陈辉、杨富等会合夹板船，二十四日直抵浯屿，贼弃船宵遁。黄廷议欲再守数日，周全斌以为船多被夷炮打坏，不如退屯铜山南屿，遂弃厦门、金门两岛而去。
先是，李总督出示，准岛中百姓入界。思明州知州黄而辉启郑经，准岛民渡海。下令三日，而陈永华复启郑经禁之。至是大兵入岛，尽收厦门、金门城垣房屋焚毁，遗民尚数十万，多遭兵刃，男妇系累，童稚成群，若驱犬羊，连日不绝。而投诚兵所至搜掠财物，发掘家墓，至剖建国公郑彩之棺而残其尸。堕城焚屋，斩刈树木，遂定其地；而「嘉禾断人种」之谶应焉。
十二月，兵部差郎中纪振疆、笔帖式布兰颂赏福建将士。
靖南王耿继茂奏：『郑成功在台湾，因其子郑经拥兵抗拒，骤发颠狂，于五月初八日齩指身死』。
郑经在铜山，人心离散，营镇多叛，而厦门、金门之旧将、残兵、官员、绅士无船可泛者，或投诚，或逃遁，流离失所，死亡殆尽矣。
甲辰（康熙三年）
正月十三日，兵部奉上谕：『郑芝豹母在福建投诚，尔部即传谕芝豹，念豹母投诚，宽其罪，即行释放安插，归旗居住』。
郑经驻铜山，诸军乏粮。周全斌欲袭洪旭而并其船，洪旭亦防之。值海风大作，船各飘开，全斌遂率其众入漳投诚，后封承恩伯。而洪旭以杜辉守南澳，辉亦掠其辎重投诚。
二月，授海岛投诚将士阮美、郑绳安左都督，郑嘉玉、阮骅右都督，焦华岳都督同知，林鸾、陈大兴、杜卿、王鼎勋、高捷、李隆、陈忠义、阮复曾、林朝褒、张太都督佥事。
福宁总兵吴万福报：『伪逆阮春雷据长腰、东蚶外岛，阻海为巢；浙寇张煌言近复与之合■〈舟宗〉。福宁向无水师，艰于航海。臣万福招抚伪镇林国梁等兵丁船艘，我兵借以利济一时，水陆并进，分头夹剿，擒斩贼将，焚其巢穴。积年负固之贼，殄灭无遗。煌言、春雷仅以身免。阵擒伪将阮定、江春、王尊等，解赴军前正法』。
靖南王耿继茂疏报大捷，奉旨：『阮春雷、张煌言窃据长腰、东蚶等岛，合■〈舟宗〉狂逆，官兵奋勇擒斩贼将，夺获船只，焚毁贼巢。伪镇林国梁斩煌言弟张嘉言，杀兵夺船，带领家口投诚，身虽负伤，奋勇自救，以所带兵船同官兵捣贼巢穴，克奏虏功，深可嘉尚，与寻常投诚不同，着从优议叙』。
三月，郑经同冯锡范、陈永华等率余众回东宁。工官冯澄世一船为其家丁所迫，自投海中死。洪旭以二十舟候黄廷同行。时黄廷部下兵将多不欲行，议欲使其子而辉、婿吴朝宰率众投诚，而自已带家眷与洪旭往东宁。适黄梧遣陈克竣来招降，黄廷遂入漳投降，后封慕义伯。洪旭独往东宁。
七月，宁波水师左路协镇常□塘报：『本月投诚效用将孙惟法等，于普陀山先遣兵丁扮作僧人，擒获伪兵部张煌言，银印一颗，铜印九颗，并伴当人等』。二十六日，差官二十员获送到省。二十七日，部院赵廷臣于公衙门见煌言，问：『屡屡相请归顺，因何不从』？煌言答：『我已立意出家为僧，不愿再用。今被擒，惹万民笑骂，惟求速死』。部院言：『既系谋臣，我朝必有重用。既立意为僧，何不先缴敕印』？煌言不答。九月，煌言不食，病不死，在杭日赋诗见志，并赋满江红等词，人多传诵之。初七日，奉旨腰斩煌言于市。煌言角巾、朱履、葛袍，从容就戮。投诚将士请收葬煌言，赵廷臣不许。子张奇观，镇海大将军刘之源收为养子，年十余岁，亦奉旨见杀。
七月十九日，内大臣会议，以福建水师提督施琅为靖海大将军，以承恩伯周全斌为副，同慕仁伯陈辉等合营往剿台湾。差内院他赤哈哈番奈松尼、兵部笔帖式敖恺赍敕谕一道、银印一颗，往福建商议军机。
靖南王耿继茂奏：『荷兰出海王于八月十六日带番船十只，番兵一千抵闽安镇外，臣等会同延请至公衙门，优礼款待，约定九月二十边开驾至围头取齐，于十月初旬往澎湖攻打贼巢，候风便进取台湾。理合奏闻』。
己已（康熙四年）
四月，靖海将军施琅等出洋，未至澎湖沟，飓风大作，各船飘散，不能相顾，皆引还。未几，召施琅入京，加伯衔，为内大臣归旗。其余降将，亦多以协镇副参游守补用。
丙午（康熙五年）
丁未（康熙六年）
部议分拨海上投诚兵移驻外省。先拨慕义伯黄廷驻河南邓州，随召承恩伯周全斌入京。遵义侯郑鸣骏病故，其子缵成袭侯。慕恩伯郑缵绪病故，其子修典袭伯。皆召入京归旗。其标下兵及别镇兵各给行粮，分驻于浙江、江南、江西、湖广、河南、山东、山西、四川诸省，屯垦荒田，给其牛种，免其六年租税。将领或督垦，或拨在督抚提镇等衙门效劳。文官赴部候补。
戊申（康熙七年）
已酉（康熙八年）
郑经在东宁，以陈永华理国政，冯锡范管侍卫，刘国轩管镇兵。忠振伯洪旭病故，其子洪磊及永华