银千余两。得旨：“风宪官身自犯赃，何以纠正官邪，禁革奸弊。以仁姑先褫职听勘。自今御史差满当严加考察，毋得概令回道管事。”
九月己酉，兵部复：“操江都御史吴时来奏，南京水操舟楫，皆脆薄无用。乞将二百料与一百五十料以下者，遇坏易银贮库，候有缓急，听其随便改作，不必仍拘旧式。”从之。癸亥，以水灾折征直隶高邮等卫、所屯粮有差。
十月戊寅，以旱涝灾免淮安、扬州、徐州秋粮子粒有差。丙戌，南京报罪囚处决者九人，矜疑宥死发戍者四人。癸巳，以淮、扬等处灾伤，暂免原派砖价一年。
十二月辛丑，铸给淮安、扬州钞关关防。
三年二月甲申，起原任兵部尚书郭乾为南京户部尚书。癸巳，裁革南京游兵都司并三江会口委用把总各一员。从操江都御史吴时来奏也。考察南京不职官员，上元县知县袁伯雅等二人素行不谨，黜降如例。
三月丙午，命南京上关榷税兼抽本折，以苏商困。
五月丁未，户部奏：“南京盐引铜版，岁久文不可辨，引目增多，印给失时，乞加数铸造。”报可。
六月丙申，升提督誊黄、通政使司右通政海瑞为都察院右佥都御史，总理粮储、提督军务兼巡抚应天等处。
闰六月甲子，淮、徐大水，坏城垣、淹田舍、漂人畜无算。
八月丁巳，以苏州、松江二府水灾，给赈有差。
九月丁丑，诏改折南京锦衣并直隶仪真等卫所屯粮，以被灾伤轻重为差。壬午，以苏、常二府水灾，诏许常熟县漕粮改折十之五，昆山县十之二，宜兴县十之三。壬辰，以水灾，诏南直隶太仓州、崇明、靖江、嘉定、溧阳、吴江、高淳、六合、长洲、丹徒等县改折漕粮有差。无漕粮者，停征租一年。
十月甲辰，户部复：“河道都御史翁大立、都给事中刘继文、御史王友贤等奏，请令淮安、扬州二府所属州、县及徐州属县改折漕粮，各以被灾轻重为多寡。仍各酌量免其存留者，兑运每石七钱，改兑六钱。嘉靖四十五年以前带征并隆庆二年以前应征者暂停，以俟丰岁。其淮安、高邮、徐州、仪真、扬州等卫，海州、泰州二所，亦视灾伤重轻，改折屯粮。”诏如议行。辛亥，以水灾，免征淮安、扬州二府及徐州铁、麻料价银一年。丙辰，两淮巡盐御史李学诗以盐场水灾，请扣留商人正盐纳银每引一分及挑河银二万两，赈恤灶丁。从之。丙寅，户部复：“御史王友贤奏请除豁高淳、溧水二县寄养磨乳犍母牛，以苏被灾之民。”从之。
十一月戊子，裁革溧阳县上兴埠巡检司巡检一员。辛卯，诏免应天等府今年芦课之半。以南京工部奏也。乙未，以苏州、松江、常州三府水灾，诏改折额解禄米仓粮一年。
十二月辛丑，诏以淮、扬二府及徐州兑运改兑粮，俱征解折色。仍留两淮盐课银二万两，淮、扬船税银三季，以赈饥民。从抚臣赵孔昭请也。庚申，以水灾，改折松江府华亭县漕粮十分之五，存留蠲免亦如之。戊辰，以灾伤，诏免淮安府、徐州、高邮州岁征追补民壮军银三万四千四百余两。从操江都御史吴时来奏也。
四年正月己巳，命总督京营戎政、镇远侯顾寰挂印充总兵官，提督漕运，镇守淮安。丙子，南京提督操江都御史吴时来言：“新江口营水操官军内，有建阳、新安、镇江三卫，请各分为两班，一班京操，一班防汛，而量减操军行粮，归之南京户部。”报可。
三月庚寅，巡按直隶监察御史李绍先言：“江洋群盗四起，杀掠泰兴县等处，皆徐、沛、通、泰间被水饥民及江南所散遣浙、福水兵，相引为非，滋蔓可虑。乞饬守臣多方抚剿，以安地方。”上可其奏，诏各该巡抚严督兵备等官，克期荡平，毋容怠误。壬辰，裁苹总督南京粮储都御史，以其事属之南京户部侍郎，仍设巡仓御史一员佐之。丁酉，直隶巡按御史张问明，奏留苏、松、常、镇四府罚赎银一万两，济河工用兼赈饥民。许之。
四月甲子，总理河道都御史翁大立奏：“高邮等处，河堤剥蚀。请将徐州仓现贮截留漕粮二万六千余石，移置淮南，召集饥民修筑。”从之。
五月辛巳，裁革高淳县主簿、淮安府治农通判、扬州府管马通判。乙酉，诏以漕运各总过江、过湖脚银之奇羡者，解贮淮安府库，为军船置办什物之用。每船给以四两，如再有余，则以助修船之费。仍著为令。己丑，升南京都察院右都御史刘自强为南京户部尚书。
七月戊辰，户部寿：“两京十三省，积逋京库银至二百万，苏州、松江、常州三府为甚。请行催解。”得旨：“切责有司勿怠玩，令户部移文抚按，如期征解，有延缓者以名闻。”丁丑，起用南京刑部尚书黄光昇。以衰病疏辞，不允。
八月丁酉，升南京都察院右都御史曹亨为南京工部尚书。
九月己巳，改南京吏部尚书吴嵌为南京兵部尚书，参赞