既经分省，亦不能不次第举办。台地防营，除裁撤外，尚存三十五营，分防沿海二千余里，势难再减。臣等悉心筹划，拟由闽海关本年照旧协银二十万两，经臣铭传咨请福州将军古尼音布嗣后由厦关径拨解台。其闽省各库局，无论如何为难，每年按限协银二十四万两，陆续筹解。并请旨饬下粤海、江海、浙海、九江、江汉五关每年协银三十六万两，共成八十万两，以五年为度。统计闽省及闽海关所协四十四万，合之台内岁入百万两，专为防军月饷之需。其五关每岁各协银七万余两，尚属轻而易举；而台事稍得藉手，庶不致尽托空言。仍求朝廷宽以时日，容臣铭传次第举办。现已奏明清理田赋，并随地随事力求整饬，变私为公。如三、五年后能照部议，以台地自有之财供台地之用，即当奏请停止协款。
九月，刘铭传奏：台湾产樟脑、硫磺两项，民间私煮私售，每多械争滋事。经内阁学士臣林维源、道员林朝栋等筹商收归官办，以助抚番经费。臣查硫磺一项，历由已革浙江候补知府通商委员李彤恩兼办，饬令该委员会同候补知府丁达意将樟脑、硫磺筹议办理章程，以收自然之利。据李彤恩等禀称：樟脑一项，近来日本出产甚多，香港脑价日落；若归官办，每石可获利二、三元，台产每年可出樟脑万石。硫磺，台产最佳，经前两江督臣沈葆桢奏请开禁，采备官用，历年办有旧章；每石成本洋一元，官买每石价洋三元，每年出产六、七千石，上等硫磺每年约出千石，均解归官用。其次积聚三千余石，官既不用，商禁未开，不能出口；日久愈积愈多，不独糜费、弃置可惜，且香港年销硫磺至万余石，运至江南、天津一带熏炙葵扇、草帽，蒸炊饽饽，制造爆竹，销路甚广。台湾磺产甚佳，奸民私煮，私运出口，不一而足。以自采之磺，禁不出口；既听日本畅销，又不能禁止奸民私煮。若设法经理，虽获利无多，于抚番经费不无少补等情前来。臣查台湾樟脑、硫磺两项，每年可获利三万余元；以后若能出产多、销路畅，经理得人，日渐推广，实于国计民生两有裨益。相应请旨一体开禁，以畅销路，而免堆积。允之。
十三年（一八八七）二月，以邵友濂为福建台湾布政使（以上东华录）。
四月，李鸿章有议覆醇亲王台湾铁路借款函，略云：查台湾筹办海防、开扩商务，必以兴修铁路为根基。光绪初年，丁雨生早有此议，而未果行。兹省三招商集议，幸有成局；殿下主持大计，自应乐观厥成。核其所拟章程，系由商人借本百万，俟车路造成，在于所收脚价内分年偿还本利；此固外洋恒有之事。议息周年六厘，虽较津借德债利息稍重，而台路成后，货物出产，转运必多，获利亦必较厚；息从路出，似尚无妨。且闻该官商已与洋行定议，亦难再令核减。至所请林学士专折奏事一节，自因该学士殷实正派，为商民所信服；但止可责令督饬商人委员认真筹办，勿任滋弊失信，省三必当综其纲要；应如钧谕，仍由台湾巡抚领衔会奏为妥（海军函稿）。
六月，予故台湾副将张东麓等二十八人照军营病故例，从优议恤。
八月，福建台湾水底电线成（以上东华录）。
台湾巡抚刘铭传奏：改设事宜，拟照前抚岑毓英原议，分彰化东北之境设首府曰台湾府，附郭首县曰台湾县。将原有之台湾府、县，改为台南府、安平县。嘉义之东、彰化之南，自浊水溪始、石圭溪止，添设一县曰云林县。新竹西南各境添设一县曰苗栗县。合原有之彰化县及埔里社通判四县一厅，均隶台湾府属。其鹿港同知一缺，应即撤裁。淡水东北四保之地，拨归基隆厅管辖，将原设通判改为抚民理事同知。后山形势，北以苏澳为总隘、南以卑南为要区，控扼中权，厥惟水尾，拟添设直隶州知州一员曰台东直隶州；左界宜兰、右界恒春，计长五百里，宽三四十里、十余里不等，仍隶于台湾兵备道。其卑南厅旧拟改设直隶州同知一员，水尾迤北为花莲港所垦熟田约数千亩，拟添设直隶州判一员，常川驻扎，均隶台东直隶州。
初，章高元自拔埔社开至丹社岭，造路一百二十二里；张兆连自水尾开至丹社岭，造路六十里。峭壁深溪，自冬及春，悬崖伐木，一律告竣。兆连复招后山二百十八社、高元抚前山二百六十社，都八万八千人，可垦田园数十万亩。遂颁宪书、设条教，薙发，立社长束之。五、六月间，疫疠大作，守隘勇丁避疫山外，山番被疫尤重。其俗：杀人禳灾；于是北道大埧诸番复肆杀，竿其头于门。诸将请讨。八月，暑气稍退，提督李定明以四营随林维源就近剿办。九月，维源率将讨平之。而中路里冷白茆复肆杀，林朝栋、朱焕明并往讨之；连战二十日，军且殆，卒攻其穴，迭败之。番埋石誓天不反，乃归。
十月，刘铭传奏台湾水师员缺并武职补署章程：台湾绿营额设水陆十八营：水师七营、陆路十一营，共额兵一万四千余人。自同治八年左宗棠奏准裁兵加饷后，存兵七千七百余人。光绪三年，丁日昌复请汰弱留强，暂停募补。截至光绪八年，经台湾镇总兵吴光亮续裁，实存兵数四千五百余人，年支饷银十七万余两。统计水陆现存兵额内，水师