芝龙同安侯、芝豹左都督，遣郑、贾二官赍诏及海澄公印敕授成功，且授封鸿逵为奉化伯。成功不受。十一月，再遣内院学士叶成格、理藩院阿山及芝龙少子郑度赍敕至，许以泉、漳、惠、潮四府安插兵众；成功坚执不从。李德泣曰：『将军不听，恐太师祸且不测』！
成功戚然久之；谓曰：『非不知清朝待我厚，但我受明室厚恩，义不可屈』。因泣；挥之去。叶、阿二官回奏，帝大怒；置芝龙于高墙、戍芝豹宁古塔。
冬、十一月，成功起兵。
成功遣辅明侯林察、闽安侯周瑞督水师，戎旗镇王秀奇、左先锋苏茂督陆师，率官兵战舰百余艘南下勤王。差效用官林璇奉表诣明主行在，并持书会西宁王李定国。
十二月，郑成功陷漳州。
时十一月晦，成功自厦门入海澄。夜严部署，四鼓直抵漳州；入其城，兵不血刃。于是，守将卜世用、魏标等及知县周琼、知府房星璨皆降；十县皆下。泉州属邑，望风而溃；独泉帅（原文为师）韩尚亮守泉州，不下。
乙未、十二年（明永历九年）春、二月，明招讨大将军延平王成功承制设六官。
初，成功以明主行在遥隔，军前所委文武职衔一时不及奏闻，明主许其便宜委用：武职许至一品，文衔许设六部主事。成功复疏请，以六部主事衔卑，难以弹压；明主乃赐诏，许其军前所设六部主事秩比行在侍郎、都事秩比郎中、都吏秩比员外。于是设六官：以潘赓锺（壬午举人）为吏官、洪旭为户官、陈宝钥（丙戌举人）为礼官、张光启为兵官、程璠为刑官、冯澄世（丙戌举人）为工官；设协理各一员、左右都事各二员。以常寿宁为察言司，邓会、张一彬为正副审理。
又设储贤馆、育冑馆。
以前所试洪初辟、杨芳、吕鼎、林复明、阮旻锡等充之。先是，明主开科粤西，诸生愿赴科举者，成功给花红、路费遣之。岛上衣冠济济，犹有升平气象。又以死事诸将及侯伯子弟柯平、林维荣充育冑馆。
明郑成功改中左所为思明州。
中左所，即厦门城。至是，改称思明州；以薛联桂（原文为柱）、郑会先后知州事。
郑成功奉明鲁王居金门。
时监国鲁王及宁靖王诸宗室避难至厦门，成功皆礼赡优给，奉之居金门。
又给避难诸缙绅卢若腾、王忠孝、辜朝荐、徐孚远等银币。
时缙绅避难入岛者众，成功皆优给之；岁有常额，待以客礼，军国大事辄咨之，皆称为老先生而不名。若卢、王、辜、徐及沈佺期、郭贞一、纪许国诸公，尤所尊敬者。
郑成功诛饷镇黄恺。
成功自起兵以来，军律严明，禁止淫掠；犯者立斩。破城之日，诸军虽争取财物，遇妇人在房内，则却退不敢入，远近称快。以饷馈不足，命黄恺为饷镇，供给军需。恺克剥不堪，怨声载道；成功怒，收斩之。
夏、五月，明总督水陆兵马林察、周瑞、王秀奇、苏茂等无功引还；成功怒，贬责有差。
林察等回军，称西宁王李定国战败，应援不及，已退入梧州。成功大怒，将斩之；以其夙昔战功，各降黜、捆责有差。因致书于李定国，其略曰：『敝员以台命至，知老台台内急君父之忧，外切仇仇之痛；某恨不能征帆倏忽直指珠江，同挈故土，以迎乘舆。讵意船师未至，而大军已先班回！胜负兵家之常，不足深忧；但敝船逗遛，既不能先期会师，又不能奋图后援，使丑类长驱，某实有罪焉。已将水陆各将领审定功罪，重行捆责；乃念其有功，不然已正法矣。今援粤之精锐已悉来闽，且檄全粤水陆与某对衡，则粤东势必空虚；乘机袭取，正其时也。幸迅旆入粤直取，某处定有摧枯拉朽之势！从此长驱破竹，共抵燕京聚首策勋，深所愿也』。
明郑成功遣忠振伯洪旭、北镇陈六御督师北上。
六御等扬帆进取舟山，守将巴臣兴降，以御守其地；洪旭等攻温、台等处，台州镇马信、宁波镇张宏德出降，空其地而归。
六月，成功毁安平镇。
安平距泉州六十里，芝龙置第其中；洋船直抵海外，人烟繁华胜于郡城。至是，闻贝子王统大兵将至，乃堕其城；并毁漳府及惠安、同安三城，敛兵回厦。
秋、七月，成功遣中提督甘辉、右提督王秀奇统兵北上，遣前提督黄廷、后提督万礼统兵南下。
成功以辉为正总督，秀奇副之；率二十余镇往北，与洪旭、陈六御相机进取。以廷为正总督，礼副之；率二十余镇南下。八月，黄廷等攻揭扬，潮镇刘伯禄来援，累败；陈霸复自南澳率兵与廷会，遂拔揭阳，并复普宁县。
冬、十一月，定远大将军庶子王入闽。成功同思明州。
庶子王至泉，使人持谕至厦门招抚，不纳；复易函称书，成功答之。令厦门居民搬移过海，官兵家口搬住金门、镇海等处，空岛以待。
丙申、十三年（明