甫经平定，一切善后事宜均须次第筹办。该地方积习疲玩，营伍废弛，必须专阃大员实力整顿，时刻留心防范，方可为长治久安之策。该镇张琴由四川调往，伊抵任时程祖洛尚未内渡，曾督饬该镇履勘；其能胜任与否，谅已得其大概。仍当随时察看，究竟能否胜任，据实覆奏，不可稍有将就。将此密谕知之』。
十六日（壬午），调福建布政使花杰为广西布政使、广西布政使郑祖琛为福建布政使。
二十三日（己丑），先是，闽浙总督程祖洛奏「台湾善后事宜」二十条；得旨：『军机大臣会同该部议奏』。至是，奏上：『一、禁偷渡，以杜盗源。嗣后渡台民人，照例由地方官给票验放。台、内管口厅员验收，私给照票者，照知情卖放例革职；口员照内地例参处。一、行清庄，以除盗薮。查台湾清庄章程与保甲略同，兼寓团练之意。嗣后每年秋收后，由台湾镇、道委员编查一次。一、严连坐，以杜包庇。清庄后如有来历不明、为匪犯法之人，该总董、庄耆、保甲、邻右并不随时捆解，发觉到官，一并连坐。一、禁搬徙，以免窥伺。台湾人情浮动，奸徒凭空造谣，闻者纷纷迁徙。嗣后如有此等情事，先将该总董等枷号示众，再严拏造谣之人，照例治罪。一、实力化导，以挽颓风。嗣后责令台湾镇、道、府、厅、县及驻防乡镇之县丞、巡检等官，每逢朔望，传集衿耆，敬谨宣讲「圣谕广训」；并责成各学教官，于农隙时周历稽查训蒙之人，是否皆堪为后生矜式？明示奖罚。一、修建城墙、竹围、炮台，增设月城、兵房，以资捍卫。请于台湾府城之西北以讫西南扩一外城，将西门外市集民居悉行围绕在内，择要建造炮台；并于各城门添筑月城，城上各垛增盖兵房。其沿海地势低洼之处，开穵濠沟，栽种莿竹为城。其嘉义县城垣、炮台，亦应分别修筑。一、划匀台湾、嘉义二县疆界，以资维制。请将嘉义县新港溪迤北至湾里溪二十余里西极海滨、东竟番界，划归台湾县管辖；所有户口、钱粮、邮驿应行改拨之处，俟该督妥议，分别核办。一、酌议裁改汛防，以资巡查弹压。请拨原防加溜湾汛外委一员兵六名、大武垄汛兵十七名、旧社汛兵四名，以二十名随同外委一员饬驻萧垄，为萧垄汛；七名驻西港仔，归萧垄汛外委管辖。拨原防旧社汛外委一员并城守营兵二十名驻茅港尾汛，移猫雾捒汛千总一员、兵八十五名驻葫芦墩。葫芦墩汛外委一员、兵四十名驻大墩，改为大墩汛；拨大安口汛外委一员并大甲塘兵二十名驻吞霄，为吞霄汛；移下淡水营随防把总一员、存营兵六十九名驻阿缑，为阿缑汛。拨南路营存城把总一员、石井汛兵二十名驻阿里港，拨下淡水营随防额外外委一员、东汛兵十五名、新园汛兵五名驻九块厝，归阿里港汛管辖。改枋寮汛归南路营守备管辖，并拨兵二十名；移原设枋寮汛外委一员兵三十名、再拨新园汛兵十名，驻潮州庄，为潮州庄汛。其改铸移驻各员弁关防、条记及移建衙署、兵房等项，由该督分别题咨核办。一、修筑土堡、衙署、兵房，以资戍守。请于扼要汛地添筑土堡，将衙署兵房围绕在内。一、练习技艺，以臻熟谙。请责成各营千总等弁就所管兵丁各按所习技艺，分日轮操，每半月由专管将领亲考一次，送该镇抽调考验。一、按期会哨，以资巡缉。请责成各汛弁于两汛交界处，无分风雨寒暑，五日会哨一次。一、驻防汛弁，不准任意更调。倘实在人地未宜，由该镇详报该督批准，方准调防；违者照移驻规避参处。一、酌更营弁调补内地章程。调台各弁，实在训练有方、缉捕勤能者，于三年期满时，准该镇、道禀请留台。其循分供职各弁，三年调回；择其才技尚堪造就者补缺；其次降等补用；再次斥革。其各弁升补班次，千总、把总期满，论俸请升；如无期满留台之员，由内地调补。一、酌减台募兵数，以资约束。请嗣后台募兵丁，召募土著入伍，不得过二十分之一；其缉捕得力，量予甄拔者亦不得过二十分之一。一、校考班兵，以杜顶冒。嗣后班兵到口，由督、抚、提督按名阅看技艺，察出顶冒情弊、查系该营派拨者，将原派员弁斥革；如中途更换，将带领员弁究革。一、选制军器，以收实用。嗣后责成水师提督于将备中择其熟谙可靠者，委令监造。一、清厘屯务，以示体恤而资调遣。嗣后春秋二季，由理番同知会同地方官周历各屯，按名散放屯饷；仍将放过银数，造册详报该督。一、整复隘口，以杜勾番滋事。查台湾近年有不法奸民学习番语，偷越定界，散发改装谋娶番女，名为「番割」。请嗣后拏获番割，除实犯死罪外，但讯有散发改装情事，分别充军；无散发改装情事，杖一百、徒三年：交刑部纂入则例。一、严硝磺之禁，以杜私益。奸民私煎硝磺，无论已未兴贩，照附近苗疆五百里以内煎穵窝顿兴贩硝磺例，分别杖、徒、充军。三百斤以上及合成火药十斤以上者，照私铸红衣大小炮位例处斩，妻子缘坐，财产入官。与生番交易货物及偷漏出海者，均以通贼论。知情不举者连坐。先察各官，比照议处：交刑部纂入则例。一、严申铁禁，以防偷漏。私贩偷运，应将内地口员讯明是否故纵，分别革职治罪。贩卖接运之人，从重究治；班兵夹带，加等问拟。其原有铁店二十七户，悉移府、厅、县