加阁部督师衔以宠之。李自成为九宫山民所诛，楚督何腾蛟收降其党李锦等，皆加总兵官，赐名忠贞营，为御营先锋；而内制于郑氏，不能出关与之相应援也。初，上优礼郑氏，以闽事属之。芝龙有长子森，入见，上奇其表，赐姓曰「朱成功」，命提督禁旅，照驸马都尉体统行事。芝龙议战守事宜，自仙霞关外当守者一百余处，守兵、战兵略计二十万，合闽、粤饷不支一年；仍请于两税内米一石预借银一两，遣侍郎科道征发。吏部主事王兆熊兼御史督义饷急迫，不输者，榜其门「不义」，于是闾里骚然矣。芝龙又请清理寺田，可得饷八十万；上不听。户部侍郎李长蒨请开事例，从之。设储贤馆，定十二科取士，以苏观生领之。既而招徕者多狭邪之士，上亦厌之而罢。上以盗贼之兴，皆以贪吏，欲以高皇帝之法惩之。建阳知县施■〈火豦〉，以贪酷被劾，特敕诛之，辅臣申救不听。上赐宴大臣，芝龙自以侯，欲位首辅上；黄道周以祖制武职无班文官右者争之，终先道周，芝龙怏怏不悦。道周乃自请出关，号召义旅图恢复；上许之。请兵、饷，芝龙皆不应，仅给羸卒千人，赍一月饷。七月辛未，道周率以行。八月乙酉，颁祖训五十七条本于阁部科道，大学士林欲楫率诸臣表谢。庚寅，命肃卤伯黄斌卿出镇舟山。命吴江诸生孙久中赍手敕召淮抚路振飞，录旧恩也。壬辰，册曾妃为皇后，赠后父曾文秀为吉水伯。癸巳，命妇朝后于太和殿。邵武知府吴炆炜、推官朱健，以敌未至，先弃城逃，下狱诛。行保甲法于天兴府。定锦衣卫军制，设中前后五所，每军百户曰一威，所八威；名曰「禁军」。时兵事皆掌于郑氏，而芝龙殊无意出关；上屡讽之，则以饷乏为辞。江、楚之迎驾者疏踵至，上以芝龙不足恃，欲入楚倚腾蛟。会前知州金堡朝于行在，劝上亲征；上大喜，立擢堡为兵科给事中。于是决计自赣入楚。甲午，类于上帝；乙未禋于太庙，丙申禡于社。丁酉，以郑鸿逵为御营左先锋出浙江、郑彩为御营右先锋出江西；驾幸西郊，行授钺礼。先期为坛，设天帝、高皇神位。上御翼善冠，诣坛所，百官陪位，武臣戎服听事。上皮弁升坛拜谒神，立于神位西南面；御先锋北面跪，兵部授钺，上东向揖之。赐饯光禄寺，授爵；御先锋跪嚼。上诫劳毕，谢恩出，率诸将士跪坛下，上甲冑誓师；乃鸣金鼓，扬旌而出。当授钺时，风雨晦冥，大风起坛上，烛皆灭，神位仆；鸿逵出城，马蹶踣地。识者以为不祥。
靖江王亨嘉僣位于桂林；九月，两广总督丁魁楚遣总兵陈邦傅擒之。封魁楚平粤伯。十月，遣兵科给事中刘中藻颁诏浙东，鲁王不受诏。自是，与浙东相左；惟方国安、朱大典二人，中立受职焉。十一月，上下诏亲征，以唐王聿钊、邓王鼎■〈土器〉监国，大学士曾樱协同芝龙守留。以吴震文为随征兵部侍郎、王观光为随征户部侍郎，皆兼吏户礼三部事；张家玉、陈履贞为随征兵科，亦兼吏户礼三科事。命曹学佺修怀宗实录，设兰台馆以处之。十二月甲申，上戎服登舟，大学士何吾驺等随行。舟次芋江五日，百姓壶浆迎者沿道；皆赍以银牌。壬寅，黄道周之师溃于婺源，被执。
丙戌，隆武二年正月乙酉朔，上在建宁，不受朝贺，以三大罪自责，百官皆戴罪从征。交趾、日本国皆遣使入贡。马士英扣关求入朝，上数其罪，谕守关官兵勿纳；士英七疏自理，终不许。监国鲁王遣柯夏卿、曹惟才来聘，上加夏卿兵部尚书、惟才光禄寺少卿，手敕谓：朕无子，王为皇太侄，同心戮力，共拜孝陵；朕有天下，终致于王。取浙东所用职官皆列朝籍，不分彼此。寻遣佥都御史陆清源解饷十万，给防江将士；清源散给不平，兵哗而遁，或曰士英使之也。以苏观生兼吏兵二部尚书、行在文渊阁大学士，出为经略；赐尚方剑，便宜行事。上亲祖于殿门，赐银印曰：「瞻奉南北山陵，安集军民文武」。召见泉州布衣蔡鼎，授为军师。二月，诏宽逆案之禁。上曰：北京陷于东林、南都亡于魏党，厥罪维均。今中兴之初，嘉与维新，其附党诸臣概予洗涤，以收后效。擢堵胤锡右副都御史，巡抚湖广。丁亥，大雨雹，闽所无也。广西有僧，自称弘光，上召九卿科道将议迎请。廷臣曰：即真弘光，甫经失国，有尊奉而无迎请。已而，有司审知其伪也，下狱诛。亨嘉俘至福京，下诸王议，废为庶人，以幽死；诛其臣顾奕、吴之琮、杨国威、张龙翼等。三月戊申朔，督师大学士黄道周殉节于南京。上闻，痛哭辍朝，赠文明伯。上将出汀州入赣，芝龙使军民数万人遮道号呼拥驾，不得行。芝龙因具表请回天舆，上不得已，驻跸延平。辛未，吉安破。郑彩弃广信，奔入关。未几，抚州亦破。初，汀、邵间有大帽山峒峦最强，屡征不服。永宁王诱之出降，以与大清兵战，屡捷，遂复抚州。大清兵围之，郑彩屯广信府，永宁王请救，其监军给事中张家玉以三营往，围暂解。已而复合，彩军溃，抚遂破。永宁王死之，峒峦亦散。报至，行在大震。上削彩职，戴罪图功。廷麟、元吉退守赣州，大清兵进攻之。四月五日万寿节，不受朝贺。命礼臣追复建文年号，立忠臣方孝儒祠。五月，琉球入贡。廷试贡生，取万荆等十二人，命为萃士，照庶吉士例，送翰林院教习。升湖广章旷为佥