禁，开之可以助国；命太监李国辅会同抚按往勘视。辛酉，命五府察明勋臣世系，方许保选，戚臣不许滥请世袭。癸亥，续封顾其谦为镇远侯。甲子，谥皇太子曰「献愍」，定王曰「哀」，永王曰「悼」。乙丑，命于苏州织造大婚冠服。丁卯，顾锡畴罢。荫方孝儒裔孙为翰林院五经博士。遣太监高启潜安抚兴平营将士。甲戌，进蔡奕琛礼部尚书文渊阁大学士。乙亥，追封皇弟由榘为颕王，谥曰「冲」。礼部请朝日，命待南郊礼成行之。丙子，更上先帝庙号曰「毅宗」；赵之龙奏：「思」非美谥，乃改。封慈爚为崇王，命驻福州府。己卯，改铸南京各衙门印，去「南京」二字。癸未，大悲弃市。鸿胪寺卿高梦箕奏：先帝皇太子自北来；遣内臣踪迹至杭州，得之。三月甲申朔，至京，驻兴善寺，遣太监李承芳、卢九德等审视还报；夜五鼓，移至掌锦衣卫都督同知冯可京邸舍。乙酉，上御武英殿，命府部九卿科道及前东宫讲官中允刘正宗、李景濂、少詹事方拱干等审视太子，问答多不符；大学士王铎叱为假。久之，自称为王之明，故驸马都尉王昺侄孙；奏上。丙戌，下中城兵马司狱。以戍籍钱谦益为礼部尚书。丁亥，复故少师兼中极殿大学士温体仁谥。戊子，命太监乔尚总理两淮盐课，严察兵马粮饷。壬辰，命百官会审王之明于午门外。上故妃童氏在河南，巡按御史陈潜夫具仪从送至京；上以为假，下锦衣卫狱，并逮讯潜夫。癸巳，遥祭诸陵。戊戌，三法司以王之明狱上；命再严究往来踪迹及主使之人。先是，太子之至也，都人皆喜，以为上未有子，且以为嗣；至是人情益惧。民间流言：指马士英、王铎共谋戕害太子。黄得功上疏乞保留，上乃命养之狱中，勿遂加刑。刘良佐上疏，并言太子、童氏二事，谓上为群臣所欺；因命法司先将二案审明情节，传示中外，以释群疑。然而流言日甚。己亥，上懿安皇后谥曰「孝哀、慈靖、恭惠、温贞、偕天、协圣、哲皇后」，更上皇考谥曰「孝皇帝」。壬寅，先帝忌辰，上于宫中举哀，百官于太平门外设坛遥祭。乙巳，大清兵从河南下，总兵官王之纲走宿州；是日入归德府，巡按御史凌駉死之。丙午，罢安庆巡抚。己酉，赠高杰太子太保，荫一子锦衣卫百户。壬子，加高杰部将李本身左都督（？）兴平伯标下兵马。夏四月丙辰，左良玉反，陷九江府。良玉寻死，其子梦庚自称留后。丁巳，追恤三案诸臣刘廷元等二十人，并复原官，仍各赠荫有差。乙未，左兵陷东流，京师戒严，以公侯分守长安等门及都城十三门。征靖南、广昌、东平三镇兵入卫；命可法至江北调度，阮大铖率兵巡防江上。是日，戮光时亨、周锺、武愫于市，周镳、雷演祚赐自尽，其余从贼诸臣拟死罪者戍边、流罪以下为民。是日，左兵陷安庆府。大清兵自归德分道，一趋亳州、一趋砀上，徐州总兵李成栋奔扬州。壬戌，封常澄为襄王，命驻汀州府。是日，都督黄斌卿等与左兵战于铜陵之灰河，败之；明日复战，沉其船三十艘。命劳诸将银币。乙丑，大清兵入泗州。丙寅，渡淮，史可法退保扬州。丁卯，选淑女于元辉殿。潞王在杭州上书，请僻静一郡；戊辰，命移驻湖州府，敕赐奖谕。且命移周、鲁二王于江西、广东。辛未，大清兵围扬州，七日城破，督师史可法死之；遂屠其城。戊寅，追封于谦临安伯。五月壬午朔，进封得功靖国公，诸将各升荫有差；遣司礼太监王肇基赍银币往劳。丁亥，封郑鸿逵靖虏伯。分苏松、常镇为二巡抚。己丑夜，大清兵自七里江渡。庚寅，鸿逵以水师奔福建；大清兵入镇江府。初十日辛卯，上逊于太平，士英奉皇太后如杭州，京城溃。日夕时，至太平，居察院公署。十二日癸巳，如得功营，御舟中；忻城伯赵之龙、礼部尚书钱谦益送款于豫王。大清兵自丹阳趋句容。十四日乙未夜，前队至郊坛门。十五丙申，豫王至，营于郊坛北；之龙及诸勋戚文武大臣皆迎降。刘良佐至上新河降。十八日己亥，豫王入南京。十九日庚子，如芜湖。二十二日癸卯，良佐引大兵追帝。左柱国太师靖国公黄得功死之；其将田雄、张杰等奉上如大军。九月甲寅，上如北京。唐王即位，遥上尊号曰「圣安皇帝」。明年五月，遇害；潞王等亦见杀。粤中立国，上谥曰「安宗简皇帝」。
工科李清「南渡录」曰：上芜居深宫，每徘徊诧叹，谓诸臣无肯为我用，于声色罕近也。然读书少，章奏未能亲裁，故内阉外壬，相倚为奸，卒归过于上。如端门捕虾蟆，此宫中旧例，而加以秽言；且谓娈童季女，死者接踵，内外諠谤罔辩也。及国亡，宫女逸出，始得其真。惟一为士英所挟，太阿旁落，乱政亟行，以沦胥于亡。盖帝仁厚有余，刚明不足。论者谓士英听阮大铖奸谋，欲以三朝要典兴党人之狱，上独不允，亦可想见其为人矣。
自燕都沦丧，怀生之伦，莫不饮痛。然大河南北虽经蹂躏，而吴、楚、闽、粤、滇、黔疆域如故也。于是，紫盖渡江，南都拥立；以伦、以序，福王为正。史大司马忠亮日月，招徕耆旧，奋扬师旅。时则高弘图、姜曰广左右一人，张慎言、徐石麒代为冢宰，张有誉、顾锡畴并列六卿，起刘宗周为亚相、郑諠为大理，翰林则陈子壮、刘同升、赵士春，卿尹则侯峒曾、姚思孝、詹兆恒、郭维经，台谏则