千、船四百（一作六百）艘，会提督合兵进剿。六月一日师行，满保躬造海滨送之。廷珍意气激昂，从容语总督曰：『草寇不足烦区处，某一登彼岸，即可奏报荡平也』。初十日，抵澎湖，适降将吴良受一贵命谋取澎湖，赴世骠营前诈降。事觉讯之，尽吐党中情形，知其党内乱，一贵、君英互争雄长，谋相攻，百姓不附。廷珍言于世骠曰：『群盗皆乌合不足忧。但众至三十万，诛之不胜诛，且多杀无益；宜张示止歼渠魁，余勿问。则人人有生之乐、无死之心，可不血刃平也』。世骠然之，并戒将士登岸之日无得妄杀。十三日发澎湖，以守备林亮、千总董方为前锋，并率善水者十余驾小舟同前锋先行，于鹿耳门表记沙路，并载旗帜伏南北港。时贼以大炮扼险迎拒。十六日，舟师至鹿耳门外，先锋林亮、董芳以六舟冒死直进，遥望炮台火药累积；专以炮注攻，中之，轰发如雷，守台者死无数。众军齐集两港，悉树大军旗帜；潮水涨高八尺，廷珍率四百余艘连樯并进，直渡鲲身。敌将苏天威退保安平镇，与城守郑定瑞列队迎拒。林亮、董芳复先登陷阵，廷珍督大队继之，苏、郑败走，廷珍入镇城。次日，世骠始至。敌二次来犯，皆为廷珍击退。十八日，游击魏天锡等以轻舟载鎗炮、硝磺、烈焰于涂击埕、水仔尾等处烧贼巨舰。十九日，朱一贵遣李勇、吴外等率贼数万，驾牛车列盾为阵，复犯安平，贼目翁飞虎率所部乌龙旗冒炮火冲突。廷珍督战于二鲲身，而林亮等别以小舟载炮附岸夹攻，斩溺无算。自是，一贵等退入府治不敢出。有西港民某愿导兵由西港暗渡，出府治之背攻其巢；世骠遣亮、芳等以兵千二百往。次日，廷珍知其事，乃急言于世骠曰：『西港距府不远，呼召立应，又多竹林可埋伏；彼若以数千人分布要害，四面掩击，亮等一军危矣。宜遣将统大军继其后，方可万全』。世骠曰：『谁当此者』？廷珍曰：『非他人所能往，某不敢辞』。二十一日，率水师五千五百余，夜指西港进发。黎明在竿寮（一作官寮）乡登岸，令空舟悉回安平。诸将请其故，廷珍曰：『示军士必死无还心，今日战胜、明日直抵府治耳』。会敌在苏厝田，与林亮等正激战，廷珍严阵设伏而进。敌望见曰：『此老蓝旗帜也』！惊而溃。是夜，驻犁头标，料敌众必乘夜劫营，伏兵大败之。比晓抵城下，敌数万遁去。廷珍夜入城，秋毫无犯，民大悦；时二十三日也。自进兵至此，裁七日耳，遂复府治。廷珍报捷厦门，而世骠先于军中奏捷矣。世骠亦同抵城，获杀害欧阳凯、许云、罗万仓之杨泰、黄龙、陈碧三人，各付其子欧阳敏、许方度、罗世正等自行处死。
闰六月，总兵官蓝廷珍复分遣官兵扩清南北二路。游击刘得紫亦自贼中拔归大营，请为乡导；淡水营守备陈策率援淡水之兵南下诸罗，与大军合。北路贼党溃散殆尽。朱一贵走匿诸罗县尾沟庄（一作湾里溪），为村民擒献。惟逆党杜君英、杜会三（君英子）、陈福寿、江国论等尚未获；廷珍购得一二，皆善待之，使转招其党。旬日，先后出降，与朱一贵皆槛送京师，磔死。又缉捕盐水港、红毛寮、石壁寮、下淡水、竹仔脚等处土匪，分别正法，人心大定。其败逃之游击周应龙及弃台逃回之台厦道梁文煊、同知王礼、台湾知县吴观棫，诸罗知县朱夔俱讯明伏法。知府王珍剖棺枭示；游击张彦贤等亦解任，审明定拟。先是，朝廷得世骠捷奏，大喜，赐东珠朝帽、黄带四团龙补服；又擢淡水营守备陈策为台湾镇总兵，加左都督蓝廷珍仍总兵，留台湾弹压（以上平台纪略、圣武记、皇朝武功纪盛、二希堂文集、东溟文后集、台湾志略、清史纪事本末）。
七月，福建巡抚吕犹龙奏报：总督觉罗满保丁母忧。得旨：台湾新经恢复，一切整顿地方及调补官员等事急需料理，满保着在任守制。
水师提督施世骠奏：台湾所属南北两路地方，距府治遥远；臣抵台湾，随调参将林政等带兵进剿南路，游击林秀等带兵进征北路，再遣游击朱文等直趋北路朱罗山后追捕贼党。今据林政等报，南路贼众与台湾耕种粤民构难，于六月十九日在漫庄地方被粤民杀败。迨官军继至，乘势追捕，贼目郑廷瑞等已被千总阮钦、杷总李兴盛等擒杀，余伙尽皆逃散。据林秀等报，北路贼众于六月二十八日在大木降地方被官兵截杀，死者甚多，余众悉降（以上东华录）。
八月十三日，台地怪风暴雨，屋瓦齐飞；风雨中流火条条，竟夜烛天。海水骤涨，所泊台港大小船击碎殆尽，或飘上平陆。拔大树，倾墙垣。翌日霁，郡无完宅，压溺者千数。以风灾奏闻，发帑开仓大赈。施世骠终夜露立风雨中，疾作，以九月十五日卒于军。事闻，给还所降之级，并加宫保。所借藩库银一万两，着赏给，不必偿还。调广东提督姚堂代其任。时廷议移台镇总兵于澎湖，而设陆地副将于府治，裁水陆两中营归内地。廷珍力争不可，提臣姚堂亦以为言。乃仍令总兵镇台、副将驻澎，特命满汉御史各一员岁巡台湾，察民疾苦（平台纪略、圣武记）。
十月，上谕大学士等：台湾驻扎之兵，不可令台湾人顶补，俱将内地之人顶补。兵之妻孥毋令带往，三年一换。每年自京派出御史一员前往台湾巡查