苏观生、何吾驺俱遁回广东，与布政使顾元镜于十一月立唐王弟聿■〈金粤〉监国，改元绍武。十二月，大清总兵李成栋率兵袭广城，副将杜永和获绍武，并周王、益王、辽王尽斩之。苏观生从死，吾驺、元镜皆降。
福建既陷，两广总制丁魁楚与广西巡抚瞿式耜会议监国。式耜首为言永明王贤，且为神宗嫡孙，应立。王讳由榔，桂王之子，初封衡阳，以寇乱徙梧州。会桂王薨，王以衰绖于十月十四日监国，改元永历，以肇庆府署为行宫。丁魁楚、吕大器为大学士，式耜以吏部侍郎兼阁学掌铨事。封总兵陈邦傅为思恩侯，寻晋庆国公。后广西破投诚，率兵追永历，为李定国所擒，父子俱死。
时成功往南澳募兵，而兵将战舰，百无一备。闻永明王自立粤西，遥奉永历年号，称「招讨大将军罪臣」，以众三百人泊于厦门之鼓浪屿训练，即今中左所也。浯州者，金门也。委黄恺于安平镇措饷。芝龙旧将咸归心焉。
七月，成功以洪政、陈辉为左右先锋，杨才、张进为亲丁镇，郭泰、余宽为左右镇，林习山为楼船镇，入寇海澄，札营祖山头。数日，援兵至，洪政中流矢，与监军杨期潢俱被杀，不克而还。
八月，与郑鸿逵合兵围泉州，列营桃花山。大清提督赵国佐率数百骑冲之。张进、杨才逆战，鸿逵遣林顺等夹击，大胜之。别遣水兵破溜石炮城，我参将解应龙死之，军声大振。泉绅郭必昌之子显欲内应，国佐杀之，灭其家。
九月，我副将王进自漳来援，成功解围走。
戊子（顺治五年、永历二年）
闰三月，成功攻同安，守将廉郎、知县张效龄遁，遂入之。复寇泉州。
七月，陈锦、佟国器、李率泰援之，成功乃退。大兵屠同安，郑氏镇将邱晋、林壮猷、知县叶翼云、教谕陈鼎咸被杀，凡死者五万余人，「同安血流沟」之谶应焉。（先是，同之诸生陈姓、绰号「泥鳅」，自省回，至罗汉山中，所称「生阎罗」者授以片纸云：『泥鳅死半途。同安血流沟。嘉禾断人种。安平成平埔』。陈生果至小盈岭而死。是后凡获满兵，辄断掌放回以应之。然后来安海城竟毁拆，而厦门竟迁空无人历一纪云）。
是岁大饥，成功及建国公郑彩各发兵民船至高州籴米。高州为思恩侯陈邦傅所辖。成功船免饷，余照丈尺征饷。船有千余，多是民船。斗米，闽中近千钱也。
时成功将士分驻各岛。监国鲁王别将平夷侯周崔（鹤）芝、闽安侯周瑞、定西伯张名振、总兵阮美等守舟山之沙埕。郑彩、郑联等守厦门、金门。郑鸿逵守安平之白沙，使其将陈豹守南澳。成功泊厦门；以亲丁三百人，遣其叔锦衣卫郑芝鹏护家眷，使张进守铜山所，太子太师郑香守海澄港之石尾，有众数千人，后为大兵所败，二子郑广、郑海死焉。然粮饷缺乏，取之民间；而郑彩营将章云飞等扰民尤甚。郑鸿逵遂率舟师至潮州随地取饷。
己丑（顺治六年、永历三年）
广东提督李成栋反叛，迎永历。于是永历有诏使至，以为恢复在即，诏各勋镇考试诸生赴广省入场。成功遂考送生员叶后诏、洪初辟等十数人，令黄志高赍疏赴广。舟至潮阳，遭风飘坏，余人不得达，独黄志高至粤，诏以志高为兵部职方司主事，使监成功军，命以舟师直取南都；其后成功入寇长江，承此诏旨也。诏使并赍秦王孙可望告示一张，其文云：『秦王告谕天下』，中闲叙湖、广（夺「杀」字）敬谨王、四川杀八固山之捷，入滇擒逆黔父子云云。又檄文一册，中有云：『恢复两京者准封为公，一省者封为侯，四府以上者封为伯；今有无尺寸之功，而擅封五等之爵』云云。又定西王李定国告示一张，其文云：『西宁王奉秦王令旨』，中闲叙破广西定南王孔有德焚死之捷云云。
三月，成功遣施琅、杨才、黄廷、柯宸枢等寇漳浦。副将王起俸密赴纳款，谋泄，弃家由龟镇至铜山投见，成功授伪都督同知，挂统练军门印，令管北标将。
十月，成功舟进云霄港，由白塔登岸，分道并进。云霄守将张国柱迎战，为左先锋下伪副将施显所杀，遂攻城。中军姚国泰拒守。城陷，国泰重伤。成功获之，令医调治，送军前效用。进抵诏安，札营龙峰、磁灶等处。令中冲镇柯宸枢、左冲镇（应作「援剿左镇」）黄廷、右冲镇林（应作「洪」）习山等守盘陀岭，以遏漳援。漳镇王邦俊、副将王之刚调集各州县守兵合攻盘陀岭。是日大雾，海师咫尺不辨，柯宸枢及其弟中军宸梅俱战死。
十一月，成功解诏安围，督兵由分水关入潮州，抵黄岗。时潮属多土豪拥据，三河坝有吴六奇，黄岗有黄海如，南洋有许龙，澄海有杨广，海山有朱尧，潮阳有张礼，碣石有苏利。时武毅伯施天福来见成功，黄海如亦至。海如说成功取潮阳县，资其富饶，且近海口，有海门所、达濠浦可以抛泊海艘，通运粮米，且须由南洋鲎澳过达濠浦，方可至县，恐许龙、张礼为梗尔。成功遂令移兵南洋，许龙逆战，败走汉阳。旧将陈斌来归，伪授后劲镇。杨广、朱尧、唐玉各迎降，遂移兵鲎澳