直清军御史，将本部造到文册，严督司道、清军等官，厢名按查，勒限起解。每年终，有司解过军人数目，仍听清军御史照例分别举劾、奖戒。”兵部复如议。上曰：“近来勾补军士，有司官不行挨查起解。营操卫官，不行存恤。以致隐漏逃亡，卒伍虚耗。以后着该巡按御史，设法清查，有仍前慢令行私需索等弊，尽法处治。”乙丑，应天巡抚郭思极以人言疏辩乞罢，上命回籍听用。己巳，应天巡抚郭思极言：“沿江芦课新增数多，乞要除豁。”工部复：“芦洲日当巨流，有淤滩新出者，亦有冲坍汩没者，以此抵彼，势难顿增。宜豁免九年分新增课银，仍令以后五年一丈量，实在洲场，方行追征。”从之。辛未，南京兵部尚书刘尧诲以人言乞罢。准令致仕。新建丹徒大犊山、丹阳黄泥坝二闸。甲戌，升应天厨尹王元敬为右副都御史，巡抚应天。乙亥，命淮、扬等府，徐州等照旧属南直隶提学御史。
十二年正月庚辰，蠲淮、扬等处万历二年至八年拖欠牲口银两。从御史孙继有请也。乙酉，起原任应天府尹王世贞为应天府尹。辛丑，以巡抚郭思极言苏州等十府、上元等八县灾，诏免四司料价，及黄白麻、鱼课等十之三。
二月甲寅，南京工部题，修理孝陵殿庑门楼等工完。辛酉，从户部科给事中萧彦请，免扬州府并徐州万历二年起至六年止未完钱粮。乙丑，升顾章志为应天府府尹。
三月己卯，应天巡抚郭思极言：“应天、苏、松等府织造借用银两，既已作正支销，宜严行照数补还，以后解部。济边银两，不得挪借，”是之。
五月戊子，从应天巡按郭思极请，复勘太仓等十五州、县田粮。
六月己酉，漕运总督李世达言，河工告成，敷陈善后事宜。下工都。癸丑，升仓场总督、户部左侍郎王廷瞻为右都御史兼户部右侍郎，总督漕运。丙辰，漕运都御史李世达条陈漕务四款。上可其奏。
八月丁巳，吏科给事中陈大科言：“江南漕艘，历高宝抵淮。宝应泛光一湖，浩荡无际。槐角楼一带据湖之中，其形如兜，两翼向为运道梗。所司议开越河，而一主圈田，以防夹攻；一主靠堤，以省修筑。昔白侍郎昂康济一河圈田之制也。比吴尚书桂芳靠堤开越河，十余年来，未闻冲圮。臣以为靠堤便。”总督漕运李世达亦然其议。部复，报可。
九月丙子，南京右佥都御史赵焕奏：“高宝湖堤大坏，乞敕宪臣督理，”章下都察院。戊寅，漕运总督李世达题：“黄流日进，乞修砌郡城石堤，以图永赖。”章下工部。
十一月丙戌，礼部仪制司主事陈应芳奏：“顷见漕臣开越河一疏，其称论方取土，以丈计之，约用工银九万六千有奇，而木石之费十二万，其派夫必得五万人而后可。窃意夫以五万，每名日工食二分，则当一日千金矣。是所谓九万六千者，止可供五万人三月之费。借曰更番迭用，亦止足供六月之食。大约计之，则九万六千者，可足一年夫役之募乎？其不足者，抚按自有处乎？抑令民自为赔也。臣往见河工之举，抚按下之司道，司道下之州县，州县下之里甲，里甲不足，于是以家赀之上下，为出夫之等第，籍名在官而趋之役。牌票追呼之扰，遍于闾阎；呼号怨谤之声，盈于道路。其状有不可胜言者，此籍名之苦一也。及其不可脱而为之办夫，一夫远者，月有一两二钱之值；近者，月有九钱之值。有称是而计月以安家之值。以一家为率，办夫五名，则月几十金之费矣！往往倾赀以偿其费。不只鬻产，又卖子女，数月之间，闾阎一空。此雇夫之苦二也。及其以应雇之夫，而往即工所也，多方影射，百计索求，一不遂，则鞭挞之。夫往往多逃去，则以逃夫呈而移檄州、县逮之。原籍名之人，则又雇夫以补其额，而就逮之费，亦复如前，是重困也。至于官银，即使尽所议者给之，犹不足以偿十分之一，而况所给者，受值之人，非出值家也。以故不才佐贰通同省察，恣意侵克。以故官徒有募夫之名，而害归于籍名者之家，利入于管工者之手。此赴役之苦三也。请以三策筹之，与其使当事诸臣，阳为节省之虚名，而闾阎小民，阴受包赔之实害，则孰若照粮起科，明为加派。而以九年、十年拖欠存留钱粮，酌为蠲免其旧，而加派其新，人情未有不乐从者。至于东南孔道，各省协济之银，揆之事理，必不可无。昨抚臣议五万，臣犹以为少，奈何不允，而使独累淮、扬赤子也？夫钱粮足，则官操其值以募人，如各驿递等夫，则非以厉民，而且养民，此理之正，策之上也。瓜、仪巨商大贾，往往有建寺修桥者，向者倭夷之变，扬州外城，俱系盐商倡筑，不期月而集。或悬旌表之令，开事例之门，或授以冠带，或给以旌匾，必有应之者。而往来商船，除钞关外，量于湖口抽其税课以佐急，此事之权，策之次也。如其不责名实，而曰加派不可，协济不可，事例、抽税又不可，而忍听民自为赔焉，此则可谓无策矣！”工科右给事中冯露亦言：“总漕侍郎王廷瞻三议，欲将旧堤备用之石，加之新工。以石砌潭，原议者八，今减而六。反复陈旧之堤石不可移，八潭之砌不可已。”工部复：“给事、主