溧水、高淳六县灾伤，五年起运改兑无征正米二万八千石，准以贮库赃罚、赎罪、补折起解，每石银五钱。南京各卫仓，长安等四门仓，无征米四万六千七百石，候秋成带征。从巡抚副都御史罗鉴奏也。
十一月乙亥，流贼杨虎破宿迁县，淮安知府刘祥御之小河口，军败，为所执。既而纵归。
十二月，升福建布政司左布政使王绩为南京都察院右副都御史，巡抚苏、松等处，总理粮储。
七年二月乙未，升太仆寺少卿张淳为应天府府尹。
四月庚辰，改致仕吏部尚书刘机为南京兵部尚书，参赞机务。甲申，以水灾免淮安府税粮十六万石，草四十万束。
五月丙午，南京御史许洪宥言：临清、济宁、徐州一带，军民往来曳船甚苦，乞将南京各监，局并在外年例、进贡等项斟酌停止。章下所司知之。
十二月甲子，以旱灾免苏、松、常、镇四府并镇江等卫秋粮有差。
八年正月乙未，以旱灾免徐州等州、县粮草有差。
四月辛酉，以天气暄热，谕南京法司，狱囚笞罪无干证者并释之；徒流以下，减等发遣；重囚情可矜疑并枷号者，俱录状以请。
八月丁酉，以水灾减苏、松等府并所属州、县存留税粮有差。戊戌，南京管理操江、怀宁侯孙应爵奏：“新江口原设操军万一千六百五人，战船、巡船三百四十艘。今操者止七千人，船损坏过半，盔甲之类，亦皆不敷。屡移文内外守备衙门，拨造给领，皆为所遏。又将管操指挥周大伦等取回杂差，占吝不发。臣奉敕谕，凡事与守备，参赞、内外官员共议而行。今事多掣肘，且臣有宿疾，实不胜任，乞罢还。”兵部复奏：“内外守备与操江官，当思协恭共济之义，不可以小嫌致误大事。宜循旧规，其操江军缺者，请以科，道各一人，会守备官选补。船损坏者，南京工部修造。仍令南京法司，今后官军犯罪、立功瞭哨、带俸差操者，俱拟发新江口操备。其余杂差，毋得拨取。大伦等宜逮治。”诏：“操江重事，其令南京科、道会操江官选补。大伦等姑宥之。再犯者必罪，仍调外卫。内外守备及操江等官，务循旧规，协和行事，余如议。”既而，守备太监黄伟等复奏：“应爵及操江都御史张津为指挥赵山所诱，欲事纷更，语侵臣等。”诏：“责应爵及津，令自陈状，山下南京法司逮问。”
九年正月庚辰，罢应天府府丞尹梅，以南京科道官劾其贪污不职也。
三月壬辰，命镇江卫指挥同知孔涌守备仪真。
四月丁酉，改南京吏部尚书张澯为南京兵部尚书、参赞机务。辛亥，升南京都察院右都御史戈瑄为南京刑部尚书，改南京刑部尚书孙需为南京吏部尚书。
七月乙丑，工部复：“应天府府尹白圻奏，上元、江宁人匠逃故者二干一百八十余名，概由坊民陪纳月钱，宜令原籍解补。年远户绝，则以承佃本户田产之家者抵充，无田产则以各衙门近年招入匠役扣补，且言所司冒支原额衣粮，月数千石，宜逮问。”从之。
八月戊午，以灾伤免应天府所属上元等八县税粮有差。
九月癸亥，以旱灾免淮、扬等府、州、卫、所夏税有差。戊寅，兵部议复：“南京兵部尚书张澯所陈机务：一、外守备厅用审事千、百户二人，以听词讼，招权纳贿，虽已革罢，仍乞降旨著为令；一、每年内外守备等官，会同看操，止春秋一次。其余付之把总，告期呈数而已。请每月一再至或旬月连至一营，以较勤惰；一、由票清查差役，军士便之，守备衙门屡次奏革，以滋多弊，乞仍旧例，差官清拨给照；一、正统、天顺间，内官守龙江关者三人，守皇城、都城者二人，内府并甲字库二人，近各增至十余人，政弊民劳，乞裁革；一、南京各卫编佥快船，小甲贫苦不堪，而富者多投补牺牲所，以图影射。宜照旧额，其近年投补者革之。”诏：“现在守关、守门及管库官员，且不动。以后员缺，如正统、天顺间例勿补。由票仍令内外守备与参赞官会议以闻。余如议。”
十一月丙子，裁革整饬苏、松等处兵备副使，从巡抚都御史王缜等奏也。癸未，改服阕南京兵部尚书柴异为南京工部尚书。
十二月丙午，升赏各处擒斩流贼并阵亡官军、淮安等处地方老人王度等一千五人各有差。
十年二月辛卯，以灾伤免徐州正德九年秋粮有差。
三月丁丑，以署都指挥佥事张奎总督直隶扬州等备寇。癸未，监察御史徐盈劾奏丁忧都御史王缜，巡抚苏、松，闻母丧不即奔赴，乃于行台受吊赙，乞罢黜。吏部议复：“缜历任无失，且以母丧即日驰归，盈之言，恐出风闻。”缜寻亦奏辩，事遂寝。
闰四月庚申，免两盐运司余西等场各额盐三万一千八百九十四引有奇，以被海潮漂溺故也。
五月戊子，改南京礼部尚书乔宇为南京兵部尚书，参赞机务。