大纪驻守诸罗，在大里杙贼巢之南；普吉保驻守鹿仔港，在大里杙贼巢之北。若柴大纪一俟添兵到彼即率领进剿直捣贼巢，设贼匪负嵎死守，一面分布党羽从山僻小路绕出官兵后，复滋扰诸罗，则柴大纪前后受敌，退无所归；不可不虑。前经有旨谕令蓝元枚一到鹿仔港，祗须会同柴大纪、普吉保整顿兵力，作为进攻大里杙，以牵缀贼势，无庸急于进兵；想常青已见及此矣。此时柴大纪即有常青续拨官兵来到诸罗，仍应固守该处，或会同普吉保先将南北通衢斗六门、大武陇等处之占踞贼匪剿除廓清。总俟常青统领大兵到时，合力直捣贼巢，无难一举集事；不可冒昧轻进，置诸罗于不顾。现在审讯贼伙林家齐，有「贼首林爽文事势穷蹙，欲逃往内山」之语；虽混供不足凭信，但贼匪将来势穷力竭，明知一经官兵擒获、万无生理，或窜入内山勾结生番，希图苟延残喘，亦事理所有。生番伏处内山，性同禽兽，未必通晓礼义；但利害或知趋避。常青即可先趁此时悬立赏格，令其缚献首伙各犯，即给以花红布匹；生番贪图货利，自必踊跃乐从。并广行出示，开诚晓谕该生番：以贼匪数千人窜入尔境，必将占踞尔之地界、侵夺尔之牲畜，日久受其扰累；若能擒获献出，即可得受恩赏、又可免贼人侵害。如此令明白通事剀切宣谕，生番自为生计贪图利便，自不致容留藏匿。常青仍应拣派奋勇能事将领，带兵于通内地各要隘处所严密防堵，将来进兵时四路截拏，更可一鼓歼擒，搜捕净尽。至凤山溃回兵丁，常青处前后有一千一百余名、柴大纪处又称有溃回兵五百余名，想系在凤山败逃之数。该兵丁等逃后，如敢去而从贼，查获后自当即行骈诛。今竟尚知大义，自行投到，随同官兵打仗出力，尚有一线可原；自可贷以一死，令其戴罪图功。至副将徐鼎士所禀被百姓留于艋舺剿捕贼匪之处，是否确实？统俟事竣后查明；如有捏饰，再行参处』。
十七日（癸未），谕：『昨据柴大纪奏：将刘钦等三名正法示众；又有强取民物之兵丁陈恩成审明正法，衣物给还原主。所办俱属公当严明，已将该镇交部议叙矣。武职大员如或心存私见，于所属弁兵有需索不遂及挟嫌专戮情事，不但当革职治罪，即予以抵偿亦所应得。若行军之际，纪律贵在严明；绿营恶习最为可恶，平时则强取民物、临阵则恇怯退回，此而不诛，其何以昭军令而肃戎行！柴大纪深明纪律，将临阵退缩之弁兵立正典刑并将私取民家衣服之兵丁亦按军法从事，是以将弁兵丁共知儆惧，用命争先，得以屡次克捷；而郝壮猷驻守凤山，不惟不能如柴大纪之策励士卒抵御贼匪，且畏怯幸生、从而逃回，是以身伏刑诛。朕于军务从来信赏必罚，其奋勇出力者必从优甄录，而畏葸退缩者亦必重治示惩。国家累洽重熙，兵可百年不用，不可一日无备；前于甘省剿捕逆回蒇事后，曾命军机大臣会同该部将行军纪律择其紧要数条，颁发各营操演讲习，乃尚有郝壮猷等之畏葸偷生者。着将柴大纪用法严明、得邀奖叙，郝壮猷怯懦逃回、按律正法之处补行载入，通行训谕各营伍。俾专阃大员晓然于敌忾大义，共矢荩忱；而将备兵丁人人有勇知方，恪遵军纪，尽成劲旅：以副朕整饬戎行、谆切告诫之至意』。
二十日（丙戌），予福建因公出洋遭风淹毙之游击林朝绅、守备王泽浩、把总陈开桂、外委洪海、沈赞武、周明、黄正栋及兵丁陈闻等二十一名分别祭葬、荫恤如例。
二十四日（庚寅），湖广总督、仍办台湾军务将军常青奏：『台湾贼匪丑类众多，自府城十里之外村庄已被盘踞』；又署福建陆路提督柴大纪奏：『四月十六日，贼匪万余来攻诸罗』各情形。谕军机大臣等：『看来南路贼匪蜂屯蚁聚，势尚蔓延。常青发折时，只有粤兵四千名，于进剿事宜似不敷用。计此时恒瑞所带满兵一千名及李侍尧奏拨浙江兵一千名早抵台湾，兵力益厚，军威愈壮；常青、恒瑞亲督率前赴南路跟踪搜剿、廓清后路，并拣派得力将备于贼匪出没各要隘驻兵守御，防其绕出来犯凤山、郡城之路，最为紧要。至贼匪日积日多，蔓延滋扰，皆无藉贫民迫胁从贼；一将林爽文擒获，自必纷纷溃散。至乡勇、义民随同官兵昼夜防范、奋勇杀贼，实属可嘉！其阵亡受伤者，前经降旨照兵丁之例加倍恤赏。本日柴大纪折内有武举陈宗器、黄奠邦等率领义民，奋勇杀贼；此等武举、义民非弁兵可比，能打仗出力，更应格外优奖。着即查明将陈宗器等拔补千总等官，以示鼓励；其有奋勇出众者，即超擢守备亦无不可。并着常青一体查明义民向有实在出力者，必须迅速嘉奖，破格拔擢；庶伊等共知奖劝，用命争先，于剿捕更为得力。其署诸罗县知县陈良翼，堵御贼匪，甚属奋勉；即着实授』。
二十五日（辛卯），谕〔军机大臣等〕：『凡用兵以巴图鲁名号为荣；现在调集多兵剿办台湾逆匪，其节次奋勉出力人等即赏给巴图鲁名号，以示鼓励。着交常青将此旨通行晓谕，使众心益知踊跃。再，前此有如柴大纪之实在奋勉者，并确查二、三人，遇便奏闻赏给』。
二十七日（癸巳），谕：『据柴大纪奏：「四月二十一、二十三、二十七等日，贼首林爽文潜聚伙党分路侵扰诸罗县城