相继不绝，而言者弥众，皆以斥逐为名高。政府如沈一贯与申时行、王锡爵，皆主调护，而言者遂并攻之。然上意亦素定，卒册光宗为太子；而福王之国河南，所以赉予甚厚，诸子不得与比。王不善宾客，所好惟倡优妇女，中外皆以为不足忌。国本既定，两党激而愈甚。泰昌、天启间，红丸之役、移宫之役，中朝相争如蜩螗沸羹，与挺击号为三案。及魏忠贤为政，浙党尽归魏氏，东林骈首、牢户，余斥逐殆尽。烈皇帝立，而魏党皆锢之，终身弗与齿。
崇祯十四年正月，流贼李自成陷河南府，福王遇害，世子走怀庆。事闻，上震悼，辍朝三日，泣谓群臣曰：王，皇祖爱子，遭家不造，遘于闵凶，其以特牛一告慰于定陵、特羊一告于皇贵妃之园寝。河南有司改殡，主其吊襚。世子在怀庆授馆，馈餐备凶荒之礼焉。世子寻嗣福王。王元妃黄氏，继妃李氏，皆早薨。王与潞王先后避贼至淮上。
崇祯十七年四月，烈皇帝凶问至南京，诸大臣议立君，意多属潞王，而东林恐以三案旧事有嫌于福邸，亦不利立福王。总督凤阳马士英遗书诸大臣，言福王神宗之孙，序当立。士英负纵横才，初为太监王坤所构谪戍。阮大铖者，名在逆案中，时时欲出不得间，而与士英最善。崇祯中周延儒之再召也，大铖归诚于延儒，求荐己。延儒难之，遂以士英为托，曰：瑶草复起，是即大铖复起也（瑶草，士英字也）。延儒入京见帝，言马士英有边材可用，遂起为凤阳总督。至是，大钺与士英谋立福王，以福王与东林有隙，福王立，东林必逐，而逆案可翻、己可出也。兵部尚书史可法、詹事府正詹事姜曰广、兵部右侍郎吕大器，遗书士英，言福王有失德、无人君之度，不可立。而是时士英兵权在握，与大将黄得功、高杰、刘泽清、刘良佐深相结，诸将皆愿立福王，如士英旨；吏科给事中李沾从中主其议，于是，以福王告庙。五月己丑，群臣劝进，王辞让，遂以福王监国南京。是日，大清兵入北京。壬辰，以史可法为东阁大学士，兼兵部尚书；姜曰广为东阁大学士，兼礼部尚书；俱入阁办事。以马士英为东阁大学士，兼兵部尚书都察院右都御史，仍总督凤阳。可法请分江北为四镇，以得功、泽清、良佐分统之，所收中原州县即归统辖，天下既定，爵为上公世袭。复奏设督师于扬州，节制诸将。马士英率麾下渡江，与群臣合疏劝进。
壬寅，王即皇帝位，以明年为弘光元年。甲辰，以忻诚伯赵之龙总督京营戎政，密谕参将王之纲迎母妃于河南郭家寨。李自成遣伪制将军董学礼率兵南下，至宿迁，总督漕运路振飞遣兵击败之，擒伪防御使武愫。寻尊皇考福恭王曰贞纯肃哲圣敬仁毅恭皇帝，妣□氏曰孝诚端惠慈顺贞穆皇太后，皇祖妣贵妃郑氏曰孝宁温穆庄惠慈懿宪天裕圣太皇太后。皇太后、太皇太后，皆生称也；嘉靖中，已厘正先朝之误，而礼臣不考，遂仍其失云。遥上母太妃邹氏尊号曰恪贞仁寿皇太后，谥元妃黄氏曰孝哲懿庄温贞仁靖皇后，继妃李氏曰孝义端仁肃明贞洁皇后。帝既立，可法为首辅，亟召天下名流，以收人心。而士英挟拥戴功，入政府，内通中宫、外结四镇，出可法于外为督师，士英遂为首辅。四镇惟黄得功忠勇，奉朝廷命，余皆骄悍不可法度使。得功进封靖南侯、左良玉宁南侯，封高杰为兴平伯、刘泽清为东平伯、刘良佐为广昌伯。可法至扬州，为高杰所困，可法开诚示杰，杰感动，愿为可法死。黄、刘与杰交恶，士英亦怒杰之为可法用也，文武离心、内外解体，可法疲于奔命，而国事日裂。上优柔不断而性宽厚，政事一委任大臣，不从中制。坐是法纪皆废，而廷臣无不恣肆通贿赂，中官之揽权婪贿尤甚。自以从福邸来，流离奔窜，取金钱为衣食，上亦怜而不之罪也。及阮大铖入，而党祸复烈，谗慝宏多。故上宫中每顿足，谓士英误我！然大权已旁落，无可如何。而上多声色之好，自六月庚辰诏选淑女，自是访求之使四出，识者早已料其不能终。已诚意伯刘孔昭奏都察右都御史张慎言，李沾（也升太常寺少卿）奏吕大器定策时怀二心（两人，大铖党也）。上曰：朕遭时不造，痛深君父，何心大宝，直以宗社攸关，勉承重任。效忠定策诸臣，朕已鉴知，余不必深求。已而，慎言及曰广等皆以争大铖之出，相继引去。士英荐前光禄寺卿阮大铖知兵，予冠带召见。户科给事中罗万象、御史王孙蕃、陈良弼、大理丞詹兆恒、应天府丞郭维经、怀远侯常延龄等，交章言大铖名在逆案，不宜召。上寺弗听。大铖入，对称旨，且伏地哭曰：陛下知父君之仇未报，亦知祖母之仇未报乎？以三案挑激，大怒。自此始，安远侯柳祚昌复荐之以为兵部右侍郎，巡阅江防，旋进尚书。左都御史刘宗周疏劾，弗听。
七月己丑，以左懋第为兵部右侍郎兼都察院右佥都御史，奉使燕京。杰、泽清举故总兵陈洪范副之。至燕京，懋第不屈死；洪范阴输款，且请南行为间，既至，密奏得功良、佐与敌通。二人上疏自辨。上曰：此反间，不足信。洪范寻给假去。后洪范奉太后并执潞王以杭州降。自李自成败走西安，山东诸州县杀其伪官，复为明守，而南中无一官一兵出河北，自济宁以西皆降北，惟济宁设守。八月，大兵趋济宁，