。上年漕粮折银，仍令起解。今年已征在官者起运，未征者姑俟秋成如数带征。其官军俸粮，当以盐银一万二千两给之。”诏如拟。甲子，添设金山参将一员，分守直隶苏、松等处，防海备倭。庚午，南京兵科给事中贺泾奏：“上年倭寇突犯浙东，未遭挫衄。今岁勾煽丑类，连艘内讧，以浙省防御渐密，乃泊守宝山，进窥苏、湖等郡。窃惟留都根本重地，海洋密迩。镇江京口，乃江淮咽喉，瓜埠、仪真又漕运门户。今贼势披猖，防制疏略，万一黠寇匪茹，横掠而西，将致根本震动，运道艰阻，为害非浅。矧今西北疲于边烽，而疮痍未苏，中原困于饥馑，而萑苻不靖。其财赋供亿，所仰给者，唯东南数郡已尔，复被寇燹，若此真可寒心。臣考嘉靖八年、十九等年，皆因海寇窃发，添设总兵官驻扎镇江，事平面罢。今请暂设此官，俾整饬上下江洋，总制淮海并辖苏、松诸郡，庶事权归一，缓急有赖。”南京广西道御史汪克用亦以为言。兵部复：“总兵官如议添设，令驻扎金山卫节制将领，镇守沿海地方，调募江南北徐、邳等处官、民兵，以充战守。其操江都御史敕内，未载海防，并当增易。”上命：“暂设副总兵一员，提督海防。应用兵粮，巡抚并操江官协议以闻。操江都御史敕书不必更换。余如所议。”已，乃命分守福、兴、漳、泉参将汤克宽充海防副总兵，提督金山等处。
六月壬午，谪总督漕运兼巡抚凤阳都御史连于外任，坐地方灾盗，匿不以闻故也。乙酉，改赈济淮、徐刑部左侍郎吴鹏为兵部左侍郎兼都察院右副都御史、总督漕运兼巡抚凤阳。壬辰，巡抚应天都御史彭黯、巡按御史陶承学等言：“寇势日炽，非江南脆弱之兵，承平纨袴之将所可办者。请得以便宜调山东、福建等处劲兵，及敕巡视浙江都御史王忬督发兵船，犄角攻剿。”疏下，兵部复：“山东陆兵不娴水斗、福建海沧月港亦在戒严，岂能分兵外援。宜令黯等就近调处州坑兵一二千名，仍随宜募所属滨海郡县义勇、乡夫，分布防御。并请命王忬互相应援，其应用兵船、粮饷、器械、火药，许征发在所支用。”署南京兵部事、尚书孙应奎亦言：“倭夷劫掠，渐近留都。沿江津隘，已议调官军防守。应用甲仗、粮刍，乞命南京户、工二部给发。”上俱允之。
七月戊申，巡抚应天都御史彭黯以倭寇出境，浮海东遁来闻。寇自闰三月中登岸，至六月中始旋，留内地凡三月。若太仓、嘉定诸州县，金山诸卫所皆被焚掠，上海县、昌国卫、南汇、吴淞江、乍浦、螓屿诸所皆为攻陷，崇明、华亭、青浦等县乡镇，焚荡略尽。向来所称江南繁盛安乐之区，骚然多故矣。甲子，史褒善为南京都察院右佥都御史、提督操江。
八月丁丑，起服阕户部尚书张经为南京户部尚书。
九月癸丑，总理粮储、巡抚应天都御史彭黯以江南连年倭寇，兵饷不给。乞暂留布匹、船料、事例、折粮民壮、弓兵银以济军饷。又言：“太仓、上海、嘉定被患特甚，宜破格优恤抚属。兑军粮米，每于年终征完俟兑，而运船多至次年三四月始至水次。时海潮风汛，事变可虞，乞敕漕运都御史将减存未运现在粮船，先拨于上海、嘉定、昆山、常熟，江阴、丹徒诸处，于年终兑载。”章下户部，言：“布匹、船料、事例、折粮银，皆内府太仓急需，非所敢议。惟去年巡按御史徐洛籍报，苏、松、常、镇四府实在银二十八万两有奇，可备军饷。其优恤太仓、嘉定、上海，及漕运兑载事宜，请如黯议。”报可。甲子，以灾饥，诏免淮、扬二府所属州、县及各卫，所税粮有差。仍敕有司出赎金贩济。增设分守直隶通、泰等处参将一员。辛未，倭贼百余，由华亭县漴缺登岸，流劫戚水泾、金山卫等处。自六月中，倭大举东遁，江南稍宁。惟崇明南沙泊失风寇几三百人，舟坏不能去。总兵汤克宽、佥事任环列兵守之，月久未克。至是寇警又作，远近震恐。
十月癸未，南京修理皇城兴工。戊子，漴缺倭移舟泊宝山。总兵汤克宽引舟师追击之，及于高家嘴，毁其舟，斩首七十三级，生擒十四人。壬辰，海倭三百余人，突犯上海县，太仓州等处，复入常熟县福山港。知县王铁率民兵御之，寇乃引去。丁酉，改南京户部尚书张经为南京兵部尚书，参赞机务。
十一月癸卯，升南京都察院右都御史周延为南京吏部尚书。乙巳，前犯常熟倭，复由上海七灶洪登岸，流劫三林庄、南汇所、吴淞江所及嘉定县地方，至十九日始去。戊申，改南京工部尚书孙应奎为南京户部尚书。丙辰，升总理粮储、巡抚应天、兵部左侍郎彭黯为南京工部尚书。辛酉，升江西右布政使方任为都察院右副都御史、总理粮储、巡抚应天。
十二月庚辰，改刑部右侍郎郑晓为兵部右侍郎兼都察院右佥都御史、总督漕运、巡抚凤阳等处。甲申，应天巡抚都御史彭黯、巡按御史孙慎以苏、松、常、镇四府近遭倭患，居民流徙，请蠲太仓州京库银三万六千二百两有奇，嘉定县京库银八千四百两有奇，上海县京库银五万八千九百两有奇。其余四府所属州县积逋二十七年至三十一年钱粮，皆停征。又言南方卫所沿边者戍，腹里者