓，随地可安。议拨六百三十三名均派新旧五闸，余者留二洪拽运，而管河同知改住境山策应；一、设山阳长夫，以便河工。盖山阳河夫，向皆市侩雇觅，故增减之弊滋，而逃亡莫可禁。议令诸侩入银官雇，注名立册，按册拨夫，实为长便；一、寝开支河，以防善淤。盖闸河水泉不多，难分为二，宜寝其工；一、查议故道，以省繁费。盖闸河出口，无不与黄值。即改避而南，亦难远害。况弱汶之流，不足以湿淤沙，故道之议，固应并寝；一、停拆三坝，以保成功。崔镇、徐昇、季太三坝，原为泄水而设。议拆者为其高，而坝外堤岸更高于坝，是存之未碍宣泄之利，拆之反滋泛滥之虞也；一、停浚草湾，以节财用。草湾一河，阔二百余丈，先尝开之，以保淮城也。淮、黄之水藉以分流，而开塞靡常，无烦浚凿。”俱如议行。
六月癸亥，升太常寺卿周继为都察院右副都御史，巡抚应天。甲子，诏年来传派织造段匹未解者，苏州减半，以恤灾民。从工部尚书石星之请也。己卯，应天巡抚佘立奏：湖盗平。上报闻。先是湖中之盗，三吴戒严，以为萑苻之警，此其最巨颇廑当事之忧，乃马山官兵方集，一旦化为乌有，零星搜缉，仅获数魁，用作结案。故御史彭而珩遂有抽吴淞游兵入湖防守之议，亦善后之思也。
七月丁卯，兵部覆：“应天巡抚佘立题，湖盗已平，善后应议。一、设兵船。请于吴淞游兵、巡司弓手各量拨二三百名，赴湖协守；一、守险要。请于胥口、叶港、沙塘、下埠、独山门等处分拨兵船，相机策应；一、议设官。请改陆营把总移驻太湖，统领兵哨；一、编鱼舟。请将沿湖鱼船、大罟船，尽查编号，十船一甲，十甲一，各相觉察，互为声援；一、严保甲。请以沿河有山处所，申明逻缉，凡有潜踪密聚者即便擒治；一、禁越关。请于七里桥、戚墅堰、花渡桥等处，置立木栅，放农阻商，严行守把。”上依议。戊寅，工部尚