林城水陆之冲，欲先攻之，仁轨曰：“加林险固，急攻则伤士卒，缓之则旷日持久。周留城，虏之巢穴，群凶所聚，除恶务本，宜先攻之，若克周留，诸城自下。”于是仁师、仁愿与新罗王法敏将陆军以进，仁轨与别将杜爽、抚馀隆将水军及粮船自熊津入白江，以会陆军，同趣周留城。遇倭兵于白江口，四战皆捷，焚其舟四百艘，烟炎灼天，海水皆赤。百济王丰脱身奔高丽，王子忠胜、忠志等帅众降，百济尽平，唯别帅迟受信据任存城，不下。
初，百济西部人黑齿常之，长七尺馀，骁勇有谋略，仕百济为达率兼郡将，犹中国刺史也。苏定方克百济，常之帅所部随众降。定方絷其王及太子，纵兵劫掠，壮者多死。常之惧，与左右十馀人遁归本部，收集亡散，保任存山，结栅以自固，旬月间归附者三万馀人。定方遣兵攻之，常之拒战，唐兵不利；常之复取二百馀城，定方不能克而还。常之与别部将沙吒相如各据险以应福信，百济既败，皆帅其众降。刘仁轨使常之、相如自将其众，取任存城，仍以粮仗助之。孙仁帅曰：“此属兽心，何可信也！”仁轨曰：“吾观二人皆忠勇有谋，敦信重义；但向者所托，未得其人，今正是其感激立效之时，不用疑也。”遂给其粮仗，分兵随之，攻拔任存城，迟受信弃妻子，奔高丽。
诏刘仁轨将兵镇百济，召孙仁帅、刘仁愿还。百济兵火之馀，比屋凋残，僵尸满野。仁轨始命瘗骸骨，籍户口，理村聚，署官长，通道涂，立桥梁，补堤堰，复陂塘，课耕桑，赈贫乏，养孤老，立唐社稷，颁正朔及庙讳；百济大悦，阖境各安其业。然后修屯田，储糗粮，训士卒，以图高丽。
刘仁愿至京帅，上问之曰：“卿在海东，前后奏事，皆合机宜，复有文理。卿本武人，何能如是？”仁愿曰：“此皆刘仁轨所为，非臣所及也。”上悦，加仁轨六阶，正除带方州刺史，为筑第长安，厚赐其妻子，遣使赍玺书劳勉之。上官仪曰：“仁轨遭黜削而能尽忠，仁愿秉节制而能推贤，皆可谓君子矣。”
冬，十月，辛巳朔，诏太子每五日于光顺门内视诸司奏事，其事之小者，皆委太子决之。
十二月，庚子，诏改来年元。
壬寅，以安西都护高贤为行军总管，将兵击弓月以救于阗。
是岁，大食击波斯、拂菻，破之；南侵婆罗门，吞灭诸胡，胜兵四十馀万。
高宗天皇大圣大弘孝皇帝中之上麟德元年（甲子，公元六六四年）
春，正月，甲子，改云中都护府为单于大都护府，以殷王旭轮为单于大都护。
初，李靖破突厥，迁三百帐于云中城，阿史德氏为其长。至是，部落渐众，阿史德氏诣阙，请如胡法立亲王为可汗以统之。上召见，谓曰：“今之可汗，古之单于也。”故更为单于都护府，而使殷王遥领之。
二月，戊子，上行幸万年宫。
夏，四月，壬子，卫州刺史道孝王元庆薨。
丙午，魏州刺史郇公孝协坐赃，赐死。司宗卿陇西王傅义等奏孝协父叔良死王事，孝协无兄弟，恐绝嗣。上曰：“画一之法，不以亲疏异制，苟害百姓，虽皇太子亦所不赦。孝协有一子，何忧乏祀乎！”孝协竟自尽于第。
五月，戊申朔，遂州刺史许悼王孝薨。
乙卯，于昆明之弄栋川置姚州都督府。
秋，七月，丁未朔，诏以三年正月有事于岱宗。
八月，丙子，车驾还京师，幸旧宅，留七月；壬午，还蓬莱宫。
丁亥，以司列太常伯刘祥道兼右相，大司宪窦德玄为司元太常伯、检校左相。冬，十月，庚辰，检校熊津都督刘仁轨上言：“臣伏睹所存戍兵，疲羸者多，勇健者少，衣服贫敝，唯思西归，无心展效。臣问以‘往在海西，见百姓人人应募，争欲从军，或请自办衣粮，谓之“义征”，何为今日士卒如此？’咸言：‘今日官府与曩时不同，人心亦殊。曩时东西征役，身没王事，并蒙敕使吊祭，追赠官爵，或以死者官爵回授之弟，凡渡辽海者，皆赐勋一转。自显庆五年以来，征人屡经渡海，官不记录，其死者亦无人谁何。州县每发百姓为兵，其壮而富者，行钱参逐，皆亡匿得免；贫者身虽老弱，被发即行。顷者破百济及平壤苦战，当是时，将帅号令，许以勋赏，无所不至；及达西岸，惟闻枷锁推禁，夺赐破勋，州县追呼，无以自存，公私因弊，不可悉言。以是昨发海西之日，已有逃亡自残者，非独至海外而然也。又，本因征役勋级以为荣宠；而比年出征，皆使勋官挽引，劳苦与白丁无殊，百姓不愿从军，率皆由此。’臣又问：‘曩日士卒留镇五年，尚得支济，今尔等始经一年，何为如此单露？’咸言：‘初发家日，惟令备一年资装；今已二年，未有还期。’臣检校军士所留衣，今冬仅可充事，来秋以往，全无准拟。陛下留兵海外，欲殄灭高丽。百济、高丽，旧相党援，倭人虽远，亦共为影响，若无镇兵，还成一国。今既资戍守，又置屯田，所借士卒同心同德，而众有此议，何望成功！自非有所更张，厚加慰劳，明赏重罚以起士心，若止如今日已前处置，恐师众疲老，立效无日。逆耳之事，或无人为陛下尽言，故臣披露肝胆，昧死奏陈。”
上深纳其言，遣右