月，黄芳世、穆赫林败于湾腰树，胡兔败于镇北山，段应举败于祖山头；国轩遂取平和、漳平，进围海澄三匝，数堑星桩，飞鸟不能渡。城陷，段应举暨总兵黄蓝死之，官军死者三万余、马万余匹，郑氛益炽。诏逮郎廷相，以姚启圣代之；以吴兴祚为巡抚、杨捷为提督。时国轩乘胜下漳平、长泰、同安，略取南安、惠安、安溪、永春、德化诸邑；国轩自围漳，遣兵围泉而断漳州之江东桥及泉州之万安桥以拒王师。康亲王驻军福州，不敢进。已而杨捷复惠安，吴兴祚、赖塔复漳平；捷遣兵袭破陈山坝以出万安桥之背，夺其桥。而赖塔军之阻江涨者，亦得在籍学士李光地为乡道，由安溪间道出同安；泉州围解。国轩乃率二十八镇还漳州，筑十九寨；吴淑、何佑亦帅十一镇军于溪西。九月，战于龙虎山，精忠为右拒、赖塔为左拒，胡兔在前。战小却，姚启圣援之，亦不利；精忠故仇郑，拔剑斫地曰：『吾得与此贼俱歼，死不恨矣』！斩退者三人，大呼驰蹂；平西将军马某继之，阵斩郑英、吴正玺等，破营十六座，斩首四千、捕虏千二百人，亡溺以万数。国轩泅河，遁入海澄。海澄三面环海，其陆地一面，复掘濠引潮以阻我军；时出犯江东桥诸营、窥漳州，相持一年不决。
十八年（一六七九）冬十月，官军攻萧井寨；吴淑以墙坏压死。启圣乃大招抚，开第于漳州曰「修来馆」；以官爵、银币饵来归者，令华毂鲜服炫耀于漳、泉之郊相喧述，送款者无虚日。当是时，吴三桂死于湖南，水师破岳州；诏水师提督万正色督湖南、江、浙战艘三百由海赴闽，而姚启圣、吴兴祚新修三百艘亦告成。正色谋于兴祚曰：『子沿海与之上下，吾张水师以诸将之锐方船以逼海坛；子攻其陆、吾薄诸水，破之必矣』！
十九年（一六八○）正月，大集舟师伐岛；经命左武卫林升督援剿左镇陈谅、左虎卫江胜、楼船左镇朱天贵御之。升畏我军之众也，弃海坛，退守辽罗；天贵争之不得，乃率所部降，诸戈船望风而溃。国轩不得已，亦弃海澄遁入厦门；启圣乘胜复十九寨。国轩度厦门不可守，乃奉经遁入台湾；经之母董氏召经而数之曰：『冯、陈之业衰矣，犹有先君黄、洪之刃；若辈其庸可赦乎？不才子徒累维桑，则如勿往也』。是年，我贝子赖塔与经书曰：『自海上用兵以来，朝廷屡下招抚之令，而议终不成；皆由封疆诸臣执泥削发登岸，彼此龃龉。台湾本非中国版籍，足下父子自辟荆榛；且睠怀胜国，未尝如吴三桂之僭妄。本朝亦何惜海外一弹丸地，不听田横壮士逍遥其间乎？今三藩殄灭，中外一家；豪杰识时，必不复思嘘已灰之焰，毒疮痍之民。若能保境息兵，则从此不必登岸、不必薙发、不必易衣冠，称臣入贡可也；不称臣，不入贡，亦可也。以台湾为箕子之朝鲜、为徐市之日本，于世无患、于人无争，而沿海生灵永息涂炭。惟足下图之』！经报书请如约，惟欲留海澄为互市公所；姚启圣不可，议遂格。而经自兵败东归，潦倒抑郁，日近醇酒妇人；于二十年（一六八一）春正月壬午（二十八日）卒于台湾，台人所称永历三十五年也。年三十九，凡嗣位十九年。长子克■〈臧上土下〉，乳婢出也，或曰螟蛉子；经以陈永华女配之。经之西寇也，用永华言，命克■〈臧上土下〉监国；礼贤下士，谨法令，物望归之，而群小惮其明察。经诸弟亦不利其立也，侍卫冯锡范先以计罢永华兵柄，永华郁郁死；克■〈臧上土下〉失助，遂共谗诸董氏，收监国印而杀之。以次子克塽嗣为延平王，幼弱不能莅事，诸务皆决锡范，人心益离。方经在厦门时，姚启圣赂其嬖人施亥令擒经以自归；及克塽立，行人傅为霖密约十三镇同日发难：事泄，并不果。国轩居台而被刺者再，郑氏益惶骇不知所为。姚启圣奏：『郑经死，子少国乱，时不可失。水师提督施琅习海道可用』。内阁学士李光地奏亦同。
二十二年（癸亥、一六八三）六月，施琅以王师发铜山，窥澎湖。国轩帅兵屯风柜屿、牛心湾，而别遣林升等屯兵鸡笼屿；沿岸筑垒环二十余里，间垒列炮，星罗碁布。丁亥（十六日）质明，微风起，琅令蓝理、曾诚、吴启爵、张胜、许英、阮钦为、赵邦试等七船突入，纵火焚舟，风发潮涌，我前锋簸荡飘散；琅亲督■〈舟宗〉大冲围赴援。国轩分两翼夹击，矢集琅目，几殆；力战始解。越七日癸巳（二十二日），琅申严号令，分兵为三路：以五十艘出牛心湾、以五十艘出鸡笼屿为奇兵，分敌势；自督五十六艘分八队攻其中坚，以八十艘继后。每路中复各分三队，不列大阵；惟约以五艘攻其一艘，人自为战。酣鏖竟日，声闻数百里。国轩发火矢喷筒，毒焰涨天，降将朱天贵战死。我军士裹创力战，阵斩林升、邱辉、江胜、陈启明、吴潜、王隆等，兵士死者万余人，焚大小战舰三百余艘。国轩由吼门逸去。
先是，有道士黄性震自言能得国轩要领，启圣官以千户，使奉密书招之；国轩以书报，性震故泄之，于是上下解体。王师乘胜逼台湾，至鹿耳门，胶浅不得入，泊海中十有二日。忽大雾，潮高丈余，舟浮而过。台人骇曰：『先王得台湾，鹿耳门涨；今复然，天也』！七月，遣使赍延平王金印一、招讨大将军金印一、公侯伯将军